यह प्रोटोकॉल मेटाबारकोडिंग विश्लेषण के चरणों का परिचय देता है, 16 एस आरआरएनए और 18 एस आरआरएनए जीन को लक्षित करता है, ताकि समुद्री जल के नमूनों में हानिकारक अल्गल खिलने और उनके संबंधित माइक्रोबायोम की निगरानी की जा सके। यह एक शक्तिशाली आणविक-आधारित उपकरण है, लेकिन कई प्रक्रियाओं की आवश्यकता होती है, जिन्हें यहां चरण-दर-चरण नेत्रहीन रूप से समझाया गया है।
हानिकारक शैवाल खिलता है (HABs) निगरानी दुनिया भर में लागू किया गया है, और चिली, एक देश, अपने मत्स्य पालन और एक्वाकल्चर के लिए प्रसिद्ध है, इस उद्देश्य के लिए दशकों के लिए सूक्ष्म और विष विश्लेषण का गहन रूप से उपयोग किया है। आणविक जैविक तरीके, जैसे कि उच्च-थ्रूपुट डीएनए अनुक्रमण और जीवाणु संयोजन-आधारित दृष्टिकोण, अभी चिली एचएबी निगरानी में पेश किए जाने लगे हैं, और प्रक्रियाओं को अभी तक मानकीकृत नहीं किया गया है। यहां, चिली एचएबी की निगरानी के लिए 16 एस आरआरएनए और 18 एस आरआरएनए मेटाबारकोडिंग विश्लेषण चरणबद्ध रूप से पेश किए गए हैं। हाल ही की एक परिकल्पना के अनुसार, अल्गल-बैक्टीरियल पारस्परिक संघ खिलने की दीक्षा, रखरखाव और प्रतिगमन के लिए एक महत्वपूर्ण synergetic या विरोधी संबंध लेखांकन निभाता है। इस प्रकार, अल्गल-बैक्टीरियल दृष्टिकोण से एचएबी की निगरानी एचएबी तंत्र की व्यापक समझ और प्रारंभिक चेतावनी के लिए आधार प्रदान कर सकती है। मेटाबारकोडिंग विश्लेषण इस उद्देश्य के लिए सबसे उपयुक्त आणविक-आधारित उपकरणों में से एक है क्योंकि यह एक नमूने में बड़े पैमाने पर अल्गल-बैक्टीरियल टैक्सोनोमिक जानकारी का पता लगा सकता है। मेटाबारकोडिंग विश्लेषण के लिए नमूनाकरण की दृश्य प्रक्रियाएं यहां विशिष्ट निर्देश प्रदान करती हैं, जिसका उद्देश्य त्रुटियों को कम करना और विश्वसनीय डेटा का संग्रह करना है।
कई समुद्री फाइटोप्लांकटन प्रजातियां अंतर्जात विषाक्त पदार्थों का उत्पादन करने के लिए जानी जाती हैं, और जब ये प्रजातियां पर्याप्त संख्या में जमा होती हैं, तो वे समुद्री पर्यावरण के लिए हानिकारक होती हैं। इस तरह के हानिकारक अल्गल ब्लूम्स (एचएबी) आजदुनियाके अधिकांश महाद्वीपों के तटों पर देखे जाते हैं। विषाक्त फाइटोप्लांकटन पहले बिवाल्व ऊतकों में जमा होता है, जिससे पाचन पर मनुष्यों सहित जीवों के उच्च ट्रॉफिक स्तरों में बीमारी और मृत्यु हो जाती है। इसके बाद, ये घटनाएं स्थानीय अर्थव्यवस्था, सामाजिक आर्थिक और सार्वजनिक स्वास्थ्यकेलिए गंभीर निहितार्थ लाती हैं। एचएबीके कारण वैश्विक अर्थव्यवस्था को होने वाली क्षति का अनुमान है कि प्रत्येक वर्ष लाखों से अरबों डॉलर का नुकसान होगा। चिली कई देशों में से एक है जो लगातार HABs से पीड़ित है।
चिली लंबी भूमि का एक देश है, जो 4,300 किमी उत्तर और दक्षिण में फैला हुआ है। लम्बी पश्चिमी भूमि प्रशांत महासागर का सामना करती है, जो स्वाभाविक रूप से चिली के एचएबी का अनुभव करने की संभावना को बढ़ाती है। विशेष रूप से दक्षिणी चिली में, कई विश्व प्रसिद्ध सामन एक्वाकल्चर हैं, और हर बार जब इस क्षेत्र में एक एचएबी होता है, तो अल्गल-विषाक्त पदार्थों के परिणामस्वरूप बड़े पैमाने पर खेती वाले सामन बीमार पड़ जाते हैं और मर जाते हैं4,5,6। चिली में, वह वर्ष जब एचएबी ने अर्थव्यवस्था को सबसे अधिक मारा, 2016 था, जिसमें यूएस $ 800 मिलियन7,8के अनुमानित वार्षिक नुकसान के साथ। प्रेरक विषाक्त शैवाल प्रजातियां वर्ष और स्थान के आधार पर भिन्न होती हैं। 2016 के मामले के लिए, अलेक्जेंड्रियम कैटनेला और स्यूडोचैटोनेला वेरुक्लोसा के एक परिसर ने दक्षिणी चिली तट7,8के अधिकांश हिस्सों में एक व्यापक एचएबी का कारण बना। चिली में सबसे हाल ही में एचएबी मार्च 2021 में दक्षिणी चिली में स्थित कैमनचाका में हेटेरोसिग्मा अकाशिवो की प्रेरक अल्गल प्रजातियों के साथ हुआ, जहां इस क्षेत्र में एक बड़ा सामन खेत है।
चिली दो मुख्य तरीकों का उपयोग करके कई वर्षों से तटीय निगरानी कर रहा है; नियमित रूप से विषाक्त शैवाल प्रजातियों की पहचान करने के लिए माइक्रोस्कोप के साथ समुद्री जल का निरीक्षण करना और जैव रासायनिक assays द्वारा शेलफिश में विष के स्तर को मापना9. शेलफिश में विषाक्त शैवाल और विष के स्तर का प्रारंभिक पता लगाना एचएबी को नहीं रोकता है; हालांकि, ये विश्लेषण तत्काल countermeasures ट्रिगर कर सकते हैं और स्थानीय समुदायों को नुकसान को कम कर सकते हैं। इस रणनीति की प्रभावशीलता को और मजबूत करने के लिए, एक आणविक-आधारित विश्लेषणात्मक विधि को हाल ही में समुद्री जल के नमूनों में शैवाल और संबंधित जीवाणु समुदायों का पता लगाने के लिए हमारे पारंपरिक चिली एचएबी निगरानी कार्यक्रम में जोड़ा गया था। विशेष रूप से, मेटाबारकोडिंग का उपयोग करके एक बड़े पैमाने पर समानांतर अनुक्रमण विधि जो 16S rRNA और 18S rRNA जीन को लक्षित करती है, को चुना गया था। यद्यपि इस तकनीक के लिए जटिल प्रक्रियाओं और महंगी मशीनरी और अभिकर्मकों की आवश्यकता होती है, यह एक उन्नत तकनीक है जो एक बार में समुद्री जल के नमूने में मौजूद हजारों शैवाल और बैक्टीरिया जेनेरा / प्रजातियों का पता लगा सकती है।
एचएबी के कारणों को विभिन्न होने का अनुमान लगाया जाता है, जैसे कि तापमान और मौसम, लेकिन उन्हें सामान्यीकृत करना असंभव है। ऐसा इसलिए है क्योंकि एचएबी प्रजातियां और आवृत्तियां क्षेत्र और स्पैटिओटेम्पोरल स्थितियों पर निर्भर करती हैं, जिसमें प्राकृतिक घटनाएं शामिल होती हैं जैसे कि भौगोलिक विशिष्टता, पोषक तत्वों के मिश्रण को ऊपर उठाना, और2,10, 11,12के कारण भूमि से तत्व अपवाह। इसके अतिरिक्त, कृत्रिम कारक जैसे यूट्रोफिकेशन स्थानीय HABs12,13कोप्रभावित करते हैं। जटिल multifactor के कारण, यह एक सटीक HAB भविष्यवाणी करने के लिए आसान नहीं है। हाल के वर्षों में, एक विचार है कि विशिष्ट जीवाणु आबादी कारकों में से एक के रूप में एचएबी के विकास से संबंधित हो सकती है, और इस परिकल्पना का समर्थन करने के लिए अनुसंधान तेजी से स्पष्ट हो गया है14,15,16,17,18। आणविक जीव विज्ञान तकनीकों का उपयोग आमतौर पर जीवाणु संयोजन का अध्ययन करने के लिए किया जाता है; हालांकि, इस तरह की एक मानकीकृत विधि अभी तक चिली एचएबी निगरानी9में स्थापित नहीं की गई है। एचएबी के साथ अल्गल-बैक्टीरियल एसोसिएशन का अध्ययन करने के लिए, वर्तमान चिली के तटीय निगरानी कार्यक्रमों के लिए मेटाबारकोडिंग विश्लेषण करना अनिवार्य है। इस प्रकार, यह प्रोटोकॉल नेत्रहीन रूप से हमारे चिली एचएबी निगरानी कार्यक्रम का परिचय देता है, जो मेटाबारकोडिंग विश्लेषण का उपयोग करके समुद्री जल के नमूनों में शैवाल और बैक्टीरिया प्रजातियों का पता लगाने के विश्लेषण के लिए एक चरणबद्ध प्रक्रिया पर ध्यान केंद्रित करता है।
हमारे चिली HAB निगरानी कार्यक्रम का वर्णन पूर्ण प्रोटोकॉल Yarimizu et al.9में उपलब्ध है। इसमें समुद्री जल के नमूने, माइक्रोस्कोपिक अल्गल प्रजातियों का पता लगाने, अल्गल-बैक्टीरियल जीन का पता लगाने, वर्णक विश्लेषण, मौसम संबंधी डेटा संग्रह, और भौतिक और रासायनिक जल संपत्ति assays की प्रक्रियाएं शामिल हैं। अल्गल और जीवाणु प्रजातियों का पता लगाने के लिए 16S rRNA और 18S rRNA मेटाबारकोडिंग विश्लेषण का चरणबद्ध प्रोटोकॉल प्रीप्रिंट19के रूप में उपलब्ध है। यह प्रोटोकॉल विशेष रूप से मेटाबारकोडिंग विश्लेषण चरणों को प्रदर्शित करता है क्योंकि यह सबसे जटिल हिस्सा है और हमारे एचएबी निगरानी कार्यक्रम का मुख्य आकर्षण है। इस प्रोटोकॉल में कार्यक्रम का परिचय और अल्गल प्रजातियों की माइक्रोस्कोपी का पता लगाना भी शामिल है। मेटाबारकोडिंग द्वारा अल्गल प्रजातियों का विश्लेषण करते समय, दो तरीकों से परिणामों को सत्यापित करने के लिए माइक्रोस्कोपी को एक साथ करना महत्वपूर्ण है। इस प्रोटोकॉल में टैक्सोनॉमी असाइनमेंट के लिए सॉफ़्टवेयर का उपयोग करने का तरीका शामिल नहीं है, लेकिन डेटाबेस अनुशंसा निम्न अनुभाग के अंत में संक्षेप में बताई गई है।
इस प्रोटोकॉल ने चिली एचएबी की निगरानी के लिए समुद्री जल के नमूनों में अल्गल और बैक्टीरियल प्रजातियों की पहचान करने के लिए 18 एस आरआरएनए और 16 एस आरआरएनए जीन मेटाबारकोडिंग विश्लेषण सफलतापूर्वक किया। इस प्रोटोकॉल द्वारा पता लगाए गए प्रमुख शैवाल और कुछ छोटे शैवाल माइक्रोस्कोपी द्वारा प्राप्त किए गए लोगों के अनुरूप थे, जो प्रोटोकॉल की विश्वसनीयता की पुष्टि करते थे। प्रोटोकॉल का मुख्य आकर्षण यह है कि विश्लेषण ने अलेक्जेंड्रियम एसपीपी और स्यूडोचैटोनेला एसपीपी कापता लगाया, जो दक्षिणी चिली में दो सबसे अधिक समस्याग्रस्त एचएबी पैदा करने वाली प्रजातियां हैं, यहां तक कि मेत्री के समुद्री जल से भी कम बहुतायत में। विशेष रूप से, स्यूडोचैटोनेला एसपीपी। माइक्रोस्कोप के तहत पहचान करने के लिए चुनौतीपूर्ण प्रजातियां हैं क्योंकि कोशिकाएं छोटी होती हैं और आसानी से प्रकाश के नीचे फट जाती हैं याफिक्सेटिव 27,28का उपयोग करती हैं। मेटाबारकोडिंग अल्गल प्रजातियों की जानकारी प्रदान कर सकती है जो समुद्री जल के नमूनों में शायद ही कभी मौजूद होती है जो माइक्रोस्कोपी की पहचान नहीं कर सकती है। प्रोटोकॉल ने 30 से अधिक जीवाणु प्रजातियों का भी पता लगाया। यद्यपि ये बैक्टीरिया अल्गल विकास से कैसे संबंधित हैं, इस बिंदु पर अज्ञात है, समय-श्रृंखला विश्लेषण में अल्गल-बैक्टीरियल प्रजातियों का बड़े पैमाने पर डेटा संग्रह संभवतः ऐसी महत्वपूर्ण खोजों को प्रदान करेगा। इस प्रकार, पारंपरिक चिली एचएबी निगरानी कार्यक्रमों में मेटाबारकोडिंग विश्लेषण जोड़ना निस्संदेह वर्तमान एचएबी निगरानी दक्षता को मजबूत करेगा। वास्तव में, मेटाबारकोडिंग विश्लेषण के लिए यह दृश्य प्रोटोकॉल न केवल चिली के पानी की अल्गल-बैक्टीरियल निगरानी के लिए फायदेमंद हो सकता है, बल्कि दुनिया भर में अन्य एचएबी-प्रभावित क्षेत्रों में तट निगरानी कार्यक्रमों के लिए भी फायदेमंद हो सकता है।
यद्यपि इस प्रोटोकॉल ने उपर्युक्त लाभ प्रदान किए हैं, विधि की कमियों पर चर्चा की जानी चाहिए। जैसा कि दृश्य प्रोटोकॉल में देखा गया है, मेटाबारकोडिंग विधि समय लेने वाली और जटिल है, जिसमें महंगी मशीनरी और अभिकर्मकों की आवश्यकता होती है। प्रयोगशाला कर्मियों को विशेष रूप से प्रशिक्षित किया जाना चाहिए, या यह सामग्री, श्रम और समय को बर्बाद कर देगा। इसके अलावा, मेटाबारकोडिंग द्वारा अल्गल डिटेक्शन को माइक्रोस्कोपी के साथ जोड़ा जाना चाहिए ताकि यह सत्यापित किया जा सके कि एक ही प्रमुख प्रजातियों को दो ओर्थोगोनल विधियों से पहचाना जाताहै। माइक्रोस्कोपी एक गैर-इनवेसिव उपकरण है, अधिकांश भाग के लिए, अल्गल प्रजातियों की पहचान करने के लिए, जिसका अर्थ है कि जब अल्गल प्रजातियों में अद्वितीय और स्पष्ट आकार होते हैं तो गलतियां करना कठिन होता है। बेशक, मानव त्रुटि तब हो सकती है जब प्रजातियों में एक दूसरे के समान आकार हों। दूसरी ओर, चूंकि मेटाबारकोडिंग विश्लेषण के लिए कई चरणों की आवश्यकता होती है, इसलिए यह स्वाभाविक रूप से त्रुटियों को बढ़ाता है। यह एक नमूना मिश्रित हो सकता है, गलत अभिकर्मक इसके अलावा, या कुछ प्रक्रियाओं को याद कर रहा है। इसलिए, माइक्रोस्कोपी द्वारा प्राप्त किए गए लोगों के साथ मेटाबारकोडिंग परिणामों की तुलना करना महत्वपूर्ण है। अंत में, प्रोटोकॉल केवल गुणात्मक रूप से लागू होता है, और परिणामों की गणना सापेक्ष बहुतायत के लिए की जानी चाहिए। जैसा कि लैम्ब एट अल ने 2019 में कहा था, मात्रात्मक प्रदर्शन के रूप में वर्तमान मेटाबारकोडिंग अभी भी सीमित है, और मेटाबारकोडिंग से पहले अतिरिक्त शोध की आवश्यकता होती है, जिसे मात्रात्मक अनुप्रयोगों30के लिए आत्मविश्वास से उपयोग किया जा सकता है।
इस प्रोटोकॉल को 140 – 170 नमूनों के लिए अनुकूलित किया गया था, जो कि Illumina Inc द्वारा जारी किए गए 16S मेटाजीनोमिक अनुक्रमण लाइब्रेरी तैयारी मैनुअल से प्रति रन थे। अनुकूलित प्रोटोकॉल का कई बार परीक्षण किया गया था और इस अंतिम संस्करण को जारी करने के लिए आगे संशोधित किया गया था। इसलिए, प्रत्येक चरण का सटीक रूप से पालन करने की अत्यधिक अनुशंसा की जाती है। प्रोटोकॉल का सबसे महत्वपूर्ण हिस्सा यह है कि नमूना संदूषण से बचने के लिए अतिरिक्त देखभाल की आवश्यकता होती है। पिपेट्स और लैमिनर फ्लो हुड को हर समय 70% अल्कोहल और यूवी एक्सपोजर के साथ साफ किया जाना चाहिए, और बाँझ सामग्री को ऑटोक्लेव किया जाना चाहिए। प्राइमरों और अभिकर्मकों को हर नए रन पर स्टॉक से सीधे पतला किया जाना चाहिए, या अभिकर्मकों का पुन: उपयोग और कई कमजोर पड़ने के जोखिम एक नमूना संदूषण कारण हो सकता है। प्रोटोकॉल निर्दिष्ट करता है कि ऑपरेशन को लैमिनर फ्लो हुड के बाहर कब किया जा सकता है। जब तक अन्यथा, नमूनों को एक साफ लैमिनर प्रवाह हुड में इलाज किया जाना चाहिए। एक साथ कई 8-ट्यूब स्ट्रिप्स से निपटने पर, पहले 8-ट्यूब स्ट्रिप पर काम करने और अगले 8-ट्यूब स्ट्रिप पर जाने से पहले इसे कैप करने की सिफारिश की जाती है। ढक्कन को लंबे समय तक खुला छोड़ना नमूना संदूषण का कारण बन सकता है क्योंकि 16 एस और 18 एस आरआरएनए जीन परिवेश में अत्यधिक सर्वव्यापी हैं। कहा गया समय, जैसे कि मिश्रण समय और इनक्यूबेशन समय, का पालन किया जाना चाहिए जैसा कि वास्तव में वर्णित है क्योंकि प्रत्येक चरण के लिए सबसे अच्छी अवधि का चयन एकाधिक परीक्षण रन के आधार पर किया गया था। अतिरिक्त या अपर्याप्त समय, उदाहरण के लिए, नमूना उपज को कम कर सकता है। प्रक्रिया को केवल उस हिस्से पर रोका जाना चाहिए जो प्रोटोकॉल कहता है कि यह बंद हो सकता है। नकारात्मक नियंत्रण रखना महत्वपूर्ण है क्योंकि यह पुष्टि करता है कि सकारात्मक परिणाम कृत्रिम झूठे सकारात्मक नहीं हैं। अंत में, दिनों की योजना बनाने के लिए अत्यधिक अनुशंसा की जाती है क्योंकि सभी चरणों को संसाधित करने के लिए कम से कम पांच दिनों की आवश्यकता होती है, और कुछ हिस्सों को अगले ठहराव संकेत तक रोका नहीं जा सकता है।
अनुक्रमित डेटा के लिए टैक्सोनोमिक असाइनमेंट की सीमा संक्षेप में यहां नोट की गई है। बैक्टीरियल और अल्गल प्रजातियों के लिए नए खोजे गए न्यूक्लियोटाइड अनुक्रमों को डेटाबैंक में दैनिक रूप से अपडेट किया जाता है। जबकि अच्छी तरह से अध्ययन किए गए अल्गल और बैक्टीरियल प्रजातियों को मज़बूती से पंजीकृत किया जाता है, डेटाबैंक में अपडेट की गई अज्ञात प्रजातियों के लिए कई अनुक्रम भी हैं। यह इंगित करता है कि पंजीकृत न्यूक्लियोटाइड अनुक्रमों का संकल्प हमेशा प्रजातियों की पहचान के लिए पर्याप्त नहीं होता है, लेकिन केवल जीनस पहचान के लिए। इस प्रकार, माइक्रोस्कोपिक प्रजातियों की पहचान को ऑर्थोगोनल रूप से किया जाना चाहिए। इस काम के लिए एक ओपन-एक्सेस पाइपलाइन स्थापित करने से एक बार में अनुक्रमित डेटा के एक बड़े सेट से निपटने और त्रुटि होने पर कुशलतापूर्वक जांच करने में एक महत्वपूर्ण लाभ होता है। इसके अतिरिक्त, DADA2 का आउटपुट एक पाठ या csv फ़ाइल में है, जो इसे आगे सांख्यिकीय विश्लेषण करना आसान बनाता है। दूसरी ओर, टैक्सोनोमिक असाइनमेंट करने के लिए एक बड़े सर्वर की आवश्यकता होती है, खासकर जब एक डेटासेट बड़ा होता है। पाइपलाइन स्थापित करने के लिए, पाइपलाइन स्थापित करने के लिए इंजीनियरों की आवश्यकता होती है, और पेशेवरों को पैरामीटर, ऑपरेशन, लिनक्स और जैव सूचना विज्ञान को समझना चाहिए।
एक HAB निगरानी उपकरण के रूप में दायरे के अलावा, इस प्रोटोकॉल के उपयोग को खोजी अनुसंधान उद्देश्यों के लिए विस्तारित किया जा सकता है। उदाहरण के लिए, चिली की सरकार और स्थानीय मछुआरों के बीच पर्यावरण शांति संघों के साथ-साथ स्थानीय HAB31, 32की बढ़ी हुई संख्या के बारे में बहस चल रही है। सरकार का दावा है कि यह ग्लोबल वार्मिंग और एल नीनो जैसी प्राकृतिक घटना के कारण है, जबकि बाद की पार्टियों का दावा है कि सैल्मन एक्वाकल्चर इसका कारण है। सैल्मन चिली की एक स्वदेशी प्रजाति नहीं है और आधी सदी पहले चिली के पानी में नहीं थी। चिली की सरकार का उद्देश्य उस समय अर्थव्यवस्था को विकसित करना और एक सामन व्यवसाय विकसित करके गरीब क्षेत्रों के लिए रोजगार पैदा करनाथा। पूंजीगत लाभ के लिए विदेशों से हस्तक्षेप के साथ, चिली ने पेन-स्टाइल एक्वाकल्चर विकास में बड़ी सफलता हासिल की, और पिछले कई दशकों में सामन की संख्या में उल्लेखनीय वृद्धि हुईहै 31,32,33। इसके बाद, सैल्मन के लिए भोजन की एक बड़ी मात्रा को समुद्र में फेंक दिया गया है, जिससे स्थानीय लोगों को संदेह है कि सैल्मन एक्वाकल्चर लगातार स्थानीयHABs 31,32का कारण है। सच्चाई अब अज्ञात है, लेकिन इसे अंततः समझा जाना चाहिए ताकि एचएबी से स्थानीय समुद्री पर्यावरण, अर्थव्यवस्था और मानव स्वास्थ्य की रक्षा के लिए रणनीतियां तैयार की जा सकें। स्थानीय शैवाल-जीवाणु संबंध पर आणविक-आधारित विश्लेषण इस तरह के विषय के लिए एक कदम आगे स्पष्टीकरण में योगदान कर सकता है। उदाहरण के लिए, तकनीक शैवाल और जीवाणु प्रजातियों की खोज कर सकती है जो पहले लक्ष्य महासागरीय क्षेत्र में मौजूद नहीं थीं, लेकिन हाल के वर्षों में नाटकीय रूप से बढ़ी हैं, जो जीआईएस और ईडीएनए विश्लेषण34द्वारा यामाटो समन्दर(Hynobius Vandenburghi)की एक अलिखित आबादी की खोज के लिए साकाई एट अल द्वारा किए गए अध्ययन के समान है। इसलिए, HAB निगरानी उपकरण से परे, इस मेटाबारकोडिंग प्रोटोकॉल अन्य संभावनाओं के लिए संभावित उपयोग है।
The authors have nothing to disclose.
इस अध्ययन को चिली में सतत विकास-निगरानी शैवाल (SATREPS-MACH) के लिए विज्ञान और प्रौद्योगिकी अनुसंधान साझेदारी पर एक अध्ययन के लिए अनुदान (JPMJSA1705) द्वारा समर्थित किया गया था। हम डॉ सैंड्रा रियोस (Universidad de Los Lagos) को धन्यवाद देते हैं कि उन्होंने हमें एक फिल्म क्लिप का उपयोग करने की अनुमति दी। हम नील एंड्रयू हॉलैंड को पांडुलिपि के अपने परिश्रमी प्रूफरीडिंग के लिए धन्यवाद देते हैं। हम फाइटोप्लांकटन पहचान पर हमें सलाह देने के लिए प्यूर्टो मोंट, चिली में CREAN-IFOP में प्रयोगशाला समूह के सदस्यों के लिए हमारी ईमानदारी से सराहना व्यक्त करते हैं।
1.5 mL single tube | ThermoFisher | Q32856 | sterile |
1.5 mL tubes | ThermoFisher | 2150N | sterile |
8-strip 0.2 mL PCR tubes and flat cap | ThermoFisher | AB0451 & 4323032 | sterile |
96-well 0.2 mL PCR plate | ThermoFisher | N8010560 | |
AccuRuler 100 bp DNA Ladder | MaestroGen | 02001-500 | |
Chelex 100 Chelating Resin | Bio-Rad | 1432832 | |
Chemical Duty Vacuum Pressure Pump | MilliporeSigma | WP6122050 | |
D1000 Reagents | Agilent Technologies | 5067-5583 | |
D1000 sample buffer | Agilent Technologies | 5067-5602 | |
DNA loading dye (Blue/Orange Loading Dye 6X) | Promega | G1881 | |
Ethanol Molecular Biology Grade | E7023 | Merck KGaA | |
Filtration device | ThermoFisher | 09-740-36H, 09-740-23E | |
Fluorescent DNA concentration measurement kit (Qubit dsDNA HS Assay kit) | Thermo Fisher Scientific | Q32851 | |
Fluorometer (Qubit4 Fluorometer) | ThermoFisher | Q33238 | |
Fragment analysis verification matrix (D1000 ScreenTape) | Agilent Technologies | 5067-5582 | |
Fragment Analyzer (Agilent Tapestation 4150) | Agilent | G2992AA | |
GelRed Nucleic Acid Gel Stain | Biotium | 41002 | |
Generic bench vortexer (Vortex Genie 2) | Scientific Industries | SI-0236 | |
Heat block | |||
High performance sequencing-grade DNA polymerase (KAPA HiFi Hotstart ReadyMix), 2X | Roche | KK2602 | |
HT1 Hybridization buffer | Illumina | 20015892 | |
Illumina Nextera XT v2 Index Kit set A, B, C and D | Illumina | FC-131-2001, -2002, -2003, -2004 | |
Laminar hood cabinet | Biobase Co. | Biobase PCR-800 PCR Cabinet | |
Loading tips (Specific for Agilent TapeStation systems) | Agilent Technologies | 5067-5598 | |
Magnetic beads DNA cleanup system (ProNex® Size-Selective Purification System) | Promega | NG2002 | |
Magnetic stand for 96 wells (Magnetic Stand-96) | ThermoFisher | AM10027 | |
Micro-seal film for 96-well plate | ThermoFisher | 4311971 | sterile |
MiSeq Reagent Kit v3 | Illumina | MS-102-3003 | includes pre-filled, ready-to-use reagent cartridges. |
MiSeq system | Illumina | SY-410-1003 | includes pre-installed software |
Molecular grade nuclease-free water | Integrated DNA Technologies | 11-05-01-04 | |
Molecular grade sodium hydroxide (NaOH) 1M | Merck KGaA | 1091371000 | |
Multichannel pipettes | Not specified | Not specified | |
Multi-Purpose Agarose | Cleaver Scientific | CSL-AG500 | |
Ow D2 Wide-Gel Electrophoresis System | ThermoFisher | D2 | |
Ow EC-105 Compact Power Supply | ThermoFisher | 105ECA-115 | |
Pellet Pestle— Cordless Motor | ThermoFisher | K749540-0000 | |
PhiX control Kit v3 | Illumina | FC-110-300 | ready-to-use control library for Illumina sequencing |
Pipette tips | Not specified | Not specified | sterile |
Pipettes | Not specified | Not specified | 2, 10, 20, 100, 1000 μL |
SterivexTM GP 0.22 μm filter unit | MilliporeSigma | SVGP01050 | |
Tabletop centrifuge | Eppendorf 5427R Centrifuge | Eppendorf AG | |
TBE buffer | ThermoFisher | B52 | |
TE buffer (pH 8.0) | ThermoFisher | AM9849 | |
Terr PCR Direct FFPE Kit | Takara Bio USA | 639284 | includes 2X Terra PCR Direct Buffer |
Terra PCR Direct Polymerase Mix, 1.25 U/μL | Takara Bio USA | 639271 | High performance Inhibitor-tolerant DNA polymerase |
ThermalCycler (MiniAMP Plus Thermal Cycler) | ThermoFisher | A37835 | |
TransIlluminator and image capture system | Analytik Jena, AG | GelDoc-ItTS2 Imager | |
Whatman 1.0 m pore-sized membrane | MilliporeSigma | WHA111110 |