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디메틸 설페이트를 사용한 RNA 구조 프로빙 시험관 내 및 세포에서 시퀀싱을 사용한 돌연변이 프로파일링

JoVE Journal
Biochemistry

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JoVE Journal Biochemistry

Probing RNA Structure with Dimethyl Sulfate Mutational Profiling with Sequencing In Vitro and in Cells

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디메틸 설페이트를 사용한 RNA 구조 프로빙 시험관 내 및 세포에서 시퀀싱을 사용한 돌연변이 프로파일링

DOI:

10.3791/64820-v

•

10:34 min

•

December 09, 2022

•

Sarah-Luisa Dülk, Silvia Rouskin

¹Department of Microbiology,Harvard Medical School

Chapters

00:04Introduction
00:36Gene‐Specific In Vitro DMS Modification
02:49Gene‐Specific RT‐PCR of Modified RNA
04:19Whole‐Genome DMS‐MaP Using Virus‐Infected Cells
07:17Analysis of the Sequencing Data
08:12Results: Probing RNA Structure with Dimethyl Sulfate Mutational Profiling and Sequencing
10:00Conclusion

Summary

Automatic Translation

이 프로토콜은 돌연변이 프로파일링 실험을 위해 디메틸 설페이트로 RNA를 변형하기 위한 지침을 제공합니다. 여기에는 두 가지 대체 라이브러리 준비 방법을 사용한 시험관 내 및 생체 내 프로빙이 포함됩니다.

Tags

Keywords: RNA Structure DMS-MaP Sequencing In Vitro In Cells RNA Structure Ensemble Biological Research Refolding Buffer Dimethyl Sulfate Beta-mercaptoethanol Spectrophotometer TGIRT Complementary DNA PCR

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