Hybrid <em>De Novo</em> Genome Assembly for the Generation of Complete Genomes of Urinary Bacteria using Short- and Long-read Sequencing Technologies

Belle M. Sharon; Neha V. Hulyalkar; Vivian H. Nguyen; Philippe E. Zimmern; Kelli L. Palmer; Nicole J. De Nisco

doi:10.3791/62872

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Assemblage hybride du génome de novo pour la génération de génomes complets de bactéries urinaires à l’aide de technologies de séquençage à lecture courte et longue

JoVE Journal
Genetics

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Hybrid De Novo Genome Assembly for the Generation of Complete Genomes of Urinary Bacteria using Short- and Long-read Sequencing Technologies

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Assemblage hybride du génome de novo pour la génération de génomes complets de bactéries urinaires à l’aide de technologies de séquençage à lecture courte et longue

DOI:

10.3791/62872-v

•

12:08 min

•

August 20, 2021

•

Belle M. Sharon, Neha V. Hulyalkar, Vivian H. Nguyen, Philippe E. Zimmern, Kelli L. Palmer, Nicole J. De Nisco

¹Department of Biological Sciences,University of Texas at Dallas, ²Department of Urology,University of Texas Southwestern Medical Center

Chapters

00:04Introduction
01:00dsDNA Pool Cleanup and Concentration
03:25Sequence the Genome Library
05:14Long (MinION) Reads
06:55Generating Hybrid Genome Assembly
08:34Assessing Assembly Quality
09:34Genome Annotation
10:07Results: Analysis of Extracted DNA and Complete Genome Sequencing of Urinary Bacteria
11:37Conclusion

Summary

Automatic Translation

Ce protocole détaille une approche globale pour la culture, le séquençage et l’assemblage hybride de novo du génome des bactéries urinaires. Il fournit une procédure reproductible pour la génération de séquences génomiques complètes et circulaires utiles pour étudier les éléments génétiques chromosomiques et extrachromosomiques contribuant à la colonisation urinaire, à la pathogenèse et à la dissémination de la résistance aux antimicrobiens.

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