Los especímenes de cráneo de museo representan un medio no invasivo, informativo y fácilmente disponible para estudiar las lesiones de la articulación temporomandibular (ATM), la patología dental y las variaciones anatómicas en muchas especies de mamíferos. El estudio de los dientes y las mandíbulas de una variedad de especies puede presentar un desafío que requiere atención al detalle y comprensión de la anatomía normal de una especie. En el presente artículo, se discute un protocolo sistemático y preciso para examinar especímenes de cráneo que se ha aplicado a una variedad de mamíferos para definir enfermedades características en la región oromaxilofacial. El procedimiento descrito es simultáneamente preciso, repetible y adaptable a las formas y anatomía altamente diferentes del cráneo y los dientes entre las especies. Específicamente, las muestras se examinan para detectar dientes perdidos, enfermedad periodontal, enfermedad endodontal, patología de la ATM y variaciones anatómicas. Los resultados obtenidos de la investigación sobre especímenes de museo pueden reflejar la historia natural, la salud y el estado de enfermedad de individuos y especies. Además, estos datos pueden informar los esfuerzos de investigación ecológica y de conservación, así como el cuidado de individuos cautivos.