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1Beijing Computational Science Research Center, 2Shenzhen JL Computational Science and Applied Research Institute, 3School of Medical Informatics and Engineering,Xuzhou Medical University, 4Key Laboratory of Systems Biomedicine (Ministry of Education), Shanghai Center for Systems Biomedicine,Shanghai Jiao Tong University, 5Department of Physics and Astronomy,University of California, Irvine, 6Department of Chemistry,University of California, Irvine, 7NSF-Simons Center for Multiscale Cell Fate Research,University of California, Irvine
Chapters
- 00:04Introduction
- 00:45Construction of the Markov State Model from Atomic Molecular Dynamics Simulations
- 06:26Conducting Coarse-Grained Simulation to Sample Long-Time Dynamics
- 06:57Results: Structure-Based Simulation and Sampling of Transcription Factor Protein Movements
- 08:45Conclusion
इस प्रोटोकॉल का लक्ष्य डीएनए के साथ प्रोटीन के एक आयामी प्रसार की संरचनात्मक गतिशीलता को प्रकट करना है, एक अनुकरणीय प्रणाली के रूप में एक संयंत्र प्रतिलेखन कारक WRKY डोमेन प्रोटीन का उपयोग करना। ऐसा करने के लिए, दोनों परमाणुवादी और मोटे दानेदार आणविक गतिशीलता सिमुलेशन के साथ-साथ व्यापक कम्प्यूटेशनल नमूने लागू किए गए हैं।
