Vi beskriver protokoller til at forberede oocyster og rense sporozoiter til at studere infektion af humane tarm og luftvejs organoider af Cryptosporidium parvum. Vi demonstrerer procedurerne for mikroinjektion af parasitter i tarm organoid lumen og immun farvning af organoider. Endelig beskriver vi isolationen af genererede oocyster fra organoiderne.