Bu yazıda, viral enfeksiyon sırasında pnömokokların asemptomatik bir kolonizatörden hastalığa neden olan bir patojene geçişi için yeni bir fare modeli açıklanmaktadır. Bu model, hastalık progresyonunun farklı aşamalarında ve çeşitli konakçılarda polimikrobiyal ve konakçı-patojen etkileşimlerini incelemek için kolayca uyarlanabilir.
Streptococcus pneumoniae (pnömokok), çoğu bireyde nazofarenksin asemptomatik bir kolonizatörüdür, ancak influenza A virüsü (IAV) enfeksiyonu üzerine pulmoner ve sistemik bir patojene ilerleyebilir. İleri yaş, konakçının sekonder pnömokok pnömonisine duyarlılığını arttırır ve kötüleşen hastalık sonuçları ile ilişkilidir. Bu süreçleri yönlendiren konakçı faktörler, kısmen asemptomatik kolonizasyondan ciddi klinik hastalığa geçişi yeniden üreten hayvan modellerinin eksikliği nedeniyle iyi tanımlanmamıştır.
Bu yazıda, viral enfeksiyon üzerine pnömokokların asemptomatik taşıyıcılıktan hastalığa geçişini yeniden yaratan yeni bir fare modeli anlatılmaktadır. Bu modelde, fareler ilk önce asemptomatik taşıyıcılığı sağlamak için biyofilm ile yetiştirilen pnömokoklar ile intranazal olarak aşılanır, ardından hem nazofarenks hem de akciğerlerin IAV enfeksiyonu izlenir. Bu, akciğerlere bakteriyel yayılım, akciğer iltihabı ve ölümcüllüğe ilerleyebilecek belirgin hastalık belirtileri ile sonuçlanır. Hastalığın derecesi bakteri suşu ve konakçı faktörlere bağlıdır.
Önemli olarak, bu model yaşlanmanın duyarlılığını yeniden üretir, çünkü genç farelere kıyasla, yaşlı fareler daha ciddi klinik hastalık gösterir ve hastalığa daha sık yenik düşer. Taşıma ve hastalığı farklı adımlara ayırarak ve hem patojenin hem de konakçının genetik varyantlarını analiz etme fırsatı sağlayarak, bu S. pneumoniae / IAV ko-enfeksiyon modeli, önemli bir patobiyontun konakçı ile etkileşimlerinin hastalık progresyonunun farklı aşamalarında ayrıntılı olarak incelenmesine izin verir. Bu model aynı zamanda duyarlı konakçılarda sekonder pnömokok pnömonisine karşı potansiyel terapötik hedefleri belirlemek için önemli bir araç olarak da hizmet edebilir.
Streptococcus pneumoniae (pnömokok), çoğu sağlıklı bireyin nazofarenksinde asemptomatik olarak bulunan Gram-pozitif bakterilerdir 1,2. Tamamen tanımlanmamış faktörler tarafından teşvik edilen pnömokoklar, nazofarenksin iyi huylu kolonizatörlerinden, diğer organlara yayılan patojenlere geçebilir ve bu da otitis media, pnömoni ve bakteriyemi3 dahil olmak üzere ciddi enfeksiyonlara neden olabilir. Pnömokok hastalığı prezentasyonu, kısmen, kapsüler polisakkaritlerin bileşimine dayanan serotip de dahil olmak üzere suşa özgü farklılıklara bağlıdır. Şimdiye kadar karakterize edilen 100’den fazla serotip vardır ve bazıları daha invaziv enfeksiyonlarla ilişkilidir 4,5. Diğer bazı faktörler pnömokok hastalığı riskini arttırır. Böyle bir faktör, pnömokok pnömonisi riskinin IAV 6,7 ile 100 kat arttığı viral enfeksiyondur. Tarihsel olarak, S. pneumoniae, influenza sonrası sekonder bakteriyel pnömoninin en yaygın nedenlerinden biridir ve daha kötü sonuçlarla ilişkilidir8. Bir diğer önemli risk faktörü ileri yaştır. Aslında, S. pneumoniae, 65 yaşın üzerindeki yaşlı bireylerde toplum kökenli bakteriyel pnömoninin önde gelen nedenidir 9,10. Yaşlı bireyler, pnömoni ve influenzaya bağlı ölümlerin çoğunluğunu (% >75) oluşturmaktadır, bu da iki risk faktörünün – yaşlanma ve IAV enfeksiyonu – sinerjik olarak hastalık duyarlılığını kötüleştirdiğini göstermektedir11,12,13,14. Bununla birlikte, viral enfeksiyonun pnömokokların asemptomatik kolonizatörden invaziv patojene geçişini tetiklediği mekanizmalar ve bunun konakçı faktörler tarafından nasıl şekillendirildiği tam olarak tanımlanmamıştır. Bu, büyük ölçüde, asemptomatik pnömokok kolonizasyonundan kritik klinik hastalığa geçişi özetleyen küçük bir hayvan modelinin yokluğundan kaynaklanmaktadır.
Ko-enfeksiyon çalışmaları klasik olarak, influenza enfeksiyonundan 7 gün sonra doğrudan akciğerlere pnömokoklarla aşılanmış farelerde modellenmiştir15,16. Bu, sekonder bakteriyel pnömoniye duyarlılığı yeniden üretir ve antiviral bağışıklık tepkilerinin antibakteriyel savunmayı nasıl bozduğunu incelemek için idealdir17. Bununla birlikte, insanlarda yapılan uzunlamasına çalışmalar, bakterilerin asemptomatik biyofilmler oluşturabildiği nazofarenkste pnömokok taşıyıcılığının18, invaziv hastalıklarla eşit şekilde ilişkili olduğunu göstermiştir19,20. Orta kulak, akciğer ve kan enfeksiyonlarından kaynaklanan bakteriyel izolatlar, nazofarenks20’de bulunanlarla genetik olarak aynıdır. Bu nedenle, IAV enfeksiyonunu takiben asemptomatik taşıyıcılıktan invaziv hastalığa geçişi incelemek için, farelere intranazal olarak biyofilm ile yetiştirilen pnömokokların uygulandığı ve ardından nazofarenksin IAV enfeksiyonunun uygulandığı bir model oluşturulmuştur21,22. Üst solunum yolunun viral enfeksiyonu, konakçı ortamda, pnömokokların biyofilmlerden dağılmasına ve alt solunum yollarına yayılmasına yol açan değişikliklere yol açmıştır21. Bu dağınık bakteriler, enfeksiyon için önemli olan virülans faktörlerinin ekspresyonunu yukarı regüle etmiş, onları kolonizatörlerden patojenlere dönüştürmüştür21. Bu gözlemler, virüs, konakçı ve bakteriler arasındaki karmaşık etkileşimi vurgulamakta ve viral enfeksiyon tarafından tetiklenen konakçıdaki değişikliklerin pnömokok davranışı üzerinde doğrudan bir etkiye sahip olduğunu ve bunun da bakteriyel enfeksiyonun seyrini değiştirdiğini göstermektedir. Bununla birlikte, bu model insanlarda gözlenen ciddi hastalık belirtilerini özetlemekte başarısız olur, çünkü muhtemelen virüs burun boşluğu ile sınırlıdır ve viral enfeksiyonun konakçı bağışıklığı ve akciğer hasarı üzerindeki sistemik etkileri özetlenmemiştir.
Son zamanlarda, konakçı ve patojenler arasındaki karmaşık etkileşimi içeren, aynı zamanda insanlarda gözlenen hastalık şiddetini daha yakından taklit eden bir model oluşturduk23. Bu modelde, fareler ilk önce asemptomatik taşıyıcılık oluşturmak için biyofilm ile yetiştirilen pnömokoklar ile intranazal olarak enfekte edilir, ardından hem nazofarenks hem de akciğerlerin IAV enfeksiyonu izlenir. Bu, akciğerlere bakteriyel yayılım, akciğer iltihabı ve genç farelerin bir kısmında ölümcüllüğe ilerleyen hastalıklarla sonuçlandı23. Bu önceki çalışma, hem viral hem de bakteriyel enfeksiyonun konak savunmasını değiştirdiğini göstermiştir: viral enfeksiyon bakteriyel yayılımı teşvik etti ve önceki bakteriyel kolonizasyon, konağın pulmoner IAV seviyelerini kontrol etme yeteneğini bozdu23. İmmün yanıtın incelenmesi, IAV enfeksiyonunun nötrofillerin antibakteriyel aktivitesini azalttığını, bakteriyel kolonizasyonun ise antiviral savunma için kritik olan tip I interferon yanıtını körelttiğini ortaya koymuştur23. Daha da önemlisi, bu model yaşlanmanın duyarlılığını yeniden üretti. Genç farelerle karşılaştırıldığında, yaşlı fareler daha erken hastalık belirtileri gösterdi, daha ciddi klinik hastalık gösterdi ve enfeksiyona daha sık yenik düştü23. Bu makalede sunulan çalışma, hastalığın derecesinin bakteriyel suşa da bağlı olduğunu göstermektedir, çünkü invaziv pnömokok suşları IAV enfeksiyonu üzerinde daha etkili yayılım gösterir, pulmoner inflamasyonun daha açık belirtilerini gösterir ve invaziv olmayan suşlara kıyasla daha hızlı hastalık oranlarına neden olur. Bu nedenle, bu S. pneumoniae / IAV ko-enfeksiyon modeli, hem patojen hem de konakçı faktörlerin ayrıntılı olarak incelenmesine izin verir ve hastalık progresyonunun farklı aşamalarında polimikrobiyal enfeksiyonlara karşı bağışıklık tepkilerini incelemek için çok uygundur.
Mevcut S. pneumoniae / IAV ko-enfeksiyon deneysel çalışmalarının çoğu, IAV ile önceden enfekte olmuş farelerin akciğerlerine bakteriyel iletime dayanmaktadır. Bu modeller, konakçıyı sekonder bakteriyel enfeksiyona duyarlı hale getiren pulmoner ortamdaki ve sistemik immün yanıttaki değişikliklerin belirlenmesine yardımcı olmuştur 15,16,17,32,33,34,35,36,37. Bununla birlikte, bu modeller S. pneumoniae’nin asemptomatik bir kolonizatörden ciddi akciğer ve sistemik enfeksiyonlara neden olabilen bir patojene geçişini taklit edememiştir. Ayrıca, bu modeller üst solunum yollarında enfeksiyona duyarlılığa katkıda bulunan konakçı faktörlerini ve konakçı-patojen etkileşimlerini incelemek için uygun değildir. İAv enfeksiyonundan sonra pnömokokların nazofarenksten akciğere hareketi için önceki bir model, nazofarenksin bakteriyel enfeksiyonuna ve ardından viral enfeksiyona dayanıyordu. Bununla birlikte, insan hastalarda gözlenen ciddi hastalık belirtilerini yeniden üretemedi21. Burada tarif edilen modifiye murin enfeksiyonu modeli, S. pneumoniae’nin asemptomatik taşıyıcılıktan ciddi klinik hastalığa neden olan bir patojene geçişini özetlemektedir.
Bu modelin kritik bir adımı, nazofarenkste S. pneumoniae enfeksiyonunun kurulmasıdır. Streptococcus pneumoniae, biyofilmler oluşturur ve nazofarenksi farklı verimliliklerde kolonize eder21,38. Tutarlı enfeksiyon oluşturmak için, şimdiye kadar test edilen biyofilm ile yetiştirilen bakteri suşlarının en az 5 × 106 CFU’su gereklidir23. Herhangi bir yeni bakteri suşunun viral enfeksiyondan önce nazofarenksin stabil enfeksiyonu için test edilmesi önerilir. Viral ko-enfeksiyon için, önceki çalışmalar, bakterilerin nazofarenksten dağılması için IAV ile intranazal enfeksiyonun gerekli olduğunu bulmuştur21,22,23. Önceki çalışmalarda, intranazal doğum için 500 PFU IAV kullanılırken, bu çalışmada nazofarenksteki bakteri sayılarını artırmak için 200 PFU yeterliydi. IAV enfeksiyonu üst solunum yolları ile sınırlı değildir ve akciğerlere yayılabilir39,40, bu da pulmoner ortamı bakteriyel enfeksiyon için daha izin verici hale getirmenin anahtarıdır15,16,41. IAV’nin akciğerlere verilmesi, intranazal doğum veya anestezi uygulanan farelerin intratrakeal yerleştirilmesi ile sağlanabilir. BALB / cByJ fareleri ile yapılan önceki çalışmalar, intranazal doğumun viral pnömoni ile sonuçlandığını bulmuştur21; Bununla birlikte, intranazal aşılamayı takiben inokulumun akciğerlere erişimi C57BL / 6 farelerde daha sınırlıdır. C57BL/6 farelerde, virüs23’ün tutarlı bir şekilde verilmesi için intratrakeal kurulum gereklidir. Bu modelde, önceki bakteriyel kolonizasyon, viral enfeksiyon sonrası hastalık semptomlarının ortaya çıkışını hızlandırmaktadır23. Viral enfeksiyonun kendisi kinetik potansiyel varyasyon ile hastalık semptomlarına neden olabileceğinden, önce test edilen herhangi bir yeni viral suş için bir dizi dozun test edilmesi ve birlikte enfekte konakçılarda hızlandırılmış kinetiği ortaya çıkaran bir doz seçilmesi önerilir.
Akciğerler, bu modelde hastalık değerlendirmesi için başka bir kritik okuma sağlar. Patojen yükünün ve bağışıklık hücresi akışının değerlendirilmesi için, aynı fareden bir akciğer kullanılabilir. Bununla birlikte, enfeksiyon ve inflamasyon şiddeti loblar arasında farklılık gösterebileceğinden, çeşitli değerlendirmeler için aynı akciğerin farklı loblarının alınmaması önerilir. Aksine, tüm loblar küçük parçalara ayrılabilir, birlikte iyice karıştırılabilir ve daha sonra farklı değerlendirmeler için eşit olarak ayrıştırılabilir. Benzer şekilde, nazofarenks, bakteriyel CFU veya viral PFU ve immün yanıtın sayımı için kullanılabilir. Bununla birlikte, yıkamalardan ve dokulardan elde edilen hücre sayısı, aynı gruptaki farelerden alınan örnekleri bir araya getirmeden akış sitometrisi yapmak için çok düşüktür. Alternatif olarak, nazofarenksteki inflamasyon histolojik olarak değerlendirilebilir23.
Bu modelin kritik bir özelliği, hastalarda görülen klinik hastalığı özetlemesidir. İnsanlarda, IAV enfeksiyonunu takiben sekonder pnömokok pnömonisi sıklıkla öksürük, nefes darlığı, ateş ve hastaneye yatışlara, solunum yetmezliğine ve hatta ölüme yol açabilecek kas ağrıları dahil olmak üzere belirgin hastalık belirtileri ile sonuçlanır 8,15,42,43. Bu model, insanlarda gözlenen ciddi klinik hastalık belirtilerini, fareler tarafından görüntülenen nefes almada zorluk (solunum skoruna yansıyan) ve genel halsizlik (duruş ve hareket skorlarına yansıyan) ve bazı sağlıklı genç kontrollerde ölüm açısından özetlemektedir. Birlikte enfekte olmuş farelerde şiddetlenen hastalık semptomları muhtemelen hem akciğerlere bakteriyel yayılımın hem de pnömokok taşıyıcısı23 olan farelerde bozulmuş viral klirensin bir sonucudur. Modelin bir sınırlaması, klinik hastalık insidansının ve nazofarenksten bakteriyel yayılımın fareler arasında değişmesi ve bakteriyel suş, konakçı yaş ve genotip21,22,23’ten etkilenmesidir. Bunu yansıtarak, invaziv suşlar için, lokalize enfeksiyondan (saptanabilir bakteriyemi olmadan) ölüme ilerleme 24 saat içinde gerçekleşebilir. Bu nedenle, sistemik yayılımın gerçek bir değerlendirmesi için, bakteriyemi daha kısa aralıklarla (her 6-12 saatte bir) takip edilmelidir. Benzer şekilde, hastalık skoru, özellikle ko-enfeksiyondan sonraki ilk 72 saat içinde hızla değişebilir. Bu nedenle, hastalık semptomlarını yakından izlemek için, IAV enfeksiyonundan sonraki 1-3 gün boyunca fareleri günde üç kez izlemeniz önerilir.
Özetle, bu model S. pneumoniae’nin nazofarenksin asemptomatik bir kolonizöründen, IAV enfeksiyonu üzerine pulmoner ve sistemik hastalığa neden olabilen bir patojene hareketini çoğaltır. Bu modelde IAV, nazofarenksteki bakteriyel davranışı değiştirerek, akciğere bakteriyel yayılımı artırarak ve antibakteriyel bağışıklığı değiştirerek S. pneumoniae’nin geçişini tetikler23. Benzer şekilde, bakteriyel taşıyıcılık antiviral immün yanıtları köreltir ve akciğerlerden IAV klirensini bozar23. Bu, bu modeli, tek ve polimikrobiyal enfeksiyonlarda bağışıklık yanıtlarındaki değişiklikleri ayrıştırmak için ideal kılar. Ek olarak, ko-enfeksiyonu takiben hastalığın seyri, kısmen, nazofarenkste bulunan pnömokokların suşuna bağlıdır. Bu nedenle, model S. pneumoniae’nin patojenik geçişine karşı asemptomatik kolonizasyon için gerekli bakteriyel faktörlerin diseksiyonu için uygundur. Son olarak, bu model yaşlanmanın ko-enfeksiyonlara duyarlılığını yeniden üretir ve bu burada test edilmemiş olmasına rağmen, konakçı arka planının hastalık seyri üzerindeki etkisini değerlendirmek için kolayca kullanılabilir. Sonuç olarak, taşıma ve hastalığın farklı adımlara ayrılması, hem patojenlerin hem de konakçının genetik varyantlarını analiz etme fırsatı sunarak, önemli bir patobiyonun konakçı ile etkileşimlerinin hastalık progresyonunun farklı aşamalarında ayrıntılı olarak incelenmesine olanak tanır. İleriye dönük olarak, bu model savunmasız konakçılar için tedavi seçeneklerini uyarlamak için kullanılabilir.
The authors have nothing to disclose.
Bu yazının eleştirel okuması ve düzenlenmesi için Nick Lenhard’a teşekkür ederiz. Ayrıca bakteri suşları için Andrew Camilli ve Anthony Campagnari’ye ve viral suşlar için Bruce Davidson’a teşekkür ederiz. Bu çalışma, J.L.’ye Ulusal Sağlık Enstitüsü Hibesi (R21AG071268-01) ve Ulusal Sağlık Hibeleri Enstitüsü (R21AI145370-01A1), (R01AG068568-01A1), (R21AG071268-01) tarafından E.N.B.G.’ye desteklenmiştir.
4-Aminobenzoic acid | Fisher | AAA1267318 | Mix I stock |
96-well round bottom plates | Greiner Bio-One | 650101 | |
100 µm Filters | Fisher | 07-201-432 | |
Adenine | Fisher | AC147440250 | Mix I stock |
Avicel | Fisher | 501785325 | Microcyrstalline cellulose |
BD Cytofix Fixation Buffer | Fisher | BDB554655 | Fixation Buffer |
BD Fortessa | Flow cytometer | ||
BD Intramedic Polyethylene Tubing | Fisher | 427410 | Tubing for nasal lavage |
BD Disposable Syringes with Luer-Lok Tips (1 mL) | Fisher | 14-823-30 | |
BD Microtainer Capillary Blood Collector and BD Microgard Closure | Fisher | 02-675-185 | Blood collection tubes |
Beta-Nicotinamide adenine dinucleotide | Fisher | AAJ6233703 | Mix IV stock |
Biotin | Fisher | AC230090010 | Vitamin stock |
C57BL/6J mice | The Jackson Laboratory | #000644 | Mice used in this study |
Calcium Chloride Anhydrous | Fisher Chemical | C77-500 | Mix I stock |
CD103 BV 421 | BD Bioscience | BDB562771 | Clone: M290 DF 1:200 |
CD11b APC | Invitrogen | 50-112-9622 | Clone: M1/70, DF 1:300 |
CD11c PE | BD Bioscience | BDB565592 | Clone: N418 DF 1:200 |
CD3 AF 488 | BD Bioscience | OB153030 | Clone: 145-2C11 DF 1:200 |
CD4 V450 | BD Horizon | BDB560470 | Clone: RM4.5 DF 1:300 |
CD45 APC eF-780 | BD Bioscience | 50-112-9642 | Clone: 30-F11 DF 1:200 |
CD45 PE | Invitrogen | 50-103-70 | Clone: 30-F11 DF 1:200 |
CD8α BV 650 | BD Horizon | BDB563234 | Clone: 53-6.7 DF 1:200 |
Choline chloride | Fisher | AC110290500 | Final supplement to CDM |
Corning Disposable Vacuum Filter/Storage Systems | Fisher | 09-761-107 | Filter sterilzation apparatus |
Corning Tissue Culture Treated T-25 Flasks | Fisher | 10-126-9 | |
Corning Costar Clear Multiple Well Plates | Fisher | 07-201-590 | |
Corning DMEM With L-Glutamine and 4.5 g/L Glucose; Without Sodium Pyruvate | Fisher | MT10017CM | |
Cyanocobalamin | Fisher | AC405925000 | Mix I stock |
D39 | National Collection of Type Culture (NCTC) | NCTC 7466 | Streptococcus pneumoniae strain |
D-Alanine | Fisher | AAA1023114 | Mix I stock |
D-Calcium pantothenate | Fisher | AC243301000 | Vitamin stock |
Dextrose | Fisher Chemical | D16-500 | Starter stock |
Dnase | Worthington Biochemical | LS002147 | |
Eagles Minimum Essential Medium | ATCC | 30-2003 | |
EDTA | VWR | BDH4616-500G | |
EF3030 | Center for Disease Control and Prevention | Available via the isolate bank request | Streptococcus pneumoniae strain, request using strain name |
F480 PE Cy7 | BD Bioscience | 50-112-9713 | Clone: BMB DF 1:200 |
Falcon 50 mL Conical Centrifuge Tubes | Fisher | 14-432-22 | 50 mL round bottom tube |
Falcon Round-Bottom Polypropylene Test Tubes With Cap | Fisher | 14-959-11B | 15 mL round bottom tube |
Falcon Round-Bottom Polystyrene Test Tubes (5 mL) | Fisher | 14-959-5 | FACS tubes |
FBS | Thermofisher | 10437-028 | |
Ferric Nitrate Nonahydrate | Fisher | I110-100 | Mix III stock |
Fisherbrand Delicate Dissecting Scissors | Fisher | 08-951-5 | Instruments used for harvest |
Fisherbrand Disposable Inoculating Loops | Fisher | 22-363-602 | Inoculating loops |
Fisherbrand Dissecting Tissue Forceps | Fisher | 13-812-38 | Forceps for harvest |
Fisherbrand Premium Microcentrifuge Tubes: 1.5 mL | Fisher | 05-408-137 | Micocentrifuge tubes |
Fisherbrand Sterile Syringes for Single Use (10 mL) | Fisher | 14-955-459 | |
Folic Acid | Fisher | AC216630500 | Vitamin stock |
Gibco RPMI 1640 (ATCC) | Fisher | A1049101 | |
Gibco DPBS, no calcium, no magnesium | Fisher | 14190250 | |
Gibco HBSS, calcium, magnesium, no phenol red | Fisher | 14025134 | |
Gibco MEM (Temin's modification) (2x), no phenol red | Fisher | 11-935-046 | |
Gibco Penicillin-Streptomycin (10,000 U/mL) | Fisher | 15-140-122 | |
Gibco Trypan Blue Solution, 0.4% | Fisher | 15-250-061 | |
Gibco Trypsin-EDTA (0.25%), phenol red | Fisher | 25-200-056 | |
Glycerol (Certified ACS) | Fisher | G33-4 | |
Glycine | Fisher | AA3643530 | Amino acid stock |
Guanine | Fisher | AAA1202414 | Mix II stock |
Invitrogen UltraComp eBeads Compensation Beads | Fisher | 50-112-9040 | |
Iron (II) sulfate heptahydrate | Fisher | AAA1517836 | Mix III stock |
L-Alanine | Fisher | AAJ6027918 | Amino acid stock |
L-Arginine | Fisher | AAA1573814 | Amino acid stock |
L-Asparagine | Fisher | AAB2147322 | Amino acid stock |
L-Aspartic acid | Fisher | AAA1352022 | Amino acid stock |
L-Cysteine | Fisher | AAA1043518 | Amino acid stock |
L-Cysteine hydrochloride monohydrate | Fisher | AAA1038914 | Final supplement to CDM |
L-Cystine | Fisher | AAA1376218 | Amino acid stock |
L-Glutamic acid | Fisher | AC156211000 | Amino acid stock |
L-Glutamine | Fisher | O2956-100 | Amino acid stock |
L-Histidine | Fisher | AC166150250 | Amino acid stock |
LIFE TECHNOLOGIES LIVE/DEAD Fixable Blue Dead Cell Stain Kit, for UV excitation | Invitrogen | 50-112-1524 | Clone: N/A DF 1:500 |
L-Isoleucine | Fisher | AC166170250 | Amino acid stock |
L-Leucine | Fisher | BP385-100 | Amino acid stock |
L-Lysine | Fisher | AAJ6222514 | Amino acid stock |
L-Methionine | Fisher | AAA1031822 | Amino acid stock |
Low endotoxin BSA | Sigma Aldrich | A1470-10G | |
L-Phenylalanine | Fisher | AAA1323814 | Amino acid stock |
L-Proline | Fisher | AAA1019922 | Amino acid stock |
L-Serine | Fisher | AC132660250 | Amino acid stock |
L-Threonine | Fisher | AC138930250 | Amino acid stock |
L-Tryptophan | Fisher | AAA1023014 | Amino acid stock |
L-Valine | Fisher | AAA1272014 | Amino acid stock |
Ly6C BV 605 | BD Bioscience | BDB563011 | Clone: AL-21 DF 1:300 |
Ly6G AF 488 | Biolegend | NC1102120 | Clone: IA8, DF 1:300 |
Madin-Darby Canine Kidney (MDCK) cells | American Type Culture Collection (ATCC) | CCL-34 | MDCK cell line for PFU analuysis |
Magnesium Sulfate 7-Hydrate | Fisher | 60-019-68 | CDM starter stock |
Manganese Sulfate | Fisher | M113-500 | Mix I stock |
MilQ water | Ultra-pure water | ||
Mouse Fc Block | BD Bioscience | BDB553142 | Clone: 2.4G2 DF 1:100 |
MWI VETERINARY PURALUBE VET OINTMENT | Fisher | NC1886507 | Eye lubricant for infection |
NCI-H292 mucoepidermoid carcinoma cell line | ATCC | CRL-1848 | H292 lung epithelial cell line for biofilm growth |
Niacinamide | Fisher | 18-604-792 | Vitamin stock |
NK 1.1 AF 700 | BD Bioscience | 50-112-4692 | Clone: PK136 DF 1:200 |
Oxyrase For Broth 50Ml Bottle 1/Pk | Fisher | 50-200-5299 | To remove oxygen from liquid cultures |
Paraformaldehyde 4% in PBS | Thermoscientific | J19932-K2 | |
Pivetal Isoflurane | Patterson Veterinary | 07-893-8440 | Isoflurane for anesthesia during infection |
Potassium Phosphate Dibasic | Fisher Chemical | P288-500 | Starter stock |
Potassium Phosphate Monobasic | Fisher Chemical | P285-500 | Starter stock |
Pyridoxal hydrochloride | Fisher | AC352710250 | Vitamin stock |
Pyridoxamine dihydrochloride | Fisher | AAJ6267906 | Mix I stock |
Riboflavin | Fisher | AC132350250 | Vitamin stock |
Sodium Acetate | VWR | 0530-500G | Starter stock |
Sodium Azide | Fisher Bioreagents | BP922I-500 | For FACS buffer |
Sodium Bicarbonate | Fisher Chemical | S233-500 | Starter stock and final supplement to CDM |
Sodium Phosphate Dibasic | Fisher Chemical | S374-500 | Starter stock |
Sodium Phosphate Monobasic | Fisher Chemical | S369-500 | Starter stock |
TCR APC | BD Bioscience | 50-112-8889 | Clone: GL-3 DF 1:200 |
TCRβ APC-Cy7 | BD Pharmigen | BDB560656 | Clone: H57-597 DF 1:200 |
Thermo Scientific Blood Agar with Gentamicin | Fisher | R01227 | Blood agar plates with the antibiotic gentamicin |
Thermo Scientific Trypsin, TPCK Treated | Fisher | PI20233 | |
Thiamine hydrochloride | Fisher | AC148991000 | Vitamin stock |
TIGR4 | ATCC | BAA-334 | Streptococcus pneumoniae strain |
Uracil | Fisher | AC157300250 | Mix II stock |
Worthington Biochemical Corporation Collagenase, Type 2, 1 g | Fisher | NC9693955 |