A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.
Chapters
- 00:04Introduction
- 01:05The miRNA Machine (mirMachine) Setup and Testing
- 02:23Homology-Based and Novel miRNA Identification
- 03:42Advance Parameters
- 04:35Results: Performance Evaluation of the mirMachine
- 05:34Conclusion
Heri præsenterer vi en ny og fuldautomatisk miRNA-pipeline, mirMachine, der 1) kan identificere kendte og nye miRNA'er mere præcist og 2) er fuldautomatisk og frit tilgængelig. Brugere kan nu udføre et kort indsendelsesscript for at køre den fuldautomatiske mirMachine-pipeline.
Tags
MirMachinePlant MiRNA AnnotationComputational IdentificationHigh SensitivityHigh SpecificityAutomatedFreely AvailableGenome-wide DistributionPreliminary DataSoftware DependenciesTest DataHairpinsMature MiRNAPre-miRNAMiRNA Star SequencesChromosomesHomology-based IdentificationSRNA-seqFASTQFASTAAdapter TrimmingAbundance Table
