Name: Extraction dADN de lmicrobes de lintestin des termites (Zootermopsis Angusticollis) et Visualisation microbes de lintestin (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2007-05-28T00:00:00.000+00:00
Duration: 15 min 27 s
Description: Découvrez l'extraction d'ADN des microbes intestinaux de Zootermopsis angusticollis et leur visualisation microscopique. Cette méthode révèle la diversité de la communauté microbienne et son rôle dans le métabolisme énergétique.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Résumé de la procédure d&#39;extraction d&#39;ADN de termite ensemble de l&#39;intestin: <ol><li> Réfrigérer les termites sur la glace, enlever l&#39;intestin en utilisant une pince à épiler stérile et stabiliser les échantillons dans un tampon de l&#39;intestin. </li><li> Homogénéiser les échantillons dans PVPP / SDS / tampon phénol. </li><li> Extraire et purifier l&#39;ADN de lysat brut à l&#39;aide de colonnes Qiagen DNeasy. </li></ol> Protocole: <ol><li> Sur la glace, enlever les entrailles des termites castes travailleur qui utilise une pince stérile. </li><li> Transférer immédiatement les tripes et le contenu d&#39;une solution stérile, sans nucléase tube contenant 50 ul glacée 1x biologie moléculaire de grade tampon TE (1 mM Tris-HCl, 0,1 mM EDTA, pH 8,0). Congeler les échantillons à -20 ° C, ou procéder directement à l&#39;homogénéisation. </li><li> Transférer les échantillons intestin et tampon stérile, sans nucléase tube 2 ml à vis plafonné pré-chargé avec 500 mg de stériles zircone / silice perles (0,1 mm) et 700 ul de tampon TE 1x contenant 1% p / v polyvinylpolypyrrolidone (PVPP ). </li><li> Ajouter 50 ul de dodécylsulfate de sodium à 20% (SDS) et 500 ul de phénol pour les échantillons. </li><li> Homogénéiser (battement talon) sur le réglage le plus élevé en utilisant trois cycles de 30 sec homogénéisation et 30 sec de réfrigération de la glace. </li><li> Les sédiments insoluble pendant 1 min à 8000 x g. </li><li> Purifier 300 ul aliquotes de la phase aqueuse (supérieure) couche avec des colonnes Qiagen DNeasy utilisant la méthode décrite pour la purification de lysat brut. </li><li> Quantifier le contenu d&#39;acides nucléiques et les congeler à -20 ° C pour une utilisation ultérieure. </li></ol>

<ol><li>Berthelet, M., Whyte, L. G., Greer, C. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid%2C+Direct+Extraction+of+DNA+from+Soils+for+PCR+Analysis+using+Polyvinylpolypyrrolidone+Spin+Columns%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol.+Lett%22%5BJournal%5D)">Rapid, Direct Extraction of DNA from Soils for PCR Analysis using Polyvinylpolypyrrolidone Spin Columns.</a> FEMS Microbiol. Lett. 138, 17-22 (1996).</li>
<li>Kudo, T., Ohkuma, M., Moriya, S., Noda, S., Ohtoko, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+Phylogenetic+Identification+of+the+Intestinal+Anaerobic+Microbial+Community+in+the+Hindgut+of+the+Termite%2C+Reticulitermes+Speratus%2C+without+Cultivation%5BTitle%5D)+AND+%22Extremophiles%22%5BJournal%5D)">Molecular Phylogenetic Identification of the Intestinal Anaerobic Microbial Community in the Hindgut of the Termite, Reticulitermes Speratus, without Cultivation.</a> Extremophiles. 2, 155-161 (1998).</li>
<li>Moré, M. I., Herrick, J. B., Silva, M. C., Ghiorse, W. C., Madsen, E. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+Cell+Lysis+of+Indigenous+Microorganisms+and+Rapid+Extraction+of+Microbial+DNA+from+Sediment%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Quantitative Cell Lysis of Indigenous Microorganisms and Rapid Extraction of Microbial DNA from Sediment.</a> Appl. Environ. Microbiol. 60, 1572-1580 (1994).</li>
<li>Odelson, D. A., Breznak, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Volatile+Fatty+Acid+Production+by+the+Hindgut+Microbiota+of+Xylophagous+Termites%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Volatile Fatty Acid Production by the Hindgut Microbiota of Xylophagous Termites.</a> Appl. Environ. Microbiol. 45, 1602-1613 (1983).</li>
<li>Ottesen, E. A., Hong, J. W., Quake, S. R., Leadbetter, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microfluidic+Digital+PCR+Enables+Multigene+Analysis+of+individual+Environmental+Bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Microfluidic Digital PCR Enables Multigene Analysis of individual Environmental Bacteria.</a> Science. 314, 1464-1467 (2006).</li>
<li>Purdy, K. J., Embley, T. M., Takii, S., Newdell, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+Extraction+of+DNA+and+rRNA+from+Sediments+by+a+Novel+Hydroxyapatite+Spin-Column+Method%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Rapid Extraction of DNA and rRNA from Sediments by a Novel Hydroxyapatite Spin-Column Method.</a> Appl. Environ. Microbiol. 62, 3905-3907 (1996).</li>
<li>Salmassi, T. M., Leadbetter, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+Genes+of+Tetrahydrofolate-Dependent+Metabolism+from+Cultivated+Spirochaetes+and+the+Gut+Community+of+the+Termite+Zootermopsis+Angusticollis%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiology%22%5BJournal%5D)">Analysis of Genes of Tetrahydrofolate-Dependent Metabolism from Cultivated Spirochaetes and the Gut Community of the Termite Zootermopsis Angusticollis.</a> Microbiology. 149, 2529-2537 (2003).</li>
<li>Schmitt-Wagner, D., Friedrich, M. W., Wagner, B., Brune, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phylogenetic+Diversity%2C+Abundance%2C+and+Axial+Distribution+of+Bacteria+in+the+Intestinal+Tract+of+Two+Soil-Feeding+Termites+%28Cubitermes+spp%29%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Phylogenetic Diversity, Abundance, and Axial Distribution of Bacteria in the Intestinal Tract of Two Soil-Feeding Termites (Cubitermes spp).</a> Appl. Environ. Microbiol. 69, 6007-6017 (2003).</li>
<li>Tsai, Y. L., Olson, B. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+Method+for+Separation+of+Bacterial+DNA+from+Humic+Substances+in+Sediments+for+Polymerase+Chain+Reaction%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Rapid Method for Separation of Bacterial DNA from Humic Substances in Sediments for Polymerase Chain Reaction.</a> Appl. Environ. Microbiol. 58, 2292-2295 (1992).</li>
</ol>

Dans notre expérience, l&#39;ADN extrait des communautés microbiennes des espèces de termites du bois-alimentation, comme nevadensis Zootermopis est suffisamment pur pour le modèle PCR après un tour d&#39;extraction et de purification. Cependant, certains termites comme de la litière et le sol maternel espèces se nourrissant peut avoir une concentration plus élevée d&#39;acides humiques dans leur contenu intestinal et peut nécessiter une purification supplémentaire de l&#39;ADN microbien intestinal. Le rendement d&#39;ADN total des tripes d...

<table><tbody><tr><td>PVPP/SDS/phénol</td><td>Tampon</td><td></td><td></td><td>tampon d'homogénéisation</td></tr><tr><td>DNeasy Tissue Kit</td><td>Kit</td><td>Qiagen</td><td>77607</td><td>Utilisé conformément au protocole d'isolement de l'ADN génomique à partir de lysats bruts (Annexe H, version du manuel produit : juillet 2003)</td></tr><tr><td>TE</td><td>Tampon</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T9285</td><td>Tampon 1x (1 mM Tris-HCl, 0,1 mM EDTA, pH 8,0) préparé à partir d'une solution mère 100x</td></tr><tr><td>billes de zircone/silice </td><td>Consommables</td><td>Biospec Products</td><td>11079101z</td><td>0,1 mm</td></tr><tr><td>PVPP</td><td>Réactif</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P6755</td><td>Polyvinylpolypyrrolidone à 1 % p/v, préparé à partir du réactif sec sous forme de suspension 1x dans le tampon TE</td></tr><tr><td>Zootermopsis nevadensis</td><td>Animal</td><td></td><td></td><td>Termites</td></tr><tr><td>SDS</td><td>Réactif</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L4390</td><td>Solution à 20 % de dodécylsulfate de sodium dans l'eau, préparée à partir du réactif sec</td></tr><tr><td>Phénol</td><td>Réactif</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>77607</td><td>Saturé au tampon TE, ~73 %</td></tr><tr><td>MiniBeadbeater-8</td><td>Outil</td><td>Biospec Products</td><td>963</td><td></td></tr><tr><td>BSS</td><td>Solution saline tamponnée, pH 7,2</td><td></td><td></td><td>Formulation par litre : 2,5 g K&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;HPO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;, 1,0 g KH&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;PO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;, 1,6 g KCl, 1,4 g NaCl, 0,075 g CaCl, 1 g MgCl, et 10 mL d'une solution mère à 1 M de NaHCO&lt;sub&gt;3&lt;/sub&gt;</td></tr><tr><td>AxioPlan-2</td><td>Microscope</td><td>Carl Zeiss, Inc.</td><td></td><td>Équipé d'un objectif 40x, d'un optivar 1,6x et d'oculaires 10x. Les échantillons ont été observés en contraste de phase</td></tr></tbody></table>

extraction d&#39;adn de l&#39;microbes de l&#39;intestin des termites (zootermopsis angusticollis) et visualisation microbes de l&#39;intestin

Extracting DNA from the Gut Microbes of the Termite (Zootermopsis Angusticollis) and Visualizing Gut Microbes

Les termites sont parmi les rares animaux connus pour avoir la capacité de subsister uniquement par le bois de consommation. Le tractus intestinal des termites contient une population microbienne dense et riche en espèces qui assiste à la dégradation de la lignocellulose en majorité dans l&#39;acétate, le nutriment clé alimente le métabolisme des termites (Odelson &amp; Breznak, 1983). Au sein de ces populations microbiennes sont des bactéries, les archées méthanogènes et, dans certains termites («inférieure»), eucaryotes protozoaires. Ainsi, les termites sont des sujets d&#39;excellentes recherches pour étudier les interactions entre les espèces microbiennes et les nombreuses fonctions biochimiques qu&#39;ils effectuent au profit de leur hôte. La composition des espèces des populations microbiennes dans les intestins des termites ainsi que des gènes clés impliqués dans divers processus biochimiques a été explorée en utilisant des techniques moléculaires (Kudo et al, 1998;. Schmit-Wagner et al, 2003;. Salmassi &amp; Leadbetter, 2003). Ces techniques dépendent de l&#39;extraction et la purification de haute qualité acides nucléiques à partir de l&#39;environnement intestinal termites. La technique d&#39;extraction décrite dans cette vidéo est une compilation modifiée de protocoles développés pour l&#39;extraction et la purification des acides nucléiques à partir d&#39;échantillons environnementaux (Mor et al, 1994;. Berthelet et al, 1996;. Purdy et al, 1996;. Salmassi &amp; Leadbetter, 2003;. Ottesen et al 2006) et il produit l&#39;ADN à partir de matériaux hindgut termites pouvant servir de modèle pour la réaction en chaîne polymérase (PCR).

Cette vidéo illustre la technique d&#39;extraction d&#39;ADN à partir des espèces de microbes réside dans l&#39;intestin postérieur des termites. La préparation d&#39;une lame de montage humide, ce qui est utile pour visualiser la communauté microbienne intestinale est également illustré, et une tournée à travers les riches en espèces environnement intestinal est donné.

Extraction d&#39;ADN de l&#39;microbes de l&#39;intestin des termites (Zootermopsis Angusticollis) et Visualisation microbes de l&#39;intestin

Les termites font partie des rares animaux connus pour avoir la capacité de subsister uniquement en consommant du bois. Le tube digestif des termites contient un microbiote dense et...

Ici, votre réaction face à cet environnement n'est pas, n'est pas unique. La plupart des gens, même les non-scientifiques, sont assez impressionnés. Oui. Par la, la diversité et la complexité.Bonjour, je m'appelle Eric Matson et je suis postdoctorant au Département de génie environnemental et des sciences ici au California Institute of Technology. Mes travaux, menés sous la direction du professeur Jared Ledbetter, portent sur les interactions microbiennes et la diversité des espèces qui peuplent l'intestin postérieur des termites. Plus particulièrement, nous nous intéressons à certaines des voies biochimiques en jeu, et notamment au processus de méthanogenèse, par lequel ces micro-organismes consomment du dihydrogène et du CO2, et les transforment en acétate, un nutriment essentiel pour le métabolisme énergétique de l'hôte terme. Moi-même et d'autres membres du laboratoire avons mis au point des jeux d'amorces ciblées afin d'analyser les enzymes clés de cette voie métabolique. Toutefois, cela implique de produire des échantillons d'ADN purs de la communauté microbienne, l'ADN, pour les utiliser comme cibles dans ce processus. Ainsi, aujourd'hui, je souhaite montrer comment nous dis

extracting-dna-from-gut-microbes-termite-zootermopsis-angusticollis

Research

Recherche

JoVE Journal

Biology

Biologie

Jared Leadbetter explique pourquoi la communauté microbienne de l'intestin des termites est un excellent système pour étudier les interactions complexes entre les microbes. La relation symbiotique existant entre l'insecte hôte et la lignocellulose dégradants microbes de l'intestin est expliqué, ainsi que les utilisations industrielles de ces microbes pour la biomasse végétale et de biocarburants générant dégradants.

Enquêter la communauté microbienne dans l&#39;intestin postérieur des termites - Interview

Jared Leadbetter nous emmène pour une promenade dans la nature par la diversité de la vie dans la résidence hindgut termites - un micro-environnement contenant 250 espèces différentes se trouvent nulle part ailleurs sur Terre. Jared révèle que la symbiose présenté par ce système est multi-couches et implique non seulement une relation entre les termites et de ses habitants intestin, mais implique aussi un réseau complexe de symbiose entre les microbes de l'intestin lui-même.

Couches de Symbiose - Visualisation de la communauté microbienne Termite Intestin postérieur

Nous présentons les procédures pour démontrer que les ligands se lient à la membrane de surface des ces protozoaires digérant la cellulose-dans l'intestin des termites de Formose souterraines en utilisant la microscopie fluorescente et que les ligands couplés avec des peptides lytiques tuer les...

Test activité Protozoacidal du ligand-lytique peptides contre Gut Termite protozoaires In vitro (Culture protozoaires) et In vivo (Microinjection dans Termite Intestin postérieur)

La communauté bactérienne active associée à l'intestin de Spodoptera, a été déterminée par des isotopes stables-sondage (SIP) couplé à pyroséquençage. En utilisant cette méthodologie, l'identification des espèces de bactéries métaboliquement actives au sein de la communauté a été fait avec une haute résolution et de précision.

Identification des bactéries métaboliquement actif dans l&#39;intestin du généraliste<em&gt; Spodoptera littoralis</em&gt; Par ADN isotopes stables de palpage Utilisation<sup&gt; 13</sup&gt; C-Glucose

Nous décrivons ici un protocole pour obtenir des données de séquence amplicon du sol, la rhizosphère et racine endosphère microbiomes. Cette information peut être utilisée pour étudier la composition et la diversité des communautés microbiennes associées aux plantes et est adaptée pour l’utilisation avec un large éventail d’espèces végétales.

Explorant le Microbiome racine : extraire les données de la communauté bactérienne du sol, rhizosphère et racine endosphère

Nous présentons ici un protocole pour spatialement et temporellement évaluer la présence de la microflore viable dans les tripes de tique à l’aide d’une approche modifiée entier-Montez l’hybridation in situ.

Visualisation du microbiote dans Guts Tick par hybridation entier-Montez In Situ

Ce protocole simplifié détaille un flux de travail pour détecter et imager les bactéries dans des échantillons de tissus complexes, de la fixation du tissu à la coloration des microbes avec hybridation fluorescente in situ .

Visualisation des interactions entre le microbiote intestinal et l’hôte par hybridation in situ par fluorescence, coloration par lectine et imagerie

Les nématodes sauvages de Caenorhabditis sont associés à de nombreux microbes, souvent dans la lumière intestinale ou infectant l’intestin. Ce protocole détaille une méthode pour enrichir les microbes inculturables colonisant l’intestin, en tirant parti de la résistance de la cuticule de dauer.

Nettoyage sélectif des nématodes sauvages de Caenorhabditis pour enrichir les bactéries du microbiome intestinal

Pour obtenir un insecte axenique, sa surface d’œuf est stérilisée et la larve éclose est ensuite élevée à l’aide de feuilles axeniques. Cette méthode fournit un moyen efficace pour la préparation d’insectes axeniques sans administrer d’antibiotiques ou développer un régime artificiel, qui peut également être appliqué à d’autres insectes mangeurs de feuilles.

Préparation et élevage d’insectes axeniques avec des semis de culture tissulaire pour les études d’interaction entre le microbiote hôte et intestinal du coléoptère

Les microcosmes de compost apportent la diversité microbienne trouvée dans la nature en laboratoire pour faciliter la recherche sur le microbiome chez Caenorhabditis elegans. Voici des protocoles pour la mise en place d’expériences de microcosme, les expériences démontrant la capacité de moduler la diversité microbienne environnementale pour explorer les relations entre la diversité microbienne environnementale et la composition du microbiome intestinal du ver.

Microcosmes de compost en tant qu’environnements naturels diversifiés sur le plan microbien pour la recherche sur le microbiome chez Caenorhabditis elegans

Nous proposons un protocole optimisé de microscopie électronique à balayage pour visualiser des échantillons hautement hétérogènes et délicats contenant de la biomasse végétale et fongique, ainsi que du microbiote et du biofilm. Ce protocole permet de décrire les dimensions spatiales de l’organisation du microbiote.

Microbiote des jardins de fourmis attines : visualisation d’un paysage microbien par microscopie électronique à balayage

Découvrez l'extraction d'ADN des microbes intestinaux de Zootermopsis angusticollis et leur visualisation microscopique. Cette méthode révèle la diversité de la communauté microbienne et son rôle dans le métabolisme énergétique.

Extraction d'ADN de l'microbes de l'intestin des termites (Zootermopsis Angusticollis) et Visualisation microbes de l'intestin

Explorer plus de vidéos