Vi tillhandahåller ett protokoll för isolering av mikroglia från olika dissekerade regioner i en vuxen mus hjärnhalva, följt av semi-automatiserad bibliotek förberedelse för djup Single-cell RNA sekvensering av fullängds transcriptomes. Denna metod kommer att bidra till att belysa funktionella heterogenitet av mikroglia i hälsa och sjukdom.