Summary
Questo video documenta i metodi per la raccolta di campioni di acqua marina costiera e il loro trattamento per varie applicazioni a valle compresa la concentrazione della biomassa, purificazione degli acidi nucleici, l'abbondanza delle cellule, nutriente e analisi gas tracciante.
Abstract
Questo video documenta i metodi per la raccolta di campioni di acqua marina costiera e il loro trattamento per varie applicazioni a valle compresa la concentrazione della biomassa, purificazione degli acidi nucleici, l'abbondanza delle cellule, nutriente e analisi gas tracciante. Per i campioni manifestazione di oggi sono stati raccolti dal ponte della HMS operativo John Strickland a Inlet Saanich. Un A-frame Derrick, con un multi-purpose verricello e sistema di cavi, viene usato in combinazione con Niskin o Go-Flo bottiglie di campionamento delle acque. Conducibilità, temperatura e profondità (CTD) sensori sono utilizzati anche per esempio la massa d'acqua sottostante. Per ridurre al minimo degassamento, campioni di gas traccia sono raccolti per primo. Poi, i nutrienti, chimica dell'acqua, e conta delle cellule sono determinate. Infine, le acque sono raccolte per la filtrazione delle biomasse. Il set-up e tempi di raccolta per un singolo getto è ~ 1,5 ore ad una profondità massima di 215 metri. Pertanto, per un totale di 6 ore è generalmente necessario a completare la serie di raccolta qui descritto.
Protocol
Parte 1: raccolta delle acque
- Fondali sono assegnati ad ogni cast.
- Profondità da campionare e il volume totale da raccogliere per il cast di corrente sono determinati.
- E 'garantito che il Go-Flo e bottiglie Niskin sono aperti e che le valvole ei rubinetti sono chiusi.
- Il CTD viene caricato sul fondo della linea e inferiore in acqua.
- Una bottiglia per la profondità campionate nel primo cast viene caricato sulla linea dopo il CTD, ma è garantito che la linea sia inserito correttamente nel supporto e le viti sono serrate.
- Un messaggero è allegato ad ogni bottiglia (se non il più profondo) prima di abbassare.
- La linea si abbassa la distanza tra la profondità prima e la successiva; un'altra bottiglia viene poi caricata. Va notato che per profondità, dove sono raccolti 20L per la filtrazione, per un totale di 2 bottiglie 12L sono caricati consecutivamente circa 0,75 m di distanza.
- Una volta che tutte le bottiglie sono in linea, la linea si abbassa fino alla profondità desiderata e 2 minuti sono autorizzati a passare.
- Un messaggero viene inviato verso il basso e pochi minuti sono autorizzati a passare per assicurare che tutti i vicini bottiglie.
- La linea è annaspato e le bottiglie vengono scaricati via via emergenti sul rack.
- Per profondità che richiedono campioni 20L per DNA e RNA, due bottiglie Niskin vengono raccolti. Una bottiglia è usato per esempio i parametri chimici (vedi sotto), mentre l'altra è prosciugato in damigiana. RNA è raccolto immediatamente dal Niskin secondo. Il resto del primo è anche drenato in damigiana per dare ~ volume di 20L finale. Per bassa risoluzione campioni solo 1L di acqua viene messa da parte per la filtrazione sterile in bottiglie Nalgene.
Parte 2: raccolta dei campioni di gas
- Se i campioni di ossigeno sono necessari, sono raccolti per primo.
- Un pezzo di tubo sottile è collegato al Niskin / Go-Flo rubinetto e l'altra estremità del tubo è posizionato posto in bottiglie di siero del vetro.
- La bottiglia siero è risciacquata con acqua 3 volte campione, e riempito fino a traboccare in modo che non siano presenti bolle d'aria.
- 50μl di cloruro di mercurio (HgCl 2) vengono aggiunti alla bottiglia siero in un modo che non introduce bolle d'aria nel campione.
- La bottiglia è sigillata con un tappo di gomma e crimpati con una ghiera di alluminio, e viene quindi memorizzato sul ghiaccio in un dispositivo di raffreddamento.
Parte 3: la raccolta dei campioni di nutrienti
- Una siringa da 60 cc è risciacquata con acqua campione, un (0,2 micron) è collegato in linea e l'acqua viene spinta attraverso il Acrodisc.
- Una bottiglia in polietilene è risciacquata con ~ 10 ml di acqua filtrata 3 volte (agitare bottiglia quando il risciacquo).
- Campione di acqua filtrata viene aggiunto alle bottiglie, circa ¾.
- Il campione viene memorizzato sul ghiaccio nel radiatore.
Parte 4: esempio di raccolta ammoniaca
- Provette vengono sciacquati con acqua campione.
- Provette sono riempiti completamente con acqua campione.
- 5 ml di acqua campione sono portati con l'ausilio di una pipetta da 10 ml, il resto dell'acqua nel tubo viene scartata e il 5 ml a la punta della pipetta sono sostituiti nella provetta del campione.
- 7.5ml di reagente di ammonio di lavoro è aggiunto ad ogni provetta una volta campioni provenienti da tutte le profondità sono stati raccolti.
Parte 5: Raccolta dei campioni per il conteggio delle cellule
- Un pre-etichettati tubo Falcon da 50 ml contenente 5,4 ml di formaldeide al 37% è riempito in cima per una concentrazione finale del 4%. Si fa attenzione a non rovesciare.
Parte 6: Raccolta dei campioni per le misurazioni di idrogeno solforato
- Un pre-etichettati tubo Falcon da 50 ml contiene acetato di zinco 20% (Zn (O 2 CCH 3) 2) si riempie verso l'alto. Si fa attenzione a non rovesciare.
Parte 7: raccolta di piccolo volume per la concentrazione della biomassa
- Bottiglie da 1 litro sono riempiti fino alla cima.
Parte 8: raccolta di grande volume per la concentrazione della biomassa
- Damigiane da 20 litri sono pieni.
Parte 9: Risultati Rappresentante
Il risultato finale di campionamento di acqua di mare si traduce in circa 12 campioni di ossigeno disciolto, 32-48 campioni di gas, 16 campioni di nutrienti, 32 campioni di ammonio, acido solfidrico 16 campioni, 16 campioni per la conta delle cellule, 6 damigiane da 20 litri, 16 bottiglie da 1 litro e 4 Sterivex 0.22μm filtri contenenti biomassa microbica conservato con RNA più tardi.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
In generale, c'è una grande quantità di preparazione e di pianificazione necessari per questo tipo di campionamento, in modo bilancio 2 giorni prima del viaggio per ottenere le cose in ordine e un giorno dopo, per la pulizia di tutto. In generale, non lasciare che l'acqua salata entrare in contatto con la pompa peristaltica o nel box in alluminio Zarges usato per trasportare l'attrezzatura campo. Trattare l'apparecchio con rispetto e che si esibirà anche per lungo tempo a venire.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Acknowledgments
Vorremmo ringraziare la Fondazione canadese per l'innovazione, la British Columbia Fondo di conoscenza per lo sviluppo e la Nazionale di Scienze e Ingegneria Research Council (NSERC) del Canada per sostenere gli studi in corso sulle regioni di scarsità di ossigeno delle acque costiere oceaniche e aperto. Inoltre, DAW è stata sostenuta da borse di studio da NSERC, Killam e la fondazione TULA Centro finanziato per la diversità microbica e Evolution.
Materials
| Name | Type | Company | Catalog Number | Comments |
| 20L Carboys | Fisher Scientific | 02-960-15 | ||
| 3/8" Tygon | Cole-Parmer | 06429-36 | ||
| Sterivex filters | Fisher Scientific | SVG010RS | ||
| Prefilter Housing Unit | AMD | 501200 | ||
| Luer Fitting | Cole-Parmer | 31507-27 | ||
| 1/4" Tygon tubing | Cole-Parmer | 06429-24 | ||
| 1/4" Tygon tubing | Cole-Parmer | 06429-24 | ||
| 1/4" Tygon tubing | Cole-Parmer | 06429-24 | ||
| 50ml Plastic tubes | ||||
| Glass Serum Bottles | Glass Sample Collection | |||
| Septa and aluminum caps for glass serum bottles | ||||
| Hand Crimper | ||||
| 20-200ul Pipette and Tips | ||||
| Glass Tubes | Ammonium Sample Collection | |||
| 30ml Plastic Bottles | Nutrient Collection | |||
| Acrodisc Filters | EMD Millipore | |||
| 5 ml Tubes | Nitrite Sample Collection | |||
| 37% Formaldehyde | Reagent | For cell count samples | ||
| 20% Zinc Acetate | Reagent | For sulfide samples | ||
| Mercuric Chloride | Reagent | For gas samples | ||
| milliQ water | Reagent | |||
| Ammonium Working Reagent | Reagent | Borate buffer, sodium sulfite, orthophaladialdehyde | ||
| Sulfanilamide | Reagent | 5g into 450ml water and 50ml HCl | ||
| N-(1-naphthy)-ethylenediamine dihydrochloride solution | Reagent | 0.5g into 500ml water |
References
- Cline, J. D. Spectrophotometric determination of hydrogen sulfide in natural waters. Limnology & Oceanography. 14, 454-458 (1969).
- Holmes, R. M., Aminot, A., Kerouel, R., Hooker, B. A., Peterson, B. J. A simple and precise method for measuring ammonium in marine and freshwater ecosystems. Canadian Journal of fisheries and Aquatic Science. 56, 1801-1808 (1999).
