Målet med detta protokoll är att avslöja strukturell dynamik av endimensionell diffusion av protein längs DNA, med hjälp av en växttranskriptionsfaktor WRKY-domänprotein som ett exemplifierande system. För att göra detta har både atomistiska och grovkorniga molekylära dynamiksimuleringar tillsammans med omfattande beräkningsprovtagningar implementerats.