Denne artikkelen introduserer en eksperimentell protokoll ved hjelp av 3D-skanning teknologi som bygger bro over to romlige skalaer: den makroskopisk romlige skalaen av hele hjernen anatomi fotografert av MRI på > 100 μm og mikroskopisk romlig skala av neuronal distribusjoner ved hjelp av immunhistokjemi farging og en multielectrode array system og andre metoder (~ 10 μm).