Detta protokoll presenterar en detaljerad sammanfattning av strategier för att inokulera växtrötter med jordburna mikrober. Exemplifierat för svamparna Verticillium longisporum och Verticillium dahliae beskrivs tre olika rotinfektionssystem. Potentiella tillämpningar och möjliga nedströmsanalyser lyfts fram, och fördelar eller nackdelar diskuteras för varje system.