Journal
/
Genetics
/
Formaldehyd-assisteret Isolation af regulerende elementer til foranstaltning kromatin tilgængelighed i pattedyrceller
JoVE Journal
Genetics
This content is Free Access.
JoVE Journal Genetics
Formaldehyde-assisted Isolation of Regulatory Elements to Measure Chromatin Accessibility in Mammalian Cells

Formaldehyd-assisteret Isolation af regulerende elementer til foranstaltning kromatin tilgængelighed i pattedyrceller

DOI:
10.3791/57272-v

•

08:08 min

•

April 02, 2018

•

, , , ,
1Department of Oncohematology and Genetics. Institute of Biomedicine of Seville (IBiS),University Hospital Virgen del Rocío, 2Institute of Biochemistry, Medical Faculty, Friedrichstrasse 24, Member of the German Center for Lung Research,Justus-Liebig-University

Chapters

  • 00:04Title
  • 01:03Formaldehyde Crosslinking and Cell Harvesting
  • 02:18Cell Lysis and Chromatin Fragmentation
  • 03:25De-crosslinking of Control DNA
  • 04:04Phenol: Chloroform Purification of DNA
  • 06:44Results: Chromatin Accessibility Quantified
  • 07:29Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Plasticitet af nukleare arkitektur styres af dynamiske epigenetiske mekanismer, herunder ikke-kodende RNA'er, DNA methylering, nucleosome repositionering samt Histon sammensætning og modifikation. Her beskriver vi en Formaldehyde-Assisted Isolation af regulerende elementer (FAIRE) protokol, som giver bestemmelsen af kromatin tilgængelighed i en reproducerbar, billig og ligetil måde.

Tags

Chromatin AccessibilityFormaldehyde-assisted IsolationRegulatory ElementsMammalian CellsDNA-protein Cross-linkingChromatin RemodelingFAIRESonicationChromatin Fragmentation

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

Sekventiel Salt ekstraktioner til analyse af Bulk kromatin bindende egenskaber af kromatin ændre komplekser

Udvælgelsesafhængig og uafhængig generering af CRISPR / Cas9-medierede Gene Knockouts i Pattedyrceller

Chromatin-immunpræcipitation (ChIP) i mus-T-cellelinier

Retroviral Scanning: Kortlægning af MLV Integration Sites til at definere Cell-specifikke Regulatory Regions

Kromatin Immunoprecipitation (ChIP) protokol for lav-overflod embryonale prøver

Tilpasning af hybridisering fange af kromatin-associerede proteiner for Proteomics til pattedyrceller

En enkel, hurtig og kvantitative analysen til foranstaltning reparation af DNA-protein krydsbindinger på plasmider transfekteret i pattedyrceller

CRISPR-medieret reorganisering af kromatin løkke struktur

Kromatin Immunoprecipitation assay ved hjælp af Mikrococcal-nukleaser i pattedyrsceller

Udforskning sekvens plads til at identificere bindende sites for regulerende RNA-bindende proteiner

Read Article