Journal
/
Genetics
/
Een bioinformatica-pijpleiding om de MicroRNA Transcriptomes in fabrieken nauwkeurig en efficiënt te analyseren
JoVE Journal
Genetics
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Genetics
A Bioinformatics Pipeline to Accurately and Efficiently Analyze the MicroRNA Transcriptomes in Plants
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Een bioinformatica-pijpleiding om de MicroRNA Transcriptomes in fabrieken nauwkeurig en efficiënt te analyseren

DOI:
10.3791/59864-v

•

06:34 min

•

January 21, 2020

•

, , ,
1Beijing Key Laboratory of Agricultural Genetic Resources and Biotechnology, Beijing Agro-Biotechnology Research Center,Beijing Academy of Agriculture and Forestry Sciences, 2State Key Laboratory of Protein and Plant Gene Research, Peking-Tsinghua Center for Life Sciences, School of Advanced Agricultural Sciences and School of Life Sciences,Peking University

Chapters

  • 00:04Title
  • 01:15Installation and Testing
  • 02:56Identifying Novel MicroRNAs (miRNAs)
  • 03:33Reference Index Building
  • 04:42Results: Representative miRDP2 Performance
  • 05:45Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Een bioinformatica-pijpleiding, namelijk miRDeep-P2 (kortweg miRDP2), met bijgewerkte plant miRNA-criteria en een gereviseerd algoritme, kan microRNA transcriptomes nauwkeurig en efficiënt analyseren in planten, vooral voor soorten met complexe en grote Genomes.

Tags

Bioinformatics PipelineMicroRNA TranscriptomesPlantsMiRDeep2Plant MicroRNAsTranscriptional RegulatorsPlant DevelopmentEnvironmental ChallengesFalse PositivesProcessing TimeHigh Confidence MicroRNA AnnotationGenome FunctionMiRDeep2 PipelineArabidopsis ThalianaGenome Reference IndexNoncoding RNA Reference IndexDeep Sequencing ReadsAdaptersFASTA Identifiers

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

check_url/59864?article_type=v

-Peptide afgeleide methode om genen en eiwitten Across Cellulaire en organellen Barriers in Planten Transport
check_url/59864?article_type=v

Detectie van Copy Number Wijzigingen met behulp van Single Cell Sequencing
check_url/59864?article_type=v

Systemische levering van MicroRNA met behulp van Recombinant Adeno-associated Virus Serotype 9 voor de behandeling van neuromusculaire ziekten bij knaagdieren
check_url/59864?article_type=v

Een Optogenetic methode te controleren en analyseren van gen expressiepatronen in cel-naar-cel interacties
check_url/59864?article_type=v

Next-generation Sequencing en Bioinformatics pijpleiding om te evalueren van genetische determinanten van constitutionele ziekte gericht
check_url/59864?article_type=v

Een snelle en Facile pijpleiding voor het genereren van Genomic punt mutanten in C. elegans met behulp van CRISPR/Cas9 Ribonucleoproteins
check_url/59864?article_type=v

Isolatie, karakterisering en MicroRNA gebaseerde genetische modificatie van stamcellen van menselijke tandheelkundige follikel
check_url/59864?article_type=v

Met behulp van In Vitro en In cel vorm te onderzoeken klein molecuul veroorzaakte structurele veranderingen van de Pre-mRNA
check_url/59864?article_type=v

Karakterisering van Histone posttranslationele wijziging wijzigingen in gist neurodegeneratieve Proteinopathy modellen
check_url/59864?article_type=v

Verbeterde gist One-hybride schermen te identificeren van de transcriptiefactor binden aan menselijke DNA-sequenties

Read Article