Journal
/
Biology
/
De novo Identifiering av aktivt översatta öppna läsramar med ribosomprofileringsdata
JoVE Journal
Biology
Author Produced
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Biology
De novo Identification of Actively Translated Open Reading Frames with Ribosome Profiling Data
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

De novo Identifiering av aktivt översatta öppna läsramar med ribosomprofileringsdata

DOI:
10.3791/63366-v

•

08:23 min

•

February 18, 2022

•

, , ,
1School of Basic Medical Sciences,Xi’an Jiaotong University Health Science Center, 2MOE Key Laboratory of Bioinformatics, Center for Synthetic and Systems Biology, School of Life Sciences,Tsinghua University, 3Joint Graduate Program of Peking-Tsinghua-National Institute of Biological Science

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 01:01Environment Setup and RiboCode Installation
  • 01:23Data Preparation
  • 03:35Removing Ribosomal RNA Contamination
  • 03:59Aligning the Clean Reads to the Genome
  • 04:25Size Selection of Ribosome Protected Fragments, Identification of P-Sites, and De novo Annotate Translating Open Reading Frames
  • 04:59Results: Identification of the Novel Open Reding Frames (ORFs) with the Application of RiboCode
  • 07:20Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Översättning av ribosomer avkodar tre nukleotider per kodon till peptider. Deras rörelse längs mRNA, fångad av ribosomprofilering, producerar fotavtrycken som uppvisar karakteristisk triplettperiodicitet. Detta protokoll beskriver hur man använder RiboCode för att dechiffrera denna framträdande funktion från ribosomprofileringsdata för att identifiera aktivt översatta öppna läsramar på hela transkriptomnivån.

Tags

Ribosome ProfilingTranslationOpen Reading FramesGenome-wideRiboCodeMRNAAnnotationRRNASequence Read ArchiveAlignment

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

Protein visdom: En Workbench för<em> I silico</em><em> De novo</em> Design av biomolekyler

Analys av Translation Initiation Under Stress villkor genom polysom ​​Profilering

Kromatin Immunoprecipitation analys för identifiering av Arabidopsis Protein-DNA-interaktioner<em> In Vivo</em

En enkel metod för växt polysom ​​Profiling

Öppen källkod Single-partikelanalys för Super högupplösande mikroskopering med VirusMapper

Anläggningen arrangören analys: Identifiering och karakterisering av roten knöl specifika promotorn i gemensamma bönan

De Novo Generation av somatiska stamceller av YAP/TAZ

IR-TEx: ett open source data integreringsverktyg för stordata transcriptomics avsedda för malaria vektorn Anopheles gambiae

Worm-align och Worm_CP, två Open-Source Pipelines för Räta och kvantifiering av fluorescens bilddata erhålls från Caenorhabditis elegans

Bedömning av de novo Proteinsyntesen Priser i Caenorhabditis elegans

Read Article