Journal
/
Biology
/
Worm-align og Worm_CP, To open source-rørledninger til glatning og kvantificering af Fluorescens Image Data Opnået fra Caenorhabditis elegans
JoVE Journal
Biology
This content is Free Access.
JoVE Journal Biology
Worm-align and Worm_CP, Two Open-Source Pipelines for Straightening and Quantification of Fluorescence Image Data Obtained from Caenorhabditis elegans

Worm-align og Worm_CP, To open source-rørledninger til glatning og kvantificering af Fluorescens Image Data Opnået fra Caenorhabditis elegans

DOI:
10.3791/61136-v

•

11:16 min

•

May 28, 2020

•

, , , ,
1Babraham Institute

Chapters

  • 00:05Introduction
  • 00:57Mounting Fixed Worms for Imaging
  • 02:56Creating Montage Images of Aligned Single Worms Using the Worm-align FIJI Pipeline
  • 06:01Analyzing Single-worm Fluorescence Intensity Using the Output from Worm-align in an Automated CellProfiler Pipeline
  • 08:07Results: Fluorescence Quantification with the Worm_CP Pipeline
  • 09:50Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Worm-align/Worm_CP er en simpel FIJI / CellProfiler workflow, der kan bruges til at rette og justere Caenorhabditis elegans prøver og til at score hele ormen billede-baserede analyser uden behov for forudgående uddannelse trin. Vi har anvendt Worm-align/Worm_CP til kvantificering af varmechok induceret udtryk i levende dyr eller lipiddråber i faste prøver.

Tags

Keywords: Worm-alignWorm CPCaenorhabditis ElegansFluorescence Image DataStraighteningQuantificationFijiCellProfilerMouth MicropipetteMounting MediumAgarose PadLevamisoleImage Analysis

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

check_url/61136?article_type=v

Imaging C. elegans Embryos using an Epifluorescent Microscope and Open Source Software
check_url/61136?article_type=v

Vampiric Isolation of Extracellular Fluid from Caenorhabditis elegans
check_url/61136?article_type=v

Grundlæggende<em> Caenorhabditis elegans</em> Metoder: Synkronisering og Observation
check_url/61136?article_type=v

Workflow til High-indhold, individuel celle Kvantificering af fluorescerende markører fra Universal Microscope data, støttet af Open Source Software
check_url/61136?article_type=v

Sporing og kvantificere udviklingsprocesser i<em> C. elegans</em> Brug Open source Værktøj
check_url/61136?article_type=v

Observation og Kvantificering af telomer og repetitive sekvenser Brug Fluorescens<em> In Situ</em> Hybridisering (FISH) med PNA-prober i<em> Caenorhabditis elegans</em
check_url/61136?article_type=v

Open Source High Content Analysis hjælp Automated Fluorescens Lifetime Imaging Microscopy
check_url/61136?article_type=v

Open source Single-partikel Analyse for Super-resolution Microscopy med VirusMapper
check_url/61136?article_type=v

Kvantificering af Lipid overflod og evaluering af Lipid Distribution i Caenorhabditis elegans af Nilen rød og olie røde O farvning
check_url/61136?article_type=v

IR-TEx: en open source data integration værktøj til Big data transkriptomics designet til malaria vektor Anopheles malariamyg

Read Article