Den nuværende protokol beskriver design, fabrikation og karakterisering af et mikrofluidisk system, der er i stand til at tilpasse, immobilisere og præcist komprimere hundredvis af Drosophila melanogaster embryoner med minimal brugerintervention. Dette system muliggør billeddannelse i høj opløsning og gendannelse af prøver til analyse efter stimulering og kan skaleres til at rumme andre flercellede biologiske systemer.