Beskrivs är en metod för att kvantifiera uttrycket av 96 gener och 18 ytproteiner genom singelcellerna ex vivo, möjliggör identifiering av differentially uttryckt gener och proteiner i virus-infekterade celler i förhållande till icke-infekterade celler. Vi tillämpar en strategi för studien SIV-infekterade CD4+ T celler isolerade från rhesus makaker.