Konfokal scanning mikroskopi anvendes til billeddannelse enkelt mitokondrie begivenheder i perfunderet hjerte eller skeletmuskulatur i levende dyr. Real-time overvågning af enkelte mitokondrie processer såsom superoxid blinker og membran potentielle udsving muliggør evaluering af mitokondriefunktionen i en fysiologisk relevant kontekst og under patologiske forstyrrelser.