यह विधि प्लेट कॉलोनी बनाने वाली इकाइयों (सीएफयू) के लिए 96-वेल प्लेट प्रारूप का उपयोग करके माइक्रोबियल बहुतायत को निर्धारित करती है और पूरे फ्लाई होमोजेनेट नमूनों में ड्रोसोफिला माइक्रोबायोम पर लागू होती है। सीएफयू को यहां प्रदान किए गए एक स्वचालित छवि विश्लेषण सॉफ्टवेयर के साथ गिना जाता है।