Her beskriver vi beregningsværktøjer og metoder, der muliggør visualisering og analyse af tre- og firedimensionelle billeddata for museembryoner i forbindelse med aksial forlængelse og segmentering, opnået ved in toto optisk projektionstomografi og ved levende billeddannelse og helmonteret immunofluorescensfarvning ved hjælp af multifotonmikroskopi.