Summary

Einzelkopien-Genlocus-Chromatin-Aufreinigung in Saccharomyces cerevisiae

Published: November 17, 2023
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Summary

Dieses Protokoll stellt eine Locus-spezifische Chromatin-Isolierungsmethode vor, die auf ortsspezifischer Rekombination basiert, um einen interessierenden Single-Copy-Genlocus in seinem nativen Chromatinkontext aus knospender Hefe, Saccharomyces cerevisiae, zu reinigen.

Abstract

Die grundlegende Organisationseinheit des eukaryotischen Chromatins ist das Nukleosomenkernpartikel (NCP), das aus DNA besteht, die ~1,7-mal um ein Histon-Oktamer gewickelt ist. Chromatin ist definiert als die Entität von NCPs und zahlreichen anderen Proteinkomplexen, einschließlich Transkriptionsfaktoren, Chromatin-Remodeling und modifizierenden Enzymen. Es ist noch unklar, wie diese Protein-DNA-Interaktionen auf der Ebene spezifischer genomischer Loci in verschiedenen Stadien des Zellzyklus orchestriert werden. Dies ist vor allem auf die derzeitigen technischen Einschränkungen zurückzuführen, die es schwierig machen, präzise Messungen solcher dynamischen Wechselwirkungen zu erhalten. Hier beschreiben wir eine verbesserte Methode, die ortsspezifische Rekombination mit einem effizienten einstufigen Affinitätsreinigungsprotokoll kombiniert, um einen Genlocus von Interesse in seinem nativen Chromatinzustand zu isolieren. Die Methode ermöglicht die robuste Anreicherung des Zielortes über genomisches Chromatin, was diese Technik zu einer effektiven Strategie zur unvoreingenommenen und systematischen Identifizierung und Quantifizierung von Proteininteraktionen macht, z. B. durch Massenspektrometrie. Zusätzlich zu solchen Zusammensetzungsanalysen spiegelt natives Chromatin, das mit dieser Methode gereinigt wurde, wahrscheinlich die In-vivo-Situation in Bezug auf Nukleosomenpositionierung und Histonmodifikationen wider und ist daher für weitere strukturelle und biochemische Analysen von Chromatin zugänglich, das von praktisch jedem genomischen Locus in Hefe stammt.

Introduction

Die dynamische Organisation eukaryotischer Genome in Chromatin verdichtet die DNA, um in die Grenzen des Zellkerns zu passen, während gleichzeitig eine ausreichende Dynamik für die Genexpression und die Zugänglichkeit für regulatorische Faktoren gewährleistet wird. Diese Vielseitigkeit wird zum Teil durch das Nukleosom vermittelt, die Grundeinheit des Chromatins, das aus einem Kernpartikel mit 147 bp DNA besteht, das ~1,7-mal um das Histon-Oktamer1 gewickelt ist. Das Nukleosom ist eine hochdynamische Struktur in Bezug auf seine Zusammensetzung, mit zahlreichen Histonvarianten und posttranslationalen Modifikationen (PTMs) an den N- und C-terminalen Histonschwänzen. Darüber hinaus interagiert das eukaryotische Chromatin mit einer Vielzahl anderer essentieller Komponenten, wie z. B. Transkriptionsfaktoren, DNA- und RNA-Verarbeitungsmaschinen, Architekturproteinen, Enzymen, die am Umbau und der Modifikation von Chromatin beteiligt sind, und RNA-Molekülen, die mit Chromatin assoziiert sind. Diese wichtigen Mechanismen, die an der Transkription, Replikation und Reparatur beteiligt sind, benötigen alle Zugang zu Chromatin, das als natürliches Substrat für diese Prozesse dient. Um die molekularen Mechanismen zu verstehen, die diesen DNA-Transaktionen zugrunde liegen, ist daher eine genaue Definition der kollektiven Veränderungen in der Chromatinstruktur in den spezifischen Genomregionen erforderlich, in denen diese Maschinerien konvergieren und biologische Reaktionen erleichtern.

Trotz der Identifizierung zahlreicher Chromatinfaktoren durch genetische und Protein-Protein-Interaktionsstudien ist die Durchführung direkter, unvoreingenommener und umfassender Analysen von Chromatininteraktionen an bestimmten genomischen Stellen nach wie vor ein erhebliches Hindernis 2,3. Ursprünglich konnten nur sehr häufig vorkommende Regionen des Genoms (d.h. repetitive Loci) oder Multikopienplasmide in ausreichender Menge und Reinheit für die massenspektrometrische Identifizierung der assoziierten Proteine isoliertwerden 4,5,6,7. Eine Reihe neuer Ansätze, die auf der direkten Hybridisierung von Fängersonden mit chromatinisierter DNA, der Proximity-Biotinylierung mit dem CRISPR-dCas9-System oder der Bindung sequenzspezifischer Adapterproteine an den interessierenden Locus basieren, haben begonnen, das Proteom von Einzelkopien-Loci aus Hefe- und Säugetiergenomen zu entschlüsseln 8,9,10. Alle diese Methoden erfordern jedoch eine Formaldehydvernetzung, um die Protein-DNA-Wechselwirkungen zu stabilisieren, und eine Beschallung, um das Chromatin für die anschließende Reinigung zu lösen. Beide Manipulationen zusammen schließen die Möglichkeit nachfolgender struktureller und funktioneller Studien des gereinigten Chromatins aus.

Um diese Einschränkungen zu überwinden, haben wir zuvor eine Methode entwickelt, die ortsspezifische Rekombination verwendet, um gezielte chromosomale Domänen aus Hefe zu extrahieren11,12. Im Wesentlichen ist die interessierende genomische Region von Erkennungsstellen (RS) für die ortsspezifische R-Rekombinase aus Zygosaccharomyces rouxi umgeben, während gleichzeitig eine Gruppe von drei DNA-Bindungsstellen für den prokaryotischen Transkriptionsrepressor LexA-Protein (LexA) innerhalb derselben Region eingebaut wird. Die Hefezellen enthalten eine Expressionskassette für die gleichzeitige Expression von R-Rekombinase und einem LexA-Protein, das mit einem Tandem-Affinitätsreinigungstag (TAP) fusioniert ist. Nach der Induktion der R-Rekombinase schneidet das Enzym die Zielregion in Form einer zirkulären Chromatindomäne effizient aus dem Chromosom heraus. Diese Domäne kann über das LexA-TAP-Adapterprotein, das an die LexA-DNA-Bindungsstellen bindet, sowie an einen Affinitätsträger gereinigt werden. Diese Methode wurde kürzlich verwendet, um verschiedene Chromatindomänen zu isolieren, die ausgewählte Replikationsursprünge des Hefechromosoms III13 enthalten.

Ein großer Vorteil dieses Ex-vivo-Ansatzes besteht darin, dass er funktionelle Analysen des isolierten Materials ermöglicht. Zum Beispiel können Replikationsursprungsdomänen, die mit dieser Methode gereinigt wurden, In-vitro-Replikationsassays unterzogen werden, um die Effizienz des Ursprungsfeuers in einem Reagenzglas aus nativen in vivo assemblierten Chromatin-Matrizen zu bewerten. Letztendlich könnte die biochemische und funktionelle Charakterisierung des isolierten Materials die Rekonstitution von Kernprozessen unter Verwendung von gereinigten Proteinen zusammen mit dem nativen Chromatin-Template ermöglichen. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass diese Methodik einen spannenden Weg in der Chromatinforschung eröffnet, da es möglich sein wird, die kollektiven Veränderungen der Zusammensetzung und der Struktur des Chromatins einer bestimmten Genomregion zu verfolgen, die eine bestimmte chromosomale Transaktion durchläuft.

Protocol

In der Materialtabelle finden Sie Einzelheiten zu allen Materialien und Instrumenten, die in diesem Protokoll verwendet werden. In Tabelle 1 finden Sie eine Liste der verwendeten Lösungen, Puffer und Medien. 1. Rekombinanter Hefestammaufbau Um einen rekombinationskompetenten Hefestamm zu konstruieren, transformieren Sie das SbfI-verdaute Plasmid K238 in einen Hefestamm mit integrierten LexA-Bindungsstellen und RS-Rekombinationsstell…

Representative Results

Die Aufreinigung der ~1,4 kb ARS316 Chromatindomäne wurde durch das konstitutiv exprimierte LexA-TAP Adapterprotein vermittelt. Um als Negativkontrolle zu dienen, führten wir Aufreinigungen mit einem isogenen Stamm durch, der LexA-TAP exprimiert, aber keine integrierten RS- und LexA-Bindungsstellen enthält. Abbildung 3 zeigt das Ergebnis der DNA-Analyse eines Standard-Aufreinigungsexperiments, das sowohl an der Kontrolle als auch an einem rekombinationskompetenten Stamm durchgeführt wurd…

Discussion

Die Identifizierung der Faktoren und der Chromatinlandschaft einer bestimmten genomischen Zielregion stellt nach wie vor eine große Herausforderung in der Chromatinforschungdar 18. Dieses Protokoll beschreibt ein effizientes System zur gezielten Exzision und Reinigung bestimmter Chromatindomänen aus Hefechromosomen. Unseres Wissens nach überwinden die Reinheit und Ausbeute dieser einstufigen Aufreinigung viele der Einschränkungen von Locus-spezifischen Chromatin-Aufreinigungsmethoden, wodurch …

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Die Arbeiten im S.H.-Labor wurden von der DFG durch SFB1064 (Projekt-ID 213249687), den Europäischen Forschungsrat (ERC Starting Grant 852798 ConflictResolution) und die Helmholtz Gesellschaft unterstützt.

Materials

Yeast strains
Control Strain: MATa; ura3Δ0; leu2Δ0; his3Δ1; met15Δ0; bar1::kanMX4; Chr I 212kb::LEU2 pTEF2-LEXA-TAP pGAL1-10 RecR Section 1, see references 13 and 14
Recombination Strain: MATa; ura3Δ0; leu2Δ0; his3Δ1; met15Δ0; bar1::kanMX4; RS_LEXA_NS-3_ARS316_NS+3_RS; Chr I 212kb::LEU2 pTEF2-LEXA-TAP pGAL1-10 RecR Section 1, see reference 13 and 14
Plasmid
K238 plasmid Section 1, see reference 13
Storage: Store at -20 °C
K071 Spike-in plasmid DNA Section 7.1, see reference 13
Storage: Store at -20 °C
Reagents
Acetone Carl Roth 5025.1 Section 2
Storage: Store at room temperature
Ammonium acetate (NH4Ac) Sigma Aldrich A7262 Section 6 and 7.1
Storage: Store at room temperature
Ammonium solution (NH4OH) 25% Merck Millipore 533003 Section 6
Storage: Store at room temperature
Ammonium sulfate Santa Cruz Sc-29085 Section 2
Storage: Store at room temperature
Bacto agar BD (VWR) 90000-760 Section 3
Storage: Store at room temperature
Bacto peptone BD (VWR) 211820 Section 3
Storage: Store at room temperature
β-Mercaptoethanol Sigma Aldrich 07604 Section 7.2
Storage: Store at 4 °C
Chemiluminescent substrate kit ThermoFisher 34580 Section 7.2
Storage: Store at 4 °C
Di-Sodium Hydrogen phosphate dodecahydrate Merck 1.06579.1000 Section 2 and 7.1
Storage: Store at room temperature
Dithiothreitol (DTT) ThermoFisher 15508013 Section 4
Storage: Store at 4 °C
Ethanol Merck 100983 Section 7.1
Storage: Store at room temperature
Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA) Sigma Aldrich ED Section 7.1
Storage: Store at room temperature
Galactose (20% (w/v) stock) Sigma Aldrich G0625-1KG  /  5KG Section 3
Storage: Store at room temperature
Gel loading dye (6x) BioLabs B7024A Section 7.1
Storage: Store at -20 °C
Glusose Sigma-Aldrich G8270 Section
Storage: Store at room temperature
Glycine Carl Roth .0079.4 Section 2
Storage: Store at room temperature
Glycogen (5 mg/mL) Invitrogen AM9510 Section 7.1
Storage: Store at -20 °C
Hydrochloric acid (HCl) PanReac AppliChem 182109.1211 Section 2, 4 and 7.1
Storage: Store at room temperature
Magnesium Acetate (MgAc) Bernd Kraft 15274.2600/C035 Section 4
Storage: Store at room temperature
Magnesium chloride (MgCl2) Sigma Aldrich M8266 Section 6
Storage: Store at room temperature
Nu PAGE LDS sample buffer (4x) Invitrogen 2399549 Section 7.2
Storage: Store at room temperature
Phenol/Chloroform/Isoamyl alcohol (25:24:1 v/v) Invitrogen 15593-031 Section 7.1
Storage: Store at 4 °C
Potassium chloride (KCl) Sigma P9541 Section 4
Storage: Store at room temperature
Radioactively labeled α-32P dATP (3,000 Ci/mmol, 10 mCi/mL) Hartmann Analytic SRP-203 Section 7.1
Storage: Store at 4 °C
RadPrime labeling system ThermoFisher 18428-011 Section 7.1
Storage: Store at -20 °C
Raffinose (20% (w/v) stock) SERVA 34140.03 Section 3
Storage: Store at room temperature
Sodium chloride (NaCl) Merck K53710504142 Section 7.1
Storage: Store at room temperature
Sodium citrate (Na3C6H5O7) Sigma-Aldrich 71402 Section 7.1
Storage: Store at room temperature
Sodium hydroxide (NaOH) Sigma Aldrich S5881 Section 7.1
Storage: Store at room temperature
Sodium n-dodecyl sulfate (SDS) (5% stock (w/v) ) Alfa Aesar A11183 Section 7.1
Storage: Store at room temperature
Sodium phosphate monobasic Sigma-Aldrich 71496 Section 2 and 7.1
Storage: Store at room temperature
Sodium azide Santa Cruz Biotechnology sc-208393 Section 2
Storage: Store at -20 °C
 Triethylamine Sigma Aldrich 90340 Section 2
Storage: Store at room temperature
Tris base Chem Cruz SC-3715B Section 2 and 4
Storage: Store at room temperature
Triton X-100 Sigma Aldrich X100 Section 2 and 4
Storage: Store at room temperature
Tween-20 Bernd Kraft 18014332 Section 4
Storage: Store at room temperature
Yeast extract BD (VWR) 212720 Section 3
Storage: Store at room temperature
Yeast mating factor alpha (1 µg/mL stock )  Biomol Y2016.5 Section 3
Storage: Store at -20 °C
Yeast Synthetic Drop-out medium Supplements without LEUCINE Sigma Aldrich Y1376 Section 1, see reference 14
Enzymes
HpaI restriction enzyme (5,000 U/mL) NEB R0105S Section 7.1
Storage: Store at -20 °C
Protease and Phosphatase Inhibitor Cocktail (100x) ThermoFisher Scientific 78446 Section 4
Storage: Store at4 °C
Proteinase K (10 mg/mL) SERVA 33756 Section 7.1
Storage: Store at -20 °C
RNase A (10 mg/mL)  ThermoFisher EN0531 Section 7.1
Storage: Store at -20 °C
TEV protease (10000 U/µL) NEB P8112S Section 5
Storage: Store at -20 °C
Materials
BcMag Epoxy-Activated Magnetic Beads Bioclone Inc. FC-102 Section 2
Storage: Store at 4 °C
Dry ice Section 4
Low-binding centrifuge tubes 2.0 mL Eppendorf 22431102 Section 4
Microspin G-25 Columns Cytiva 27-5325-01 Section 7.1
Storage: Store at room temperature
Parafilm Merck P7793 Section 4
Positive nylon membrane Biozol 11MEMP0001 Section 7.1
Storage: Store at room temperature
PVDF transfer membrane Immobilon-Merck Millipore IPVH00010 Section 7.2
Storage: Store at room temperature
SDS-PAGE gel 4-12% bis-tris (15 well, 1.5 mm) Invitrogen  NP0336BOX Section 7.2
Storage: Store at 4 °C
Syringe (25 mL) with luer fitting Henke Sass Wolf 4200-000V0 Section 3
Whatman paper (Grade 3MM CHR Cellulose Western Blotting Paper Sheet) Cytiva 3030-917 Section 7.1
Storage: Store at room temperature
Antibodies
Anti-LexA, rabbit polyclonal IgG, DNA binding region antibody Merck Millipore 06-719 Section 7.2
Storage: Store at -20 °C
Goat Anti-Rabbit IgG (H+L), Horseradish peroxidase conjugate Invitrogen G21234 Section 7.2
Storage: Store at -20 °C
Peroxidase Anti-Peroxidase (PAP) antibody produced in rabbit for the detection of TAP-tagged proteins Sigma Aldrich P1291-500UL Section 7.2
Storage: Store at -20 °C
Rabbit IgG antibodies Sigma I5006-100MG Section 2
Storage: Store at 4 °C
Primers (10 µM)
ARS316: fwd 5'- CGGCATTATCGTACACAACCT, rev 5'- GTTCTTCGTTGCCTACATTTTCT Section 7.1
K071 Spike-in plasmid DNA: fwd: 5'-TTTTCGCTGCTTGTCCTTTT, rev 5'- CATTTTCGTCCTCCCAACAT Section 7.1
PCR fragment from yeast genomic DNA as a template  for ARS316 amplification (for southern blot): fwd 5’- AAATTCTGCCCTTGATTCGT                                                  rev 5’- TTTGTTTATCTCATCACTAAT Section 7.1
PDC1: fwd 5'- CATGATCAGATGGGGCTTCA, rev 5'-ACCGGTGGTAGCGACTCTGT Section 7.1
Equipment
Coffee grinder Gastroback 42601 Section 4
Dewar flask NAL GENE 4150-2000 Section 3
DynaMag TM-2 magnetic rack Invitrogen 12321D Section 4, 5 and 6
Hybridization oven Hybaid Mini10 Ri418 Section 2
Microcentrifuge Eppendorf 5424R Section 4 and 7.1
UV-crosslinker Analytikjena 95-0174-02 Section 7.1

References

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Cite This Article
Sajid, A., Hamperl, S. Single-Copy Gene Locus Chromatin Purification in Saccharomyces cerevisiae. J. Vis. Exp. (201), e65460, doi:10.3791/65460 (2023).

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