यह प्रोटोकॉल उच्च-थ्रूपुट क्रिस्टलीकरण स्क्रीनिंग का विवरण देता है, जिसमें 1,536 माइक्रोसेप्लेट तैयारी से लेकर 6 सप्ताह की प्रयोगात्मक समय विंडो के अंत तक शामिल है। नमूना सेटअप, प्राप्त इमेजिंग के बारे में विवरण शामिल हैं, और उपयोगकर्ता मैक्रोमोलेक्यूलर क्रिस्टलीकरण स्थितियों को जल्दी और कुशलता से पहचानने के लिए कृत्रिम बुद्धि-सक्षम ग्राफिकल यूजर इंटरफेस का उपयोग करके विश्लेषण कैसे कर सकते हैं।
एक्स-रे क्रिस्टलोग्राफी मैक्रोमोलेक्यूलर संरचनाओं को समझने के लिए सबसे अधिक नियोजित तकनीक है, लेकिन विवर्तन के लिए एक व्यवस्थित जाली में प्रोटीन को क्रिस्टलीकृत करने का महत्वपूर्ण कदम चुनौतीपूर्ण बना हुआ है। बायोमोलेक्यूल्स के क्रिस्टलीकरण को काफी हद तक प्रयोगात्मक रूप से परिभाषित किया गया है, और यह प्रक्रिया संसाधन-सीमित संस्थानों में शोधकर्ताओं के लिए श्रम-गहन और निषेधात्मक हो सकती है। राष्ट्रीय उच्च-थ्रूपुट क्रिस्टलीकरण (एचटीएक्स) केंद्र में, क्रिस्टल विकास को सुविधाजनक बनाने के लिए अत्यधिक प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य तरीकों को लागू किया गया है, जिसमें एक स्वचालित उच्च-थ्रूपुट 1,536-अच्छी तरह से माइक्रोबैच-अंडर-ऑयल प्लेट सेटअप शामिल है जो क्रिस्टलीकरण मापदंडों की एक विस्तृत चौड़ाई का नमूना लेने के लिए डिज़ाइन किया गया है। क्रिस्टल विकास में अंतर्दृष्टि प्रदान करने के साथ-साथ मूल्यवान क्रिस्टल हिट को सटीक रूप से अलग करने के लिए 6 सप्ताह के दौरान अत्याधुनिक इमेजिंग तौर-तरीकों का उपयोग करके प्लेटों की निगरानी की जाती है। इसके अलावा, क्रिस्टल हिट की पहचान करने के लिए एक प्रशिक्षित कृत्रिम बुद्धिमत्ता स्कोरिंग एल्गोरिदम का कार्यान्वयन, प्रयोगात्मक छवियों को देखने के लिए एक ओपन-सोर्स, उपयोगकर्ता के अनुकूल इंटरफेस के साथ मिलकर, क्रिस्टल विकास छवियों का विश्लेषण करने की प्रक्रिया को सुव्यवस्थित करता है। यहां, कॉकटेल और क्रिस्टलीकरण प्लेटों की तैयारी, प्लेटों की इमेजिंग और हिट की पहचान करने के लिए प्रमुख प्रक्रियाओं और इंस्ट्रूमेंटेशन का वर्णन किया गया है जो प्रजनन क्षमता सुनिश्चित करता है और सफल क्रिस्टलीकरण की संभावना को बढ़ाता है।
संरचनात्मक जीव विज्ञान विधियों में जबरदस्त प्रगति के युग में भी, एक्स-रे क्रिस्टलोग्राफी मैक्रोमोलेक्यूल्स के उच्च गुणवत्ता वाले संरचनात्मक मॉडल उत्पन्न करने के लिए एक भरोसेमंद और लोकप्रिय तरीका है। प्रोटीन डेटा बैंक (पीडीबी) में जमा किए गए सभी त्रि-आयामी संरचनात्मक मॉडलों में से 85% से अधिक क्रिस्टल-आधारित संरचनात्मक विधियों (जनवरी, 2023 तक) से हैं। इसके अलावा, एक्स-रे क्रिस्टलोग्राफी प्रोटीन-लिगैंड संरचनाओं को हल करने के लिए अपरिहार्य बनी हुई है, जो दवा की खोज और विकास प्रक्रिया का एक महत्वपूर्ण घटकहै। प्रोटीन क्रिस्टलीकरण आधी सदी से अधिक समय तक प्रमुख संरचनात्मक जीव विज्ञान तकनीक बने रहने के बावजूद, भौतिक गुणों3 या अनुक्रम 4,5 के आधार पर क्रिस्टलीकरण की संभावना की भविष्यवाणी करने के तरीके अभी भी अपनी प्रारंभिक अवस्था में हैं।
क्रिस्टलीकरण की स्थिति की भविष्यवाणी और भी अस्पष्ट है; मॉडल प्रोटीन 6,7 के लिए भी संभावित क्रिस्टलीकरण स्थितियों की भविष्यवाणी करने के लिए सीमित प्रगति की गई है। अन्य अध्ययनों ने प्रोटीन होमोलॉजी और पीडीबी 8,9,10 से खनन की गई स्थितियों के आधार पर क्रिस्टलीकरण स्थितियों की पहचान करने का प्रयास किया है। पीडीबी में पाई जाने वाली भविष्यवाणी शक्ति सीमित है, हालांकि, केवल अंतिम, सफल क्रिस्टलीकरण की स्थिति जमा की जाती है, जो आवश्यकता से, क्रिस्टल विकास को ठीक करने के लिए आवश्यक अक्सर व्यापक अनुकूलन प्रयोगों को याद करती है। इसके अलावा, कई पीडीबी प्रविष्टियों में इन विवरणों वाले मेटाडेटा की कमी होती है, जिसमें कॉकटेल सूत्र, क्रिस्टलीकरण प्रारूप, तापमान और11,12 को क्रिस्टलीकृत करने का समय शामिल है। इसलिए, रुचि के कई प्रोटीनों के लिए, क्रिस्टलीकरण स्थितियों को निर्धारित करने का सबसे सुलभ तरीका प्रयोगात्मक रूप से रासायनिक संभावनाओं की एक विस्तृत श्रृंखला में जितना संभव हो उतनी स्थितियों का उपयोग करना है।
क्रिस्टलीकरण स्क्रीनिंग को यथासंभव फलदायी और संपूर्ण बनाने के लिए कई दृष्टिकोणों का बहुत प्रभाव से पता लगाया गया है, जिसमें विरल मैट्रिक्स 13, अपूर्ण फैक्टोरियल स्क्रीनिंग 14, एडिटिव्स 15,16, सीडिंग 17 और न्यूक्लिटिंग एजेंट 18 शामिल हैं। हप्टमैन-वुडवर्ड मेडिकल रिसर्च इंस्टीट्यूट (एचडब्ल्यूआई) में राष्ट्रीय एचटीएक्स सेंटर ने माइक्रोबैच-अंडर-ऑयल दृष्टिकोण19 का उपयोग करके क्रिस्टलीकरण स्क्रीनिंग के लिए एक कुशल पाइपलाइन विकसित की है, जो तुलनात्मक रूप से न्यूनतम नमूना और कॉकटेल वॉल्यूम का उपयोग करके प्रारंभिक क्रिस्टलीकरण स्थितियों की पहचान को कारगर बनाने के लिए स्वचालित तरल हैंडलिंग और इमेजिंग तौर-तरीकों का उपयोग करता है (चित्रा 1). 1,536 अद्वितीय कॉकटेल का सेट प्रोटीन क्रिस्टल विकास के लिए अनुकूल होने के लिए पहले से निर्धारित स्थितियों पर आधारित है और संभावित क्रिस्टलीकरण स्थितियों20,21,22 की एक बड़ी श्रृंखला का नमूना लेने के लिए रासायनिक रूप से विविध होने के लिए डिज़ाइन किया गया है। क्रिस्टलीकरण स्थितियों के व्यापक नमूने से एक या अधिक क्रिस्टलीकरण लीड को देखने की संभावना बढ़ जाती है।
स्क्रीनिंग के लिए कितनी शर्तों की आवश्यकता है, इसके कुछ औपचारिक विश्लेषण साहित्य में दिखाई दिए हैं। एक अध्ययन ने विभिन्न स्क्रीन के नमूना लेआउट पर ध्यान केंद्रित किया और पाया कि घटकों के यादृच्छिक नमूने (एक अपूर्ण फैक्टोरियल के समान) ने सबसे गहन और कुशल नमूना करण विधि23 का प्रतिनिधित्व किया। स्क्रीनिंग के एक अन्य अध्ययन में कहा गया है कि ऐसे कई उदाहरण हैं जब 1,536 स्क्रीन ने केवल एक क्रिस्टल हिट24 का उत्पादन किया है, और हाल के एक अध्ययन में इस बात पर प्रकाश डाला गया है कि अधिकांश वाणिज्यिक स्क्रीन क्रिस्टलीकरण स्थान को कम आंकते हैं जिसे स्क्रीनिंगहिट 25 से जुड़ा माना जाता है। क्रिस्टल, विवर्तन सीमाओं, या क्रिस्टल दोषों के भीतर अंतर्निहित विकार के कारण सभी क्रिस्टलीकरण लीड डेटा संग्रह के लिए उपयुक्त विवर्तन गुणवत्ता क्रिस्टल उत्पन्न नहीं करेंगे; इसलिए, स्थितियों के लिए एक व्यापक जाल डालने से अनुकूलन के लिए वैकल्पिक क्रिस्टल रूप प्रदान करने का अतिरिक्त लाभ होता है।
प्रोटीन क्रिस्टलीकरण प्रयोगों के प्रारूप का भी स्क्रीन की सफलता पर प्रभाव पड़ता है। वाष्प प्रसार उच्च-थ्रूपुट क्रिस्टलीकरण अनुप्रयोगों के लिए सबसे अधिक इस्तेमाल किया जाने वाला सेटअप है और इसका उपयोग अत्याधुनिक क्रिस्टलीकरण केंद्रों में किया जाता है, जिसमें ईएमबीएल हैम्बर्ग और इंस्टीट्यूट पाश्चर उच्च-थ्रूपुट स्क्रीनिंग सेंटर 26,27,28 शामिल हैं। एचटीएक्स केंद्र माइक्रोबैच-अंडर-ऑयल विधि का उपयोग करता है; जबकि आमतौर पर कम उपयोग किया जाता है, यह एक मजबूत तरीका है जो नमूना और क्रिस्टलीकरण कॉकटेल20,21,22 की खपत को कम करता है। माइक्रोबैच-अंडर-ऑयल विधि का एक लाभ, विशेष रूप से जब उच्च-चिपचिपाहट पैराफिन तेल का उपयोग किया जाता है, तो यह है कि प्रयोग के दौरान बूंद के भीतर केवल मामूली वाष्पीकरण होता है, जिसका अर्थ है कि संतुलन एकाग्रता ड्रॉप मिक्सिंग पर प्राप्त होती है। यदि माइक्रोबैच-अंडर-ऑयल विधि में सकारात्मक क्रिस्टलीकरण परिणाम देखे जाते हैं, तो इन स्थितियों का प्रजनन आमतौर पर वाष्प प्रसार सेटअप की तुलना में अधिक सीधा होता है, जिसमें क्रिस्टलीकरण ड्रॉप और जलाशय के बीच संतुलन के दौरान कुछ अपरिभाषित बिंदु पर क्रिस्टलीकरण होता है। हिट ्स की प्रजनन क्षमता उच्च-थ्रूपुट क्रिस्टलीकरण दृष्टिकोण के लिए वांछनीय है, जो निषेधात्मक रूप से छोटे प्रोटीन क्रिस्टल का उत्पादन करते हैं जिन्हें आमतौर पर एकल-क्रिस्टल एक्स-रे प्रयोगों के लिए अनुकूलित करने की आवश्यकता होती है।
घुलनशील प्रोटीन के लिए उच्च-थ्रूपुट क्रिस्टलीकरण स्क्रीन कॉकटेल से बना है जो इन-हाउस, तैयार वाणिज्यिक स्क्रीन और इन-हाउस-संशोधित वाणिज्यिक स्क्रीन22 तैयार की जाती है। कॉकटेल को शुरू में पहले से सफल क्रिस्टलीकरण कॉकटेल20 का उपयोग करके अपूर्ण तथ्यात्मक रणनीति का उपयोग करके विकसित किया गया था। स्क्रीन में अभिकर्मकों जो व्यावसायिक रूप से उपलब्ध हैं, उनमें पॉलिमर, क्रिस्टलीकरण लवण, पीईजी और आयन संयोजन और स्क्रीन शामिल हैं जो विरल मैट्रिक्स और अपूर्ण तथ्यात्मक दृष्टिकोण का उपयोग करते हैं। ऐसे अभिकर्मक भी हैं जिन्हें स्क्रीन में शामिल करने से पहले संशोधित किया जाता है: एक योजक स्क्रीन, एक पीएच और बफर स्क्रीन, एक आयनिक तरल योजक स्क्रीन और एक बहुलक स्क्रीन।
ज्ञात क्रिस्टलीकरण स्थितियों और रणनीतियों की शक्ति का लाभ 1,536 क्रिस्टलीकरण कॉकटेल में उठाया गया है, साथ ही माइक्रोबैच-अंडर-ऑयल सिस्टम के लाभों के साथ-साथ एक पाइपलाइन उत्पन्न करने के लिए जो स्वचालित तरल हैंडलिंग, स्वचालित ब्राइटफील्ड इमेजिंग और चिरल क्रिस्टल (सोनिक) के दूसरे क्रम नॉनलाइनर इमेजिंग को नियोजित करता है। तरल हैंडलिंग और इमेजिंग दोनों का स्वचालन कम गीले प्रयोगशाला घंटों और उच्च प्रजनन क्षमता के लाभ प्रदान करता है। स्वचालित क्रिस्टलीकरण स्क्रीनिंग की उच्च-थ्रूपुट प्रकृति क्रिस्टल विकास के लिए निगरानी की प्रक्रिया के स्वचालन की आवश्यकता होती है। ये प्रगति सकारात्मक क्रिस्टल हिट की पहचान में सहायता के लिए अत्याधुनिक इमेजिंग प्रौद्योगिकियों के साथ हासिल की जाती है। प्लेटों के मानक ब्राइटफील्ड इमेजिंग, साथ ही बढ़ी हुई पहचान के लिए मल्टी-फोटॉन विधियों दोनों का उपयोग एसओएनआईसीसी (चित्रा 2) के साथ क्रिस्टल इमेजिंग सिस्टम के माध्यम से किया जाता है। सोनीक बहुत छोटे क्रिस्टल का पता लगाने के लिए दूसरी हार्मोनिक पीढ़ी (एसएचजी) 29 माइक्रोस्कोपी और पराबैंगनी दो-फोटॉन उत्तेजित प्रतिदीप्ति (यूवी-टीपीईएफ) 30 माइक्रोस्कोपी को जोड़ती है, साथ ही अवक्षेप द्वारा अस्पष्ट होती है। सोनिक इमेजिंग इस बात की सूचना देती है कि कुओं में प्रोटीन (यूवी-टीपीईएफ के माध्यम से) और क्रिस्टल (एसएचजी के माध्यम से) हैं या नहीं। प्रोटीन क्रिस्टल की सकारात्मक पहचान से परे, अत्याधुनिक इमेजिंग विधियों का उपयोग करके अतिरिक्त जानकारी भी प्राप्त की जा सकती है। नमूना जोड़ने से पहले कॉकटेल-केवल इमेजिंग एक नकारात्मक नियंत्रण के रूप में कार्य करता है; ये छवियां नमूना जोड़ने से पहले अच्छी तरह से उपस्थिति की पहचान कर सकती हैं, जिसमें नमक क्रिस्टल और मलबे के संदर्भ में शामिल हैं। इसके अतिरिक्त, एसएचजी और यूवी-टीपीईएफ इमेजिंग नमक क्रिस्टल से प्रोटीन क्रिस्टल को अलग करने में मदद करते हैं और इसका उपयोग प्रोटीन-न्यूक्लिक एसिड कॉम्प्लेक्स सामग्री31 की कल्पना के लिए किया जा सकता है।
इमेजिंग के माध्यम से बार-बार निगरानी से गुजरने वाले उच्च-थ्रूपुट क्रिस्टलीकरण प्रयोगों के परिणामस्वरूप बहुत बड़ी मात्रा में छवियों को परीक्षा की आवश्यकता होती है। उपयोगकर्ता पर बोझ को कम करने और सकारात्मक क्रिस्टल हिट की पहचान करने की संभावना बढ़ाने के लिए स्वचालित क्रिस्टल स्कोरिंग विधियों को विकसित किया गया है। एचटीएक्स सेंटर ने मैचिन रिकग्निशन ऑफ क्रिस्टलाइजेशन आउटकम (मार्को) स्कोरिंग एल्गोरिदम के विकास में भाग लिया, जो एक प्रशिक्षित गहरी संक्रामक तंत्रिका नेटवर्क आर्किटेक्चर है जिसे अकादमिक, गैर-लाभकारी, सरकार और उद्योग भागीदारों के एक संघ द्वारा ब्राइटफील्ड अच्छी तरहसे छवियों को वर्गीकृत करने के लिए विकसित किया गया है। एल्गोरिथ्म को विभिन्न क्रिस्टलीकरण विधियों और विभिन्न इमेजर्स का उपयोग करके कई संस्थानों से क्रिस्टलीकरण प्रयोगों से लगभग आधा मिलियन ब्राइटफील्ड छवियों पर प्रशिक्षित किया गया था। एल्गोरिथ्म एक संभाव्य स्कोर आउटपुट करता है जो दर्शाता है कि क्या कोई दी गई छवि चार संभावित छवि वर्गों में आती है: “क्रिस्टल”, “स्पष्ट”, “अवक्षेप”, और “अन्य”। मार्को में 94.5% की वर्गीकरण सटीकता की सूचना है। क्रिस्टल डिटेक्शन को सॉफ्टवेयर के साथ आगे बढ़ाया जाता है जो एल्गोरिदम को लागू करता है और एआई-सक्षम स्कोरिंग क्षमताओं32,33 के साथ सक्षम सुलभ और सरल छवि देखने के लिए एक ग्राफिकल यूजर इंटरफेस (जीयूआई) प्रदान करता है। मार्को पोलो जीयूआई को एचटीएक्स सेंटर में इमेजिंग और डेटा प्रबंधन प्रणाली के सेटअप के साथ मूल रूप से काम करने के लिए डिज़ाइन किया गया है, ताकि 1,536-वेल स्क्रीन में हिट की पहचान की जा सके, जिसमें क्रमबद्ध सूचियों के आउटपुट की जांच करने के लिए मानव जुड़ाव हो। इसके अतिरिक्त, GitHub पर उपलब्ध ओपन-सोर्स सॉफ़्टवेयर के रूप में, GUI अन्य प्रयोगशाला समूहों की विशिष्ट आवश्यकताओं को प्रतिबिंबित करने के लिए संशोधन के लिए आसानी से उपलब्ध है।
यहां, कॉकटेल और प्रोटीन दोनों को वितरित करने के लिए रोबोटिक तरल हैंडलिंग का उपयोग करके एक उच्च-थ्रूपुट माइक्रोबैच-अंडर-ऑयल प्रयोग स्थापित करने की प्रक्रिया का वर्णन किया गया है। एचटीएक्स सेंटर में इंस्ट्रूमेंटेशन और संसाधनों की एक अनूठी सरणी है जो अन्य संस्थानों में नहीं पाए जाते हैं, इच्छुक उपयोगकर्ताओं को स्क्रीनिंग सेवाएं और शैक्षिक संसाधन प्रदान करने के लक्ष्य के साथ। रोबोटिक्स-सक्षम उच्च-थ्रूपुट तकनीकों के तरीकों और क्षमताओं का प्रदर्शन समुदाय को उपलब्ध प्रौद्योगिकियों का ज्ञान रखने और अपने स्वयं के संरचना निर्धारण प्रयासों के लिए निर्णय लेने में सक्षम करेगा।
विधि प्रोटीन क्रिस्टलीकरण स्क्रीनिंग के लिए एक उच्च-थ्रूपुट पाइपलाइन का वर्णन करती है जिसके लिए माइक्रोबैच-अंडर-ऑयल प्रारूप में 1,536 व्यक्तिगत क्रिस्टलीकरण प्रयोगों के लिए कम से कम 500 μL नमूने की आवश्यकता होती है। पाइपलाइन प्रयोगात्मक सेटअप के साथ-साथ कम्प्यूटेशनल छवि विश्लेषण संसाधन मार्को पोलो की तेजी से और पुन: सहायता करने के लिए तरल-हैंडलिंग रोबोटिक्स पर निर्भर करती है, जिसे क्रिस्टल हिट की पहचान करने और अलग करने के लिए मार्को एल्गोरिदम का उपयोग करके 1,536-वेल प्लेट छवियों का विश्लेषण करने के लिए अनुकूलित किया गया है।
व्यक्तिगत स्क्रीनिंग ड्रॉप्स की छोटी मात्रा (नमूना: कॉकटेल के 1: 1 अनुपात के साथ कुल 400 एनएल) का मतलब है कि सकारात्मक क्रिस्टलीकरण स्थितियों की पहचान करने के लिए बेहद छोटे नमूना वॉल्यूम की आवश्यकता होती है। ये छोटे ड्रॉप आकार आवश्यक रूप से छोटे क्रिस्टल का उत्पादन करते हैं जिन्हें पारंपरिक लूपिंग द्वारा मछली नहीं पकड़ा जा सकता है। 1,536 प्लेटों से कटाई के तरीकेविकसित किए गए हैं; इसके अतिरिक्त, क्रिस्टल के साथ प्लेटों का उपयोग सीधे सिंक्रोट्रॉन स्रोतों पर सीटू डेटा संग्रह 38 के लिए किया गया है। यदि इन क्रिस्टल की कटाई के लिए एक मजबूत विधि विकसित की गई थी, तो सिंक्रोट्रॉन प्रौद्योगिकी और सूक्ष्म-केंद्रित बीम में प्रगति उपयोगी डेटासेट प्राप्त करने में सक्षम होगी। इसके अतिरिक्त, प्राप्त क्रिस्टल को संभावित रूप से अनुकूलन प्रयासों के लिए बीज के रूप में इस्तेमाल किया जा सकता है।
सोनिक्स इमेजिंग अवक्षेप के नीचे छिपे छोटे प्रोटीन क्रिस्टल और प्रोटीन क्रिस्टल दोनों की पहचान करने में स्पष्ट रूप से फायदेमंद है। इन फायदों के बावजूद, सभी नमूना प्रकार एसएचजी और यूवी-टीपीईएफ इमेजिंग के लिए उत्तरदायी नहीं हैं। उदाहरण के लिए, कुछ या बिना सुगंधित ट्रिप्टोफैन अवशेषों वाले प्रोटीन एक अस्पष्ट यूवी-टीपीईएफ संकेत दिखाएंगे। इसके अलावा, विशिष्ट अंतरिक्ष समूहों में क्रिस्टल, जिसमें सेंट्रोसिमेट्रिक समूह या बिंदु समूह 432 शामिल हैं, एसएचजी इमेजिंग द्वारा अज्ञात होंगे। फ्लोरोफोर के साथ नमूने कभी-कभी एसएचजी सिग्नल के साथ हस्तक्षेप करते हैं, जिसके परिणामस्वरूप सिग्नल को रद्द कर दिया जाता है या तीव्रता में वृद्धि होती है, जिसका अर्थ है कि धातु युक्त प्रोटीन और फ्लोरोसेंट मोइटीज युक्त प्रोटीन के लिए एसएचजी संकेतों की सावधानीपूर्वक व्याख्या की आवश्यकता होती है। हालांकि, कई मामलों में, एसएचजी या यूवी-टीपीईएफ सिग्नल की अनुपस्थिति को तर्कसंगत बनाना संभव है, और इन संकेतों की कमी को प्रोटीन क्रिस्टल की उपस्थिति से इनकार नहीं करना चाहिए।
माइक्रोबैच-अंडर-ऑयल प्रारूप उच्च-थ्रूपुट क्रिस्टलोग्राफी के लिए उपयोग की जाने वाली अधिक सामान्य वाष्प प्रसार विधि का विकल्प प्रदान करता है। महत्वपूर्ण रूप से, क्रिस्टलीकरण प्रारूप हिट पहचान39 को प्रभावित करता है, जो उच्च-थ्रूपुट स्क्रीनिंग प्रयासों के लिए विभिन्न क्रिस्टलीकरण प्रारूपों के उपयोग के लिए एक तर्क प्रदान करता है। स्वचालित इमेजिंग और सोनिक-सक्षम तौर-तरीके 6 सप्ताह के प्रयोगात्मक समय पाठ्यक्रम में प्रोटीन क्रिस्टल की तेजी से पहचान में सहायता करते हैं। अंत में, मार्को पोलो जीयूआई उपयोगकर्ताओं को अनुकूलन के लिए आशाजनक हिट कुओं की पहचान करने के लिए 1,536 स्थितियों से छवियों का तेजी से विश्लेषण करने में सक्षम बनाता है। एचटीएक्स सेंटर में क्षमताएं, रोबोटिक्स-सक्षम उच्च-थ्रूपुट प्रयोगात्मक सेटअप सहित, विश्लेषण के लिए अत्याधुनिक इमेजिंग और कम्प्यूटेशनल टूल के साथ मिलकर, शोधकर्ताओं को क्रिस्टल-आधारित संरचनात्मक कार्य में एक प्राथमिक बाधा को प्रभावी ढंग से संबोधित करने के लिए सशक्त बनाकर संरचनात्मक जीव विज्ञान समुदाय में एक बड़ा योगदान प्रदान करती हैं: क्रिस्टलीकरण स्थितियों का पता लगाना।
The authors have nothing to disclose.
हम क्रिस्टल स्क्रीनिंग के लिए अपने कीमती नमूने हमें सौंपने के साथ-साथ महत्वपूर्ण प्रतिक्रिया और अनुरोध प्रदान करने के लिए अपने उपयोगकर्ताओं के प्रति आभार व्यक्त करना चाहते हैं, जिन्होंने हमें संरचनात्मक जीव विज्ञान समुदाय की बेहतर सेवा के लिए हमारे संसाधनों को परिष्कृत और विकसित करने में मदद की है। हम एथन होलेमैन, डॉ लिसा जे कीफ और डॉ एरिका डुगुइड को भी स्वीकार करना चाहते हैं, जिन्होंने मार्को पोलो जीयूआई के विकास को संचालित किया। हम एचडब्ल्यूआई सहयोगियों को उनके समर्थन और सुझावों के लिए धन्यवाद देना चाहते हैं, विशेष रूप से डॉ डायना सीएफ मोंटेइरो। हम राष्ट्रीय स्वास्थ्य संस्थान, R24GM141256 से वित्त पोषण सहायता स्वीकार करते हैं।
1536 Well Imp@ct LBR LoBase | Greiner Bio-One | 790 801 | |
Acetic acid | Hampton Research | HR2-853 | |
AlumaSeal II Sealing Film | Hampton Research | HR8-069 | |
Ammonium bromide | Molecular Dimensions | MD2-100-247 | |
Ammonium chloride | Hampton Research | HR2-691 | |
Ammonium hydroxide | Hampton Research | HR2-855 | |
Ammonium nitrate | Hampton Research | HR2-665 | |
Ammonium phosphate dibasic | Hampton Research | HR2-629 | |
Ammonium phosphate monobasic | Hampton Research | HR2-555 | |
Ammonium sulfate | Hampton Research | HR2-541 | |
Ammonium thiocyanate | Molecular Dimensions | MD2-100-301 | |
Bicine pH 9.0 | Hampton Research | HR2-723 | |
Bis-tris propane pH 7.0 | Hampton Research | HR2-993-08 | |
Calcium acetate | Hampton Research | HR2-567 | |
Calcium chloride dihydrate | Hampton Research | HR2-557 | |
CAPS pH 10.0 | Rigaku Reagents | none given | |
ClearSeal Film | Hampton Research | HR4-521 | |
Cobalt sulfate heptahydrate | Molecular Dimensions | MD2-100-42 | |
Crystal Screen HT screen | Hampton Research | HR2-130 | |
Formulator | Formulatrix | ||
Glycerol | Hampton Research | HR2-623 | |
Gryphon liquid handling robot | Art Robbins Instruments | ||
HEPES pH 7.0 | Hampton Research | HR2-902-03 | |
HEPES pH 7.5 | Hampton Research | HR2-902-08 | |
HWI HTX Center sample submission form | https://hwi.buffalo.edu/high-throughput-crystallization-screening-center-sample-submission-form/ | ||
Hydrochloric acid | Hampton Research | HR2-581 | |
Index HT screen | Hampton Research | HR2-134 | |
Ionic Liquid screen | Hampton Research | HR2-214 | |
Lithium bromide | Molecular Dimensions | MD2-100-312 | |
Lithium chloride | Hampton Research | HR2-631 | |
Lithium sulfate monohydrate | Hampton Research | HR2-545 | |
Magnesium acetate tetrahydrate | Hampton Research | HR2-561 | |
Magnesium chloride hexahydrate | Hampton Research | HR2-559 | |
Magnesium nitrate hexahydrate | Hampton Research | HR2-657 | |
Magnesium sulfate heptahydrate | Hampton Research | HR2-821 | |
Manganese chloride tetrahydrate | Millipore Sigma | 63535-50G | |
Manganese sulfate monohydrate | Molecular Dimensions | MD2-100-310 | |
MARCO Polo GUI download | https://hauptman-woodward.github.io/Marco_Polo/ | ||
Matrix Platemate 2 x 3 liquid handling robot | Thermo Scientific | ||
MES pH 6.0 | Hampton Research | HR2-943-09 | |
Mosquito liquid handling robot | SPTLabtech | ||
Paraffin Oil/White Mineral Oil Saybolt Viscosity 340-365 at 100 °F | Sigma Aldrich | PX0045-3 | |
PEG 1000 | Hampton Research | HR2-523 | |
PEG 2000 | Hampton Research | HR2-592 | |
PEG 20000 | Hampton Research | HR2-609 | |
PEG 3350 | Hampton Research | HR2-527 | |
PEG 400 | Hampton Research | HR2-603 | |
PEG 4000 | Hampton Research | HR2-529 | |
PEG 6000 | Hampton Research | HR2-533 | |
PEG 8000 | Hampton Research | HR2-535 | |
PEG/Ion HT screen | Hampton Research | HR2-139 | |
PEGRx HT screen | Hampton Research | HR2-086 | |
Plate reservations | htslab@hwi.buffalo.edu | ||
Potassium acetate | Hampton Research | HR2-671 | |
Potassium bromide | Hampton Research | HR2-779 | |
Potassium carbonate | Molecular Dimensions | MD2-100-311 | |
Potassium chloride | Hampton Research | HR2-649 | |
Potassium nitrate | Hampton Research | HR2-663 | |
Potassium phosphate dibasic | Hampton Research | HR2-635 | |
Potassium phosphate-monobasic | Hampton Research | HR2-553 | |
Potassium phosphate-tribasic | Molecular Dimensions | MD2-100-309 | |
Potassium thiocyanate | Hampton Research | HR2-695 | |
Rock Imager 1000 with SONICC | Formulatrix | ||
Rock Imager 54 | Formulatrix | ||
Rubidium chloride | Millipore Sigma | R2252-10G | |
SaltRx HT screen | Hampton Research | HR2-136 | |
Silver Bullets screen | Hampton Research | HR2-096 | |
Slice pH screen | Hampton Research | HR2-070 | |
Sodium acetate pH 5.0 | Hampton Research | HR2-933-15 | |
Sodium bromide | Hampton Research | HR2-699 | |
Sodium chloride | Hampton Research | HR2-637 | |
Sodium citrate pH 4.2 | Hampton Research | HR2-935-01 | |
Sodium citrate pH 5.6 | Hampton Research | HR2-735 | |
Sodium hydroxide | Hampton Research | HR2-583 | |
Sodium molybdate dihydrate | Molecular Dimensions | MD2-100-207 | |
Sodium nitrate | Hampton Research | HR2-661 | |
Sodium phosphate monobasic | Hampton Research | HR2-551 | |
Sodium thiosulfate pentahydrate | Molecular Dimensions | MD-100-307 | |
StockOptions Polymer screen | Hampton Research | HR2-227 | |
Tacsimate pH 7 | Hampton Research | HR2-755 | |
TAPS pH 9.0 | bioWORLD | 40121071 | |
Tris pH 8 | Hampton Research | HR2-900-11 | |
Tris pH 8.5 | Hampton Research | HR2-725 | |
ViaFLO 384 | Integra | ||
ViaFLO 384 384 channel pipettor head (0.5-12.5µL) | Integra | ||
ViaFLO 384 96 channel pipettor head (300µL) | Integra | ||
Zinc acetate dihydrate | Hampton Research | HR2-563 |