Journal
/
Genetics
/
Forberedelse af prøver og analyser af RNASeq-baseret genekspression Data fra zebrafisk
JoVE Journal
Genetics
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Genetics
Sample Preparation and Analysis of RNASeq-based Gene Expression Data from Zebrafish

Forberedelse af prøver og analyser af RNASeq-baseret genekspression Data fra zebrafisk

DOI:
10.3791/56187-v

•

11:42 min

•

October 27, 2017

•

, ,
1Division of Endocrinology, Diabetes and Nutrition, Department of Medicine,University of Maryland School of Medicine

Chapters

  • 00:05Title
  • 01:04Generating Embryos Through Natural Mating and Staging Embryos
  • 02:22Whole Embryo Dissociation, RNA Extraction and Purify High-quality RNA
  • 04:55Sorting Differentially Expressed Genes
  • 07:00Determine Enriched Pathways
  • 07:57Generation of Pathway Networks and Determination of Enriched GO Terms
  • 09:12Results: RNAseq-based Zebrafish Genome Expression Data for Alstrom and Bardet Biedl Syndromes
  • 10:47Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Denne protokol præsenterer en tilgang til hele transkriptom analyse fra zebrafisk embryoner, larver, eller sorteret celler. Vi omfatter isolering af RNA, sti analyse af RNASeq data og qRT-PCR-baserede validering af gen expression ændringer.

Tags

RNASeqGene ExpressionZebrafishEmbryoLarvaTranscriptomeSample PreparationRNA ExtractionRNA SequencingDevelopmental BiologyComparative Analysis

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

Parallel Måling af døgnrytmen ur genekspression og hormon sekretion i Human primære cellekulturer

Single-celle Gene Expression Profiling Brug FACS og qPCR med interne standarder

Studie af Cyklusreguleret Gen Expression af To Komplementære Celle Synkronisering Protokoller

Tovejs Retroviral Integration Site PCR Metode og Quantitative Data Analysis Workflow

Måling af genekspression i bombarderede Byg Aleurone lag med øget gennemløb

En Optogenetic metode til at styre og analysere gen Expression mønstre i celle-til-celle interaktioner

En Ecdysone Receptor-baserede ental gen Switch til bevidst udtryk for transgen med robusthed, reversibilitet og ubetydelig Leakiness

At udforske Root Microbiome: udtrække bakteriel Fællesskabets Data fra jord, rhizosfære og rod Endosphere

IT analyse af sekvens Data fra Batch gær 2-Hybrid skærme

Opretholdelse af biologiske kulturer og måling af Gen-ekspression i Aphis nerii: et ikke-model System for plante-insekt interaktioner

Read Article