Zebrafisk embryo er en fremragende model for udviklingsmæssige biologi forskning. Under embryogenese, zebrafisk udvikler sig med en æggeblomme masse, som præsenterer tre-dimensionelle udfordringer for prøve observation og analyse. Denne protokol beskriver, hvordan man opretter todimensionale flade mount præparater af hele mount in situ (ønske) farvet zebrafisk embryo prøver.