Protokollen beskriver her metodene for vurdering av arbuscular mycorrhizal koloniseringsmønstre og strategi i røtter for to arter: Zea mays og Festuca rubra. Bruken av MycoPatt-metoden tillater beregning av parametere, konvertering av mykorrhizalstrukturer til digitale data og kartlegging av deres virkelige posisjon i røtter.