मल्टीप्लेक्स बारकोडिंग छवि विश्लेषण ने हाल ही में ट्यूमर माइक्रोएन्वायरमेंट के लक्षण वर्णन में सुधार किया है, जिससे सेल संरचना, कार्यात्मक स्थिति और सेल-सेल इंटरैक्शन के व्यापक अध्ययन की अनुमति मिलती है। यहां, हम ऑलिगोन्यूक्लियोटाइड-संयुग्मित एंटीबॉडी और चक्र इमेजिंग के बारकोडिंग का उपयोग करके एक धुंधला और इमेजिंग प्रोटोकॉल का वर्णन करते हैं, जो एक उच्च-आयामी छवि विश्लेषण तकनीक के उपयोग की अनुमति देता है।
ऑलिगोन्यूक्लियोटाइड्स के साथ एंटीबॉडी बारकोडिंग का उपयोग करके मल्टीप्लेक्स इमेजिंग तकनीक, जो क्रमिक रूप से एक ही ऊतक अनुभाग में कई एपिटोप्स का पता लगाती है, ट्यूमर मूल्यांकन के लिए एक प्रभावी पद्धति है जो ट्यूमर माइक्रोएन्वायरमेंट की समझ में सुधार करती है। फॉर्मेलिन-फिक्स्ड, पैराफिन-एम्बेडेड ऊतकों में प्रोटीन अभिव्यक्ति का विज़ुअलाइज़ेशन तब प्राप्त किया जाता है जब एक विशिष्ट फ्लोरोफोरे को पूरक ऑलिगोन्यूक्लियोटाइड्स के माध्यम से एंटीबॉडी-बाउंड बारकोड में लगाया जाता है और फिर नमूना इमेजिंग की जाती है; दरअसल, यह विधि एकल ऊतक धुंधला प्रतिक्रिया में 40 से अधिक एंटीबॉडी के अनुकूलन योग्य पैनलों के उपयोग की अनुमति देती है। यह विधि ताजा जमे हुए ऊतक, फॉर्मेलिन-फिक्स्ड, पैराफिन-एम्बेडेड ऊतक, सुसंस्कृत कोशिकाओं और परिधीय रक्त मोनोन्यूक्लियर कोशिकाओं के साथ संगत है, जिसका अर्थ है कि शोधकर्ता एकल-सेल रिज़ॉल्यूशन पर विभिन्न प्रकार के नमूना प्रकारों को देखने के लिए इस तकनीक का उपयोग कर सकते हैं। यह विधि एक मैनुअल धुंधला और फिक्सिंग प्रोटोकॉल के साथ शुरू होती है, और सभी एंटीबॉडी बारकोड एक एंटीबॉडी कॉकटेल का उपयोग करके लागू किए जाते हैं। धुंधला तरल पदार्थ उपकरण पूरी तरह से स्वचालित है और लेबलिंग, इमेजिंग और वर्णक्रमीय रूप से अलग फ्लोरोफोरे को हटाने के पुनरावृत्ति चक्र करता है जब तक कि सभी बायोमाकर्स को मानक प्रतिदीप्ति माइक्रोस्कोप का उपयोग करके चित्रित नहीं किया जाता है। फिर छवियों को सभी मार्करों के लिए एकल-सेल रिज़ॉल्यूशन प्राप्त करने के लिए सभी इमेजिंग चक्रों में एकत्र और संकलित किया जाता है। एकल-चरण धुंधला और कोमल फ्लोरोफोरे हटाने से न केवल अत्यधिक मल्टीप्लेक्स बायोमार्कर विश्लेषण की अनुमति मिलती है, बल्कि वांछित होने पर अतिरिक्त डाउनस्ट्रीम विश्लेषण के लिए नमूने को संरक्षित भी किया जाता है (जैसे, हेमटोक्सीलिन और ईओसिन धुंधला)। इसके अलावा, छवि विश्लेषण सॉफ्टवेयर छवि प्रसंस्करण-बहाव मुआवजा, पृष्ठभूमि घटाव, सेल विभाजन और क्लस्टरिंग-साथ ही स्थानिक नेटवर्क मानचित्रों की पीढ़ी के लिए छवियों और सेल फेनोटाइप के विज़ुअलाइज़ेशन और विश्लेषण को सक्षम करता है। सारांश में, यह तकनीक एक कम्प्यूटरीकृत माइक्रोफ्लुइडिक्स सिस्टम और फ्लोरेसेंस माइक्रोस्कोप को पुनरावर्ती रूप से संकरण, छवि और स्ट्रिप फ्लोरोसेंटली लेबल डीएनए जांच के लिए नियोजित करती है जो ऊतक-बाध्य, ऑलिगोन्यूक्लियोटाइड-संयुग्मित एंटीबॉडी के पूरक हैं।
ट्यूमर माइक्रोएन्वायरमेंट (टीएमई) बेहद विषम है, जिसमें ट्यूमर कोशिकाएं, ट्यूमर स्ट्रोमल कोशिकाएं, प्रतिरक्षा कोशिकाएं, बाह्य मैट्रिक्स के गैर-कोशिकीय घटक और ट्यूमर, स्ट्रोमल औरप्रतिरक्षा कोशिकाओं द्वारा उत्पादित और जारी कई प्रचुर मात्रा में अणु शामिल हैं। साक्ष्य जमा करना दर्शाता है कि टीएमई में ट्यूमर भेदभाव, विकास, आक्रमण, मेटास्टेसिस और उपचार ों की प्रतिक्रिया को पुन: प्रोग्राम करने में एक महत्वपूर्ण भूमिकाहै।
यह समझना कि टीएमई में विभिन्न सेल प्रकार सिग्नलिंग नेटवर्क के माध्यम से एक दूसरे के साथ कैसे बातचीत करते हैं और संवाद करते हैं, कैंसर निदान में सुधार, इम्यूनोथेरेपी को अनुकूलित करने औरनए उपचार विकसित करने के लिए आवश्यक है। इम्यूनोहिस्टोकेमिस्ट्री (आईएचसी) और इम्यूनोफ्लोरेसेंस (आईएफ) सहित पारंपरिक ऊतक माइक्रोस्कोपी तकनीकों का उपयोग ट्यूमर के नमूनों में सेल प्रकार, बहुतायत और संचार का अध्ययन करने के लिए दशकों से किया गया है। दुर्भाग्य से, ये तकनीक ें आमतौर पर एक ऊतक अनुभाग में केवल एक या दो प्रोटीन मार्करों का मूल्यांकन कर सकती हैं और इन कोशिकाओं के बीच जटिल स्थानिक और संरचनात्मक संबंधों को प्रकट नहीं कर सकतीहैं।
पिछले दो दशकों में, कई मल्टीप्लेक्स इमेजिंगप्रौद्योगिकियां स्थापित की गई हैं। ये प्रौद्योगिकियां टीएमई के भीतर प्रतिरक्षा कोशिकाओं की संरचना, कार्य और स्थान के बहुत बेहतर दृश्य प्रदान करती हैं, जिससे एकल-कोशिका स्तर 9,10 पर जटिल टीएमई की पहचान करने और स्थानिक रूप से प्रोफाइल करने की क्षमता में तेजी से प्रगति होती है। टीएमई में विभिन्न ट्यूमर और प्रतिरक्षा कोशिकाओं के स्थानिक और संरचनात्मक संबंध अब इन मल्टीप्लेक्स इमेजिंग प्रौद्योगिकियों11,12 का उपयोग करके जैविक और नैदानिक अध्ययनों में सबसे आगे हैं।
ऑलिगोन्यूक्लियोटाइड-संयुग्मित एंटीबॉडी बारकोडिंग का उपयोग करके हाल ही में विकसित मल्टीप्लेक्स इमेजिंग तकनीक एक प्रभावशाली एकल-कोशिका जैविक अनुसंधान मंच है जो फॉर्मेलिन-फिक्स्ड, पैराफिन-एम्बेडेड (एफएफपीई) नमूनों में ऑलिगोन्यूक्लियोटाइड-संयुग्मित एंटीबॉडी का पता लगाने पर आधारित है। वर्तमान में, यह मल्टीप्लेक्स इमेजिंग तकनीक एकल ऊतक खंड15 में 100 से अधिक मार्करों की एक साथ इमेजिंग की अनुमति देती है, जिसने सेल प्रकारों की संख्या में वृद्धि की है जो सीटू में अलग-अलग हैं। यह ट्यूमर और प्रतिरक्षा कोशिकाओं के स्थानिक विश्लेषण के स्तर को सक्षम करता है जो पारंपरिक इम्यूनोफेनोटाइपिंग दृष्टिकोण16 का उपयोग करके संभव नहीं है।
यहां, हम ऑलिगोन्यूक्लियोटाइड्स के लिए शुद्ध एंटीबॉडी को संयुग्मित करने और मल्टीप्लेक्स इमेजिंग प्लेटफॉर्म और एफएफपीई ऊतक के साथ एक मल्टीसाइकिल इमेजिंग प्रक्रिया का उपयोग करके इस संयुग्मन को मान्य करने के लिए एक अनुकूलित प्रोटोकॉल का वर्णन करते हैं। इसके अलावा, हम इस तकनीक के साथ उपयोग की जाने वाली बुनियादी छवि प्रसंस्करण और डेटा विश्लेषण प्रक्रियाओं का वर्णन करते हैं।
टीएमई कैंसर के विकास, प्रगति और उपचार प्रतिक्रियाओं में एक आवश्यक भूमिका निभाता है। इसके अतिरिक्त, टीएमई में विशिष्ट ट्यूमर-घुसपैठ लिम्फोसाइट उपसमुच्चय का घनत्व कुछ प्रकार के कैंसर के लिए एक रोगसूचक बायोमार्कर के रूप में काम कर सकता है। उल्लेखनीय रूप से, टीएमई की सेलुलर संरचना के अलावा, एक ट्यूमर की स्थानिक विशेषताएं ट्यूमर के जीव विज्ञान को समझने और संभावित रोगसूचक बायोमार्कर12,17 की पहचान करने के लिए एक रूपरेखा प्रदान कर सकती हैं।
चूंकि कई प्रतिरक्षा कोशिका आबादी प्रोकैंसर या एंटीकैंसर प्रतिक्रियाओं में शामिल हैं, इन कोशिकाओं की बेहतर समझ और एक दूसरे के साथ और कैंसर कोशिकाओं के साथ उनके स्थानिक संबंधों से नई इम्यूनोथेरेप्यूटिक रणनीतियों की पहचान का मार्गदर्शन करने में मदद मिलेगी। पिछले अध्ययनों ने इंट्राट्यूमरल और पेरिट्यूमरल क्षेत्रों में ऊतक संरचना और ट्यूमर कोशिकाओं के आक्रामक मार्जिन18,19 के आधार पर टीएमई कोशिकाओं के स्थान और स्थानिक वितरण को स्तरीकृत किया है। पिछले 15 वर्षों में, तकनीकी प्रगति ने उनके स्थानिक फैलाव के आधार पर व्यक्तिगत कोशिकाओं के फेनोटाइपिक विश्लेषण को टीएमई का अध्ययन करने और ट्यूमर इम्यूनोथेरेपी के लिए संभावित बायोमाकर्स को वर्गीकृत करने के लिए एक नया, प्रभावशाली उपकरण बना दिया है। मल्टीप्लेक्स आईएफ हिस्टोकेमिस्ट्री समवर्ती रूप से कई जैविक मार्करों का अनुमान लगा सकताहै।
ऑलिगोन्यूक्लियोटाइड-संयुग्मित एंटीबॉडी रणनीति के समान, टीएमई का अध्ययन करने के लिए चार प्रकार के प्रोटीन-आधारित मल्टीप्लेक्स प्लेटफार्मों का उपयोग किया जाता है: क्रोमोजेन-, फ्लोरेसेंस-, डीएनए बारकोड-, और धातु आइसोटोप-लेबल एंटीबॉडी डिटेक्शन सिस्टम। लागत प्रभावी क्रोमोजेनिक आईएचसी प्लेटफॉर्म पारंपरिक उज्ज्वल-क्षेत्र माइक्रोस्कोपी का उपयोग करके पूरे स्लाइड विज़ुअलाइज़ेशन और पैथोलॉजिकल मूल्यांकन को सक्षम करते हैं। मल्टीप्लेक्स आईएफ और आईएचसी में, फ्लोरोफोर के साथ संयुग्मित एंटीबॉडी का उपयोग किया जाता है। मल्टीप्लेक्स आईएफ/आईएचसी प्लेटफॉर्म उच्च विशिष्टता के साथ एंटीबॉडी का पता लगाता है और उपकोशिकीय स्तर 6,21 पर भी लक्षित एंटीबॉडी की मात्रा निर्धारित कर सकता है। इसके अलावा, क्रोमोजेन्स और फ्लोरोफोर की प्रकृति के कारण, एक एंटीबॉडी पैनल का उपयोग एक स्लाइड पर 10 बायोमाकर्स की अभिव्यक्ति को पकड़ सकता है। धातु आइसोटोप-आधारित प्लेटफार्मों पर, धातु-टैग किए गए एंटीबॉडी का उपयोग एकल-कोशिका और स्थानिक संकल्प के साथ मल्टीप्लेक्स इमेजिंग करने के लिए किया जाता है, और व्यक्तिगत ऊतक अनुभाग22 के लिए उच्च संवेदनशीलता। सैद्धांतिक रूप से, ये धातु-संयुग्मित एंटीबॉडी दृष्टिकोण एक एकल ऊतक खंड पर 100 से अधिक बायोमाकर्स का एक साथ पता लगाने में सक्षम होते हैं। आइसोटोप-लेबलिंग तकनीक की एक चुनौती आइसोबेरिक हस्तक्षेप है, जो संवर्धन की 100% शुद्धता को23 तक पहुंचने से रोकती है। इसके अलावा, मार्करों की संख्या बढ़ने के साथ हस्तक्षेप बढ़ जाता है। डीएनए-संयुग्मित एंटीबॉडी डिटेक्शन प्लेटफॉर्म अद्वितीय डीएनए बारकोड के साथ लेबल किए गए एंटीबॉडी को पहचानते हैं। इन प्लेटफार्मों पर उच्च विशिष्टता के साथ 40 से अधिक बायोमाकर्स को एक साथ कैप्चर किया जा सकताहै।
मल्टीप्लेक्स इमेजिंग एक व्यावसायिक रूप से उपलब्ध डीएनए बारकोड-लेबल एंटीबॉडी डिटेक्शन प्लेटफॉर्म है जो डीएनए-संयुग्मित एंटीबॉडी को एक चरण में एकल ऊतक स्लाइड पर लागू करता है (चित्रा 8)। ऊतक तैयार करने के चरण के लिए, मल्टीप्लेक्स आयन बीम इमेजिंग प्लेटफॉर्म के विपरीत, जिसके लिए निर्माताओं से प्राप्त सोने की लेपित स्लाइड के उपयोग की आवश्यकता होती है, मल्टीप्लेक्स इमेजिंग प्लेटफॉर्म को केवल 0.1% पॉली-एल-लाइसिन के साथ लेपित नियमित कवरलिप्स या स्लाइड की आवश्यकता होती है ताकि ऊतक को इसका पालन करने में मदद मिल सके और धुंधला और इमेजिंग प्रक्रिया के दौरान ऊतक बरकरार रह सके। सेक्शनिंग के बाद 4 सप्ताह के भीतर कवरलिप्स पर ऊतक वर्गों के उपयोग की सिफारिश की जाती है, क्योंकि बिना दाग वाली स्लाइडों के लंबे समय तक भंडारण के परिणामस्वरूप एंटीजेनिसिटी में कमी आती है। एक सना हुआ कवरस्लिप नमूना अपने धुंधला संकेत को खोए बिना 2 सप्ताह तक 4 डिग्री सेल्सियस पर भंडारण बफर में बनाए रखा जा सकता है। कवरस्लिप नमूनों के भंडारण के लिए किसी विशेष उपकरण की आवश्यकता नहीं है। मल्टीप्लेक्स इमेजिंग सिस्टम को कवरलिप्स के बजाय नियमित स्लाइड का उपयोग करने के लिए अपग्रेड किया गया है, जो बड़े ऊतकों के धुंधला होने और आसान हैंडलिंग को सक्षम बनाता है। एंटीबॉडी संयुग्मन (चरण 3.2.3) के लिए कमी समाधान का उपयोग करते समय, एंटीबॉडी को नुकसान को रोकने के लिए प्रतिक्रिया 30 मिनट से अधिक तक सीमित नहीं होनी चाहिए। चरण 5.6.6 में ब्लॉकिंग बफर को नए सिरे से तैयार किया जाना चाहिए, और ब्लॉकिंग बफर का पुन: उपयोग नहीं किया जाना चाहिए।
क्रोमोजेन-, फ्लोरेसेंस-और मेटल आइसोटोप-लेबल मल्टीप्लेक्स एंटीबॉडी डिटेक्शन प्लेटफॉर्म की तुलना में, मल्टीप्लेक्स इमेजिंग तकनीक के कुछ फायदे हैं। उदाहरण के लिए, मल्टीप्लेक्स इमेजिंग के लिए 60 से अधिक पूर्व-डिज़ाइन किए गए एंटीबॉडी पैनल व्यावसायिक रूप से उपलब्ध हैं, जो एंटीबॉडी संयुग्मन और सत्यापन में समय और लागत बचाने में मदद करता है, और पूर्वनिर्धारित एंटीबॉडी पैनलों की संख्या बढ़ रही है। ये एंटीबॉडी, जिनमें कार्सिनोमा मार्कर पैन-साइटोकेराटिन, मेलेनोमा मार्कर एसओएक्स 10, संवहनी मार्कर सीडी 31, स्ट्रोमल मार्कर एसएमए और कई प्रतिरक्षा सेल मार्कर शामिल हैं, मान्य और प्रयोग के लिए तैयार हैं। एंटीबॉडी के लिए जो पूर्वनिर्धारित नहीं हैं, मल्टीप्लेक्स इमेजिंग के साथ उपयोग के लिए डिज़ाइन की गई व्यावसायिक रूप से उपलब्ध संयुग्मन किट सरल और उपयोगकर्ता के अनुकूल है। ग्राहक-संयुग्मित एंटीबॉडी 4 डिग्री सेल्सियस पर संग्रहीत होने पर 1 वर्ष के लिए अच्छे होते हैं। इसके अतिरिक्त, छवियों को कैप्चर करने के लिए मशीन वार्म-अप की आवश्यकता नहीं है। इस मल्टीप्लेक्स इमेजिंग तकनीक में, छवि अधिग्रहण में पुनरावृत्ति धुलाई, संकरण और स्ट्रिपिंग चरणों के परिणामस्वरूप शायद ही कभी मार्कर तीव्रता या अवक्रमित ऊतक आकृति विज्ञान 5,24,25 में कमी आती है। इसके अलावा, समग्र छवियों को क्यूपीटीआईएफएफ प्रारूप में एक साधारण तीन-रंग प्रतिदीप्ति माइक्रोस्कोप के साथ कैप्चर किया जाता है और तीसरे पक्ष के डिजिटल विश्लेषण सॉफ्टवेयर का उपयोग करके अपलोड और विश्लेषण किया जा सकता है। धुंधला मार्करों को एकल-सेल रिज़ॉल्यूशन पर देखा जा सकता है, और सेल फेनोटाइप्स को मार्करों के सह-स्थानीयकरण के माध्यम से चित्रित किया जा सकता है (चित्रा 6 और चित्रा 7)। एक मल्टीप्लेक्स छवि के व्यापक विश्लेषण से आगे ऊतक डिब्बों, एकल-सेल मार्कर परिमाणीकरण, और निकटतम पड़ोसी और निकटता डेटा का पता चलता है (चित्रा 8)।
मल्टीप्लेक्स छवि विश्लेषण में एक चुनौती सेल-प्रकार की पहचान है। आमतौर पर, जब किसी छवि पर अधिक एकल-ऑब्जेक्ट क्लासिफायर लागू किए जाते हैं, तो अधिक असामान्य फेनोटाइप ्स को एनोटेट किया जाएगा। इसलिए, ज्ञात मार्करों का उपयोग करना जो एक ही क्लासिफायर में सह-व्यक्त नहीं होते हैं और एकल कोशिकाओं के एनोटेशन के लिए केवल फेनोटाइप से संबंधित क्लासिफायर को लागू करने की सिफारिश की जाती है। सेल-प्रकार एनोटेशन में भिन्नता के परिणामस्वरूप काफी अलग स्थानिक परिणाम होंगे, जैसे कि सेल स्थानिक वितरण और सेलुलर पड़ोस विश्लेषण26,27 में अंतर।
मल्टीप्लेक्स छवि विश्लेषण एफएफपीई ऊतक, ताजा जमे हुए ऊतक, संग्रहीत संपूर्ण स्लाइड और ऊतक माइक्रोएरे सहित कई नमूना प्रकारों को धुंधला करने और इमेजिंग करने में सफल साबित हुआ है। स्तन, मस्तिष्क, फेफड़े, प्लीहा, गुर्दे, लिम्फ नोड और त्वचा ऊतक वर्गों की मल्टीप्लेक्स छवियों को गहरे एकल-कोशिका स्थानिक फेनोटाइपिंग डेटा 5,16,25,28 के साथ प्राप्त किया जा सकता है।
भविष्य में, मल्टीप्लेक्स इमेजिंग के लिए अधिक पूर्वनिर्धारित एंटीबॉडी की उम्मीद है। इसके अतिरिक्त, मल्टीप्लेक्स छवि विश्लेषण के लिए विशिष्ट सॉफ्टवेयर के विकास की बहुत आवश्यकता है। वर्तमान में, हाई-प्लेक्स छवि विश्लेषण के लिए कई व्यावसायिक रूप से उपलब्ध और ओपन-सोर्स सॉफ्टवेयर प्रोग्राम मौजूदहैं, लेकिन वैज्ञानिकों को अभी भीइन विश्लेषणों के लिए एक मानक वर्कफ़्लो बनाने में मदद की आवश्यकता है। यद्यपि इस प्रोटोकॉल का उपयोग करके कैप्चर की गई समग्र छवियां तृतीय-पक्ष सॉफ़्टवेयर के साथ संगत हैं, इसके परिणामस्वरूप उपयोगकर्ता के लिए अतिरिक्त लागत हो सकती है। मल्टीप्लेक्स इमेजिंग तकनीक का एक और नुकसान एंटीबॉडी के बड़े पैनलों के साथ पुनरावृत्ति धोने, संकरण और स्ट्रिपिंग के बाद परमाणु प्रोटीन का पता लगाने में सिग्नल की कमी है। सौभाग्य से, रिपोर्टर प्लेटों को डिजाइन करते समय शुरुआती चक्रों में बारकोडेड फ्लोरोफोरेस को पुनः प्राप्त करके इसे कम किया जा सकता है। हाल ही में, इस प्लेटफ़ॉर्म को एक नई हाई-स्पीड स्कैनिंग सिस्टम के साथ अपग्रेड किया गया था, जिसने समग्र छवियों को प्राप्त करने के समय को नाटकीय रूप से कम कर दियाहै। इसके अतिरिक्त, ऑलिगोन्यूक्लियोटाइड-संयुग्मित एंटीबॉडी बारकोडिंग-आधारित इमेजिंग को बढ़ाने के लिए टायरामाइड-संयुग्मित बारकोड का उपयोग करके एक नई रणनीति की सूचना दी गई है। इस तकनीक का उद्देश्य धुंधला संकेतों को बढ़ाना है जिसके लिए बारकोड-संयुग्मितएंटीबॉडी प्राप्त करना मुश्किल है।
The authors have nothing to disclose.
लेखक इस लेख को संपादित करने के लिए एमडी एंडरसन में रिसर्च मेडिकल लाइब्रेरी और एमडी एंडरसन में ट्रांसलेशनल आणविक पैथोलॉजी विभाग में मल्टीप्लेक्स आईएफ और छवि विश्लेषण प्रयोगशाला के संपादन सेवाओं के डोनाल्ड आर नॉरवुड को धन्यवाद देते हैं। इस परियोजना को ट्रांसलेशनल मॉलिक्यूलर पैथोलॉजी विभाग, टेक्सास विश्वविद्यालय के एमडी एंडरसन कैंसर सेंटर और एनसीआई सहकारी समझौता U24CA224285 (एमडी एंडरसन कैंसर सेंटर सीआईएमएसी के लिए) में ट्रांसलेशनल मॉलिक्यूलर पैथोलॉजी-इम्यूनोप्रोफाइलिंग लेबोरेटरी (टीएमपी-आईएल) मूनशॉट्स प्लेटफॉर्म द्वारा समर्थित किया गया था।
10x AR9 Buffer | Akoya Biosciences | AR900250ML | |
10x Buffer | Akoya Biosciences | 7000001 | |
16% paraformaldehyde | Thermo Fisher Scientific | 28906 | |
1X Antibody Diluent/Block | Akoya Biosciences | ARD1001EA | |
Antibody Conjugation Kit | Akoya Biosciences | 7000009 | Contains Filter Blocking Solution, Antibody Reduction Solution 1, Antibody Reduction Solution 2, Conjugation Solution, Purification Solution, Antibody Storage Solution |
Assay Reagent | Akoya Biosciences | 7000002 | |
Diethyl pyrocarbonate | Sigma-Aldrich | 40718-25ML | |
Dimethyl sulfoxide | Avantor/VWR | BDH1115-4LP | |
Ethanol, 200 proof | |||
G Blocker V2 | Akoya Biosciences | 240199 | |
Histoclear | Thermo Fisher Scientific | 50-329-50 | |
Methanol | Sigma-Aldrich | 34860-1L-R | |
Milli-Q Integral 10 | Millipore | ZRXQ010WW | |
Niknon Fluorescence microscope | Keyence Corp. of America | BZ-X810 | |
Nuclear Stain | Akoya Biosciences | 7000003 | |
Nuclease-free water | Thermo Fisher Scientific | AM9938 | |
NuPAGE | Thermo Fisher Scientific | NP0008 | |
PBS | Thermo Fisher Scientific | 14190136 | |
PhenoCycler Barcodes/Reporters Combination | Akoya Biosciences | 5450004 (BX025/RX025) | |
5450003 (BX022/RX022) | |||
5450023 (BX002/RX002) | |||
5250002 (BX020/RX020) | |||
2520003 (BX023/RX023) | |||
5250005 (BX029/RX029) | |||
5250007 (BX035/RX035) | |||
5250012 (BX052/RX052) | |||
5550012 (BX030/RX030) | |||
5550015 (BX042/RX042) | |||
5550014 (BX036/RX036) | |||
QuPath | Open-Source | https://qupath.github.io/ | |
SimplyBlue SafeStain | Thermo Fisher Scientific | LC6065 | |
Staining Kit | (Akoya Biosciences | 7000008 | Contains Hydration Buffer, N Blocker, J Blocker, S Blocker, Fixative Reagent, Storage Buffer |