Denne protokol beskriver trin-for-trin autofluorescensbilleddannelse og evaluering af fykobiliproteinændringer i rødalger baseret på spektralanalyse. Dette er en etiketfri og ikke-destruktiv metode til evaluering af cellulær tilpasning til ekstreme levesteder, når kun knappe materialer er tilgængelige, og celler vokser langsomt eller slet ikke under laboratorieforhold.