Abstract
Insan hippocampusu genel olarak, bellek ve normal beyin fonksiyonu ve farklı nöropsikiyatrik rolü bağlamında incelenmiştir yoğun olarak araştırılmıştır. Birçok görüntüleme çalışmaları, tek bir yekpare nöro anatomik yapı olarak hipokampus tedavi olsa da, karmaşık bir üç boyutlu geometriye sahip birçok alt alanlardan oluşan aslında,. Bu nedenle, bu alt alanlar özel işlevleri yerine getirmek ve diferansiyel olarak, farklı hastalık durumlarının kurs boyunca etkilendiği bilinmektedir. Manyetik rezonans (MR) görüntüleme hipokampus ve alt alanlardan morfoloji sorgulamak için güçlü bir araç olarak kullanılabilir. Birçok grup altbaşlıklarla görüntü gelişmiş görüntüleme yazılım ve donanım (> 3T) kullanın; ancak teknolojinin bu tip en araştırma ve klinik görüntüleme merkezlerinde hazır olmayabilir. Bu ihtiyacı karşılamak için, bu yazının tam ön-arka uzunluğu segmentlere yönelik ayrıntılı bir adım-adım protokolü sağlarCornu ammonis (CA) 1, CA2 / CA3, CA4 / dentat girus (DG), tabakalar radiatum / lacunosum / moleculare (SR / SL / SM) ve subiculum: hipokampus ve alt alanlardan. Bu protokol, beş olgu (; yaş 29-57, ort 37. 3F, 2M) uygulanmıştır. Protokol güvenilirliği Dice kappa metrik kullanarak üst üste sağ ya da her konunun sol hipokampus ya resegmenting ve bilgisayar tarafından değerlendirilir. Beş konular arasında Dice Kappa (aralık) ortalama şunlardır: Bütün hipokampus, 0.91 (0,90-0,92); CA1, 0.78 (0,77-0,79); CA2 / CA3, 0.64 (0,56-0,73); CA4 / dentat girus, 0.83 (0,81-0,85); tabakalar radiatum / lacunosum / moleculare, 0.71 (0,68-0,73); 0.75 (0.72-0.78) subiculum. Burada sunulan segmentasyon protokolü yaygın olarak bulunan MR araçlarını kullanarak in vivo hipokampus ve hipokampal dalından incelemek için güvenilir bir yöntem ile diğer laboratuvarlar sağlar.
Introduction
Hipokampus epizodik bellek, mekansal navigasyon ve diğer bilişsel işlevler 10,31 ile ilişkili yaygın olarak çalışılan medial temporal lob yapıdır. Alzheimer hastalığı, şizofreni, bipolar bozukluk ve nörodejeneratif ve nöropsikiyatrik rahatsızlıklarda rolü 4,5,18,24,30 iyi belgelenmiştir. Bu yazının amacı 3T edinilen yüksek çözünürlüklü manyetik rezonans (MR) görüntüleri insan hipokampal alanlar için daha önce 34 yayınlanmış manuel segmentasyon protokolüne ek ayrıntı sağlamaktır. Ayrıca, bu yazının eşlik video bileşeni kendi veri setlerinde protokolü uygulamak isteyen araştırmacılara daha fazla yardım sağlayacaktır.
Hipokampus histolojik olarak hazırlanmış otopsi gözlenen sitoarkitektonik farklılıklara dayalı altbaşlıklarla ayrılabilir 12,22 numune. Böyle otopsi örnekleri grou tanımlamaknd belirlenmesi ve hipokampal alanlar çalışması için gerçeği; Bu nitelikteki hazırlıklar boyama beceri ve donanım uzman gerektirir ve özellikle hastalıklı toplumlarda, sabit doku durumu ile sınırlıdır, ancak. in vivo görüntüleme konularda çok daha büyük bir havuz avantajı vardır, ve de izlenmek için fırsat sunuyor çalışmalar ve toplumlarda gözlemleyerek değişiklikleri kadar. O T2 ağırlıklı ex vivo MR görüntülerde bu sinyal yoğunlukları gösterilmiş olmasına rağmen hücresel yoğunluk 13, bu sadece MR sinyal şiddetlerini kullanarak altbaşlıklarla arasında tartışmasız sınırları belirlemek hala zor yansıtmaktadır. Bunun gibi, MR görüntülerinde histoloji düzeyinde detay belirlenmesi için farklı yaklaşımlar bir dizi geliştirilmiştir.
Bazı gruplar hipokampal alt alan neuroanat yerelleştirilmesine yeniden ve histolojik veri kümeleri dijital ortama aktarmak ve daha sonra görüntü kaydı teknikleri ile birlikte bu rekonstrüksiyon kullanmak için çabalarin vivo MR 1,2,8,9,14,15,17,32 üzerinde omy. Bu doğrudan MR görüntüleri üzerine histolojik zemin gerçeğin bir versiyonunu haritalama için etkili bir tekniktir olmakla birlikte, bu nitelikteki rekonstrüksiyon tamamlamak zordur. Bu gibi projeler bozulmamış medial temporal lob örneklerinde, histolojik teknikler, histolojik işleme sırasında veri kaybı, sabit ve in vivo beyinleri arasındaki temel morfolojik tutarsızlıklar durumu ile sınırlıdır. Diğer gruplar, in vivo olarak elde etmek için bir çaba yüksek alan tarayıcılar (7T ya 9.4T) kullandık ya da ex bir yeterince küçük olması (0,20-0,35 mm izotropik) voksel boyutu ile in vivo ve görüntüler mekansal için kullanılan görüntü kontrastında farklılıkları lokalize görselleştirilme altbaşlıklarla 35,37 arasındaki sınırları anlaması. Hatta 7T-9.4T de ve bu tür küçük voksel boyutu ile hipokampal alt alanlardan sitoarkitektonik özellikleri görünmez. Bu nedenle, manüel bölütleme protokolleri geliştirilmiştirMR görüntülerinde bilinen histolojik sınırlarını pproximate. Bu protokoller, yerel görüntü kontrastı farklılıkları yorumlama ve görünür yapılara göre (örneğin düz çizgiler ve açılar gibi) geometrik kurallar tanımlayarak alt alan sınırları belirler. Yüksek alan gücüne çekilen görüntüler hipokampal alanlar içine ayrıntılı fikir sunabiliyoruz rağmen 7T ve 9.4T protokolleri şu anda uygulanabilirliği sınırlıdır, bu yüzden yüksek alan tarayıcıları, henüz klinik veya araştırma ortamlarında yaygın değildir. Benzer protokolleri 3T ve 4T tarayıcıları 11,20,21,23,24,25,28,33 toplanan görüntüler için geliştirilmiştir. Bu protokollerin çoğu koronal planda alt 1mm vokselleri voksel boyutlu görüntüler dayalı, ancak büyük dilim kalınlıkları (0,8-3 mm) 11,20,21,23,25,28,33 veya büyük dilim içi mesafeler sahiptir Bireysel alt alanlardan hacimlerinin tahmininde önemli bir ölçüm önyargı neden her ikisi de 20,28. Buna ek olarak, mevcut 3T protokoller çokhipokampus baş ve kuyruk 20,23,25,33 tamamı veya bir kısmı alt alanlarını dışlamak ya da önemli altyapılar (yani, CA2 / CA3 ile DG birleştirmek veya tabakalar radiatum / lacunosum / moleculare arasında dahil değildir detaylı segmentasyonlar vermeyin CA) 11,20,21,23,24,25,28,33. Güvenilir klinik ve araştırma ortamlarında yaygın olarak bulunan bir tarayıcı dayanmaktadır hipokampus baş, gövde ve kuyruk boyunca ilgili dalından belirleyebilir bir protokol ayrıntılı bilgi için alanda bir ihtiyaç duyulmaktadır. Çabaları laboratuarlar arasında hipokampal alt alan bölümleme işlemini uyumlaştırılması Hipokampal Alt Dallar Grubu (www.hippocampalsubfields.com) tarafından halen devam etmekte olup, tüm hipokampal segmentasyon 6 varolan uyum çabası ve 21 mevcut protokolleri karşılaştıran bir başlangıç kağıda benzer geçenlerde 38 yayınlandı . Bu gruptan eser daha uygun segmentasyon proce açıklamak olacakDURES.
Bu yazının güvenilir yüksek çözünürlüklü 3T MR görüntülerinde Winterburn ve arkadaşları 34 tarafından daha önce açıklanan hipokampus alt alan segmentasyon protokolünü uygulamak için ayrıntılı yazılı ve video yönergeler sağlar. Protokol bütün hipokampus için sağlıklı kontrollerin beş görüntü ve beş hipokampal alanlar (CA1, CA2 / CA3, CA4 / dentat girus, tabakalar radiatum / lacunosum / moleculare ve subiculum) üzerine uygulanmıştır. Bunlar parçalı görüntüler kamu çevrimiçi (cobralab.ca/atlases/Hippocampus) mevcuttur. Protokol ve parçalı görüntüleri MR görüntülerinde ayrıntılı hipokampal nöroanatomisini eğitim almak isteyen gruplar için yararlı olacaktır.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
Çalışma Katılımcılar
Nörolojik ve nöropsikiyatrik bozukluklar ve ağır kafa travması vakalarının özgürdü (yaş 29-57, ort 37. 3F, 2M) bu yazının protokol sağlıklı gönüllüler toplanan beş temsilci yüksek çözünürlüklü görüntüler için geliştirilmiştir. Tüm denekler Bağımlılık ve Ruh Sağlığı Merkezi'nde (CAMH) de alındı. Çalışma CAMH Araştırma Etik Kurulu tarafından onaylanmış ve Helsinki Bildirgesi doğrultusunda gerçekleştirilmiştir. Yazılı sağlanan tüm denekler, veri toplama ve paylaşımı için aydınlatılmış onam. Bu görüntüleri toplamak için kullanılan satın alma dizisi hakkında ayrıntılar için, Winterburn ve diğ., 2013 ve Park ve ark., Beş konular için 2014 26,34 Görüntüler kalite kontrol ve muhafaza edildi başvurun. Hipokampus bu görüntüleri 118 koronal dilim ortalama yayılmış.
1. Yazılım Set-up
- Açık Ekran:
2. Tüm Hippocampus Manuel Segmentasyon
- Set-up: Bir T1 ağırlıklı görüntü kullanarak, hipokampus ön-en koronal dilim ilerleyin. Anterior yönde dilimleri ilerletmek için '+' tuşunu kullanın; posterior yönde hareket ettirmek için anahtar - '' kullanın.
- Dilim B: Hipokampal Kafa 1 (Şekil 1B):
- Üstün, alt, yan, medial sınırları: Adım 2.2 anlatıldığı gibi bir rehber olarak temporal lob ve Alveus beyaz madde kullanılarak, sınırları çizmek için devam edin.
- Supero-medial sınırı: Bunun için, eksenel görünümünü kullanarak, yanal hipokampus 29 ön kenarından yatay bir çizgi çizin ve hipokampus gibi bu çizginin altına hiçbir şey içerir.NOT: supero-medial sınır hipokampusun gri cevher amigdala gri madde ile harmanlayarak bu dilimleri, daha belirsiz hale gelir.
- Dilim C: Hipokampal Başkanı 2 Dentations ile: Konuyla ilgili olarak, hipokampusun dentations 3-4 dilim görebilir olabilir (genellikle onlar T2 ağırlıklı T1 ağırlıklı görüntülerde karşı daha görünür). Bu dilim, sınır segmentasyon 12,22 rehberlik Alveus ve temporal lobun beyaz maddeyi kullanmaya devam edin. Daha fazla bilgi için, aşağıdaki adımları izleyin 2.5.1-2.5.2.
- Dilim D: Hipokampal Kafa 3:
- Üstün, alt, yan, medial sınırları: at, dentations eğrisi takip, temporal lob lateral ventrikül, üst sınırın alt boynuz lateral sınırının beyaz cevherde de hipokampusun alt sınır çizin alveus / fimbrial beyaz cevher ve hipointens Regio de medial sınırıOrtam sarnıç 12,22 n.
- Supero-medial ve infero-medial sınırları: Adım 2.3.2 de açıklandığı gibi supero-medial sınırını tanımlamak için devam edin. Hipokampus hafifçe incelir ve entorinal korteks 12,22 arasında hafif hiperintens gri madde içine uzanan medial sınırın alt kısmını çizin.
- Dilim E: uncus ile Hipokampal Başkanı 4: 2.5.1-2.5.2 adımlarda açıklanan, alt lateral ve üstün sınırları çizmek için devam edin. Hipokampal (hipokampüsün ana gövdeye madalya bulunur ve düşük yoğunluklu CSF ile çevrelenmiştir) uncus 12,2 2 bölümleme içerir.
- Dilim F: Hipokampal Gövde: 2.5.1-2.5.2 adımlarda açıklanan, alt lateral, medial ve üstün sınırları çizmek için devam edin. Hipokampus o entorinal korteks / para-hipokampal girus 12,22 ile geçişler olarak incelir noktada infero-medial sınırını çizin.Segmentasyon körelmiş hipokampal sulkus düşük yoğunluklu CSF dahil etmeyin.
- Dilim G: Hipokampal Kuyruk 1: forniksin crus ilk görünür olduğunda hipokampal kuyruk tipi dilimleri segmentlere başlayın. Daha fazla ön dilimleri 12,22 hipokampal kuyruk içine fasikül girus şeklini ekstrapolasyonuyla segmentasyon fasikül girus (hipokampal kuyruk bölgelerinde hipokampus ile harmanlayarak bir gri cevher yapısı) hariç. Bu ekstrapolasyon iki yapı doğru ayırt olamaz bundan sonra 2-3 dilim için mümkündür; Bu noktada, hipokampus gibi bu alandaki tüm görünür gri madde davranın.
- Dilim H: Hipokampal Tail 2: Segment çevreleyen yüksek yoğunluklu beyaz maddeden posterior hipokampal kuyruğu düşük yoğunluklu gri madde.
- Dilim I: Posterior-En Dilim: Segment hipokampal gri maddenin küçük kalan alanındantemporal lobun çevreleyen beyaz madde.
3. Hipokampal alt alan Manuel Segmentasyon
- Set-up: Bir T2 ağırlıklı görüntü kullanarak, (adım 2.1 gibi) hipokampusun anterior-en koronal dilim ilerleyin. Fırça rengini değiştirmek için, D (Set navigasyon penceresindeki bölümleme menüsünde :) LBL boyayın. "Geçerli boya etiketini girin:" komut terminali isteyecektir. Her sayı farklı bir etiket rengine karşılık 1 ila 255 bir numara girin.
- Dilim A: Ön-En Dilim: alt alan bölümler ön-çoğu dilim henüz görünür olduğundan, içine (mutlaka kardinal eksenlerin herhangi paralel değildir) en uzun görünür ekseni boyunca görülebilir hipokampal gri madde bölen bir çizgi çizin iki eşit bölümler gerçek anatomi 12,22 yaklaştığı. CA1 olarak bu iki bölümden üstün ve choosi tarafından subiculum olarak alt bölümü EtiketHer subfield 23,35 için farklı renkte etiket ng.
- Dilim B: Hipokampal Başkanı 1: SR / SL / SM 13,37 olarak hipokampal oluşumun ortasında düşük yoğunluklu alan etiketleyin. Hipokampus alt kenarı boyunca viraj açık olduğunda, CA1 12,22 den subiculum ayıran yanal sınır olarak bu dönüm kullanın. Supero-medial ucunda 37 CA1-subiculum sınırını çizmek için hipokampus uzun ekseni takip etmeye devam edin.
- Dilim C: Dentations ile hipokampus Kafa 2:
- SR / S / SM, CA4 / DG ve subiculum SR / S / SM, CA4 / DG ve dilim D için tarif edildiği gibi subiculum (adım 3.5.1) etiketleyin.
- CA2 / CA3 ve CA1: SR / SL / SM 12,22 en supero lateral kenarından supero-yanal yönde uzanan bir 45º açı hattı olarak CA1 ve CA2 / CA3 arasındaki sınırı tanımlar. Denta arasındaki çukur üstün kenarı boyunca mediale CA2 / KF3 uzatınleri 12,22. CA1 12,22 üstün kenar kalanını Etiket.
- Dilim D: Hipokampal Başkanı 3
- SR / SL / SM, CA4 / DG ve subiculum: CA1 37 eğrisini takip edecek olan, ilk karanlık SR / SL / SM bandı etiketleyin. SR / CA4 / DG 12,22,23,35,37 olarak SL / SM içinde herhangi bir yüksek yoğunluklu gri madde etiketleyin. Bu durum, Şekil 2C'deki şekilde, sürekli bir bölge olabilir. Alt hipokampus 12,22 yılında viraj kullanarak subiculum-CA1 sınırını tanımlamak için devam edin.
- CA2 / CA3 ve CA1: Adım 3.4.2 olarak CA1 ve CA2 / CA3 sınırını tanımlamak için devam edin. Hipokampus 12,22 üstün kenarı boyunca mediale yarıya CA2 / KF3 uzatın ve CA1 12,22 üstün kenarın diğer yarısını etiket.
- Supero-medial hipokampal başkanı: Bu dilim olarak ikiye dikey supero-medial hipokampal kafa bölün. SR / SL / SM 12 olarak medial yarısı etiketleyin. Yanal Bölyarısında yarım yine bu sefer yatay. CA4 / DG üstün bölümü ve CA2 / CA3 12 olarak alt kısmını etiketleyin.
- Dilim E: uncus ile Hipokampal Başkanı 4
- Yanal hipokampal kafası (subiculum): bu dilimlerin yan kısmında, / DG 12,22 KF4 en medial kenarından aşağı yönde uzanan dikey bir çizgi olarak subiculum-CA1 sınırını tanımlar.
- Yanal hipokampal kafa (CA1, CA2 / CA3, CA4 / DG, SR / SL / SM.): Adım 3.4.2 ile aynı şekilde CA1-CA2 / CA3 sınır tanımlayın. CA bölgelerin eğri aşağıdaki düşük yoğunluklu bölge olarak SR / SL / SM etiketlemek devam edin. Adım 3.5.1 deki gibi, SR / SL / SM içindeki merkez boşluğunun olarak CA4 / DG etiketleyin.
- Uncal hipokampal kafa (SR / SL / SM): hipokampal vücuda hipokampal baş geçişler yaklaşık olarak 10 dilim için hipokampus uncus etiketleyin. Uncus olarak, (SR / SL / SM olarak merkezi düşük yoğunluklu bölge etiketBunu görmek zor olduğunda, uncus merkezi) 12 kadar 2-3 vokselden genişliğinde bir çizgi segmentlere göre anatomisini yaklaşmaktadır.
- Uncal hipokampal kafa (CA2 / CA3, CA4 / DG): uncus ve infero-yanal / supero-medial ekseni boyunca SR / SL / SM bölümünün üstün kenarında bir çizgi çizin. CA2 / CA3 12 olarak bu hat üzerindeki tüm gri madde etiketleyin. CA4 / DG 12 olarak (SR / SL / SM her iki tarafında) bu çizginin altında herhangi etiketsiz gri madde etiketleyin.
- Dilim F: Hipokampal Gövde: Adım 3.6.1-3.6.2 açıklanan sınırları uygulamak için devam edin.
- Dilim G: Hipokampal Kuyruk 1: Adım 3.6.1-3.6.2 açıklanan kuralları uygulamak için devam edin. Subiculum-CA1 sınır CA4 / DG 12,22 medial kenarından infero-medial yönde uzanan bir 45 ° açı hattı olur.
- Dilim H: Hipokampal Tail 2: fasikül girus artık hipokampal Formatio ayırt edilebilir bir kezn, CA1, bu kadar SR / SL içinde düşük yoğunluklu alanı olarak tüm dış katmanı etiket / (önceki dilimleri gibi) SM ve CA4 / DG 12,22 olarak ortada kalan gri madde.
- Dilim I: Posterior-En Dilim: koyu SR / SL kez / SM CA1 12,22 olarak tüm yapıyı etiket, hipokampal formasyon merkezinde artık görülebilir.
4. Protokol Güvenilirlik
- Orijinal segmentasyon yapmadan yaklaşık bir ay bekledikten sonra sağ ya da her konunun sol hipokampus ya tekrar segment- leyin. Segment olarak sürekli mümkün olduğu gibi protokol kurallarını takip etmeye çalışıyorum hipokampus tüm ön-arka uzunluğu boyunca alt alanlardan tüm.
- Özgün ve resegmented hacimleri arasında Dice en kappa hesaplayın:
k = Dice kappa ve A ve B etiket hacimleri nerede.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
. Protokol güvenilirlik testi sonuçları Tablo 2'de özetlenmiştir bütün ikili hipokampus için, mekansal örtüşme ortalama Dice en kappa ile ölçülen 0.91 ve 0.90 arasında değişmektedir - 0.92. Alt alan Kappa değerleri 0.64 (CA2 / CA3) den 0.83 (CA4 / dentat girus) arasında değişir. Tüm altbaşlıklarla ve bütün hipokampus ortalama hacimleri Tablo 3'de rapor edilmektedir. Bütün hipokampus aralığı için Ciltler 2.456,72-3325,02 mm 3 den. CA1 857,46 mm 3'te büyük ise CA2 / CA3, 208,33 mm 3'te küçük disiplinidir.
Şekil T1 ağırlıklı görüntüleri kullanarak 9 koronal dilimleri (AI) için tüm hipokampus 1. Segmentasyon. Hipokampal yüzeyinde dikey kırmızı çizgiler her koronal dilim konumunu göstermektedir. Hipokampus bir a mevcuttuBeş konuların her 118 koronal dilim verage bu çalışmaya dahil. Görüntüler altındaki posterior üst (dilim 118) de ön (dilim 1) ilerleme. Görüntüler segmentasyon olmadan ve sağ sütundaki segmentasyon ile sol sütunda gösterilmiştir. Ölçek çubuğu başvuru için 3 mm gösterir. Romen rakamları protokol yazının tanımlanan belirli özelliklerine işaret etmektedir. ben. Alveus ön-çoğu dilim amigdala gri maddeden hipokampal gri maddeyi ayırır. ii. Temporal lobun ak madde hipokampus baş hipokampusun alt sınırını tanımlar. iii. Hipokampus baş hipokampusun yanal sınır lateral ventrikül alt boynuz olduğunu. iv. Üstün sınır alveus / fimbrial beyaz cevher ile tanımlanır. v. hipokampal başının medial sınırı ortam sarnıç olduğunu. vi. Infero-medial hipokampus hafif hiper-yoğun olarak gösterir entorhinal korteks, içine uzanırT1 ağırlıklı görüntülerde grup. vii. Hipokampus uncus hipokampus baş içinde mevcut olan ve kolayca çevredeki CSF ayırt edilebilir. viii. Infero-medial doğrultuda subiculum ve para-hipokampal girus arasındaki sınır hipokampal gri madde hafif incelme ile tanımlanır. ix. Körelmiş hipokampal sulkus BOS segmentasyonu dahil değildir. x. Bunu ayırt etmek mümkün olduğunda fasikül girus hipokampal kuyruk segmentasyon dahil değildir. xi. Artık fasikül girus ve hipokampus kuyruk ayırt etmek mümkün olduğunda, fasiküler girus segmentasyon dahil edilir. Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.
Şekil 2. ST2 ağırlıklı görüntüleri kullanarak 9 koronal dilimleri (AI) için hipokampal alt alanlardan egmentation. hipokampus yüzeyinde dikey kırmızı çizgiler her koronal dilim konumunu göstermektedir. Hipokampus çalışmaya dahil, beş deneğin her 118 koronal kesitler ortalama mevcuttu. Görüntüler altındaki posterior üst (dilim 118) de ön (dilim 1) ilerleme. Görüntüler segmentasyon olmadan ve sağ sütundaki segmentasyon ile sol sütunda gösterilmiştir. Ölçek çubuğu başvuru için 3 mm gösterir. Romen rakamları protokol yazının tanımlanan belirli özelliklerine işaret etmektedir. ben. Hipokampus baş merkezinde düşük yoğunluklu bölge SR / SL / SM olduğunu. ii. Hipokampus infero lateral kenarında uncal şeklinde bend CA1 ve subiculum arasındaki sınırı işaretler. iii. Subiculum-CA1 sınır hipokampal kafasında aşağı hipokampus 'bend' tanımlanmış devam ediyor. iv. CA1 ve arasındaki sınırCA2 / CA3 SR / S / SM en supero yanal kenarından supero-yanal bir doğrultuda uzanan bir 45 ° açı olarak tanımlanır. v. CA2 / CA3 dentations bir çukur, yarım hipokampus üstün kenarı boyunca uzanan, medial hangi CA1 olarak etiketlenmiş için. vi. Hipokampus baş merkezinde gri madde CA4 / DG olarak etiketlenmiş. vii. SR / S / SM en supero yanal kenarından supero-yanal bir doğrultuda uzanan bir 45 ° açı CA1-CA2 / CA3 sınır belirtmek için devam edin. viii. CA2 / CA3 hipokampus üstün kenarı boyunca yarım genişletmeye devam medial hangi CA1 olarak etiketlenmiş için. ix. Dilim D'de, supero-medial hipokampal kafa altbaşlıklarla (adım 3.5.3 bakınız) ayrılmıştır. x. Subiculum-CA1 sınır CA4 / DG en medial sınırına uzanan dikey bir çizgi olarak tanımlanır. xi. SR / SL / SM, CA bölgelerin eğrisi aşağıdaki düşük yoğunluklu bölge olmaya devam ediyor. xii. Hipokampal kafasının uncal kısmında,SR / SL / SM uncus merkezinde düşük yoğunluklu bölgedir. Bu görülemez ise, uncus ortasına kadar 2-3 piksel genişliğinde bir çizgi çizin. Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.
Tablo 1. Üstün, alt, orta ve hipokampus. Sınırlar ön-arka uzunluğu boyunca dokuz temsilci dilimleri için hipokampal alanlar için yan sınırları T2 ağırlıklı görüntüler için tarif edilmiştir. WM = Beyaz Matter; GM = Grey Matter; MTL = Medial Temporal Lob.
| Yapı | Dilim | Üstün Sınır | İnferior Sınır | Medial Sınır | Yanal Sınır | CA1 | Ön-En Dilim | Alveus WM | Hipokampal gri cevher orta hat boyunca uzun eksen (sınırlar subiculum) | Alveus WM | Alveus WM |
| Hipokampal Başkanı 1 | Alveus WM | SR / SL / SM; hipokampus 'bend' de subiculum ile inferolateral sınır | Alveus WM | Alveus WM | |
| (Dentations ile) Hipokampal Başkanı 2 | |||||
| Yanal | SR / SL / SM eğrisini takip eder; CA2 / CA3 ile supero-yanal sınır | MTL WM | SR / SL / SM; hipokampus 'bend' de subiculum ile inferomedial | Alveus WM | |
| Orta | Alveus WM; CA2 / CA3 ile supero-medial sınırı | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM | Düşük-intensity SR / SL / SM | CA2 / CA3 | |
| Hipokampal Başkanı 3 | |||||
| Yanal | SR / SL / SM eğrisini takip eder; CA2 / CA3 ile supero-yanal sınır | MTL WM | SR / SL / SM; hipokampus 'bend' de subiculum ile inferomedial | Alveus WM | |
| Orta | Alveus WM; CA2 / CA3 ile supero-medial sınırı | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM | CA2 / CA3 | |
| (Uncus ile) Hipokampal Başkanı 4 | SR / SL / SM eğrisini takip eder; CA2 / CA3 ile supero-yanal sınır | MTL WM | SR / SL / SM; CA4 / DG medial kenarı boyunca subiculum dikey çizgiyle inferomedial sınır | Alveus WM | |
| Hipokampal Vücut | SR / SL / SM eğrisini takip eder; supero lateral sınır zekâh CA2 / CA3 | MTL WM | SR / SL / SM; CA4 / DG medial kenarı boyunca subiculum dikey çizgiyle inferomedial sınır | Alveus WM | |
| Hipokampal Kuyruk 1 | SR / SL / SM; CA2 / CA3 ile superolateral sınır | MTL WM | SR / SL / SM eğrisini takip eder; CA4 / DG kenarına çizgisi paralel boyunca subiculum ile supero-medial sınırı | Alveus WM | |
| Hipokampal Tail 2 | Alveus / fimbrial WM Supero-yanal sınır | MTL WM | MTL WM | MTL WM | |
| Posterior-En Dilim | Alveus / fimbrial WM Supero-yanal sınır | Yapının geri kalanı temporal lobun WM ile sınırlanmıştır | MTL WM | Alveus / fimbrial WM | |
| Subiculum | Ön-En Dilim | Suaygırı Mid-lineCampal gri madde, birlikte uzun eksen (CA1 sınırları) | MTL WM | Alveus WM | Alveus WM |
| Hipokampal Başkanı 1 | SR / SL / SM; Supero-medial kenarında CA1 | MTL WM | Alveus WM | Hipokampus 'bend' de CA1, | |
| (Dentations ile) Hipokampal Başkanı 2 | SR / SL / SM | MTL WM | Entorinal korteks (alt hipokampus düşük yoğunluklu alan medial) | Hipokampus 'bend' de CA1, | |
| Hipokampal Başkanı 3 | SR / SL / SM | MTL WM | Entorinal korteks (alt hipokampus düşük yoğunluklu alan medial) | Hipokampus 'bend' de CA1, | |
| (Uncus ile) Hipokampal Başkanı 4 | Ortam sarnıcın BOS | MTL WM; entorinal kortekste infero-medial sınır kortikal bant SLI incelirghtly ve sinyal yoğunluğu düşer | Ortam sarnıcın BOS | CA4 / DG kenarına çizgisi paralel boyunca CA1 | |
| Hipokampal Vücut | Ortam sarnıcın BOS | MTL WM; kortikal bant ve yoğunluk damla sinyal hafifçe incelir entorinal kortekste infero-medial sınırı | Ortam sarnıcın BOS | CA4 / DG kenarına çizgisi paralel boyunca CA1 | |
| Hipokampal Kuyruk 1 | (Hipokamp GM ayrılabilir) fasikül girusun GM | MTL WM | Belirlemek zordur; Daha fazla ön / arka dilimleri tahmin | CA4 / DG kenarına çizgisi paralel boyunca CA1 | |
| Hipokampal Tail 2 | NA | ||||
| Posterior-En Dilim | NA | ||||
| CA2 / CA3 | Ön-En Dilim | NA | NA | ||
| (Dentations ile) Hipokampal Başkanı 2 | |||||
| Yanal | Alveus WM | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM | Yarım hipokampus üstün kenarı boyunca CA1; dentations görünür eğer, yarım tahmin deneyin | SR / SL / SM en supero lateral kenarından 45 ° açı boyunca CA1 ile infero-yanal sınır | |
| Orta | Yarıya hipokampus superiorinferior uzantısı boyunca CA4 / DG | Hipokampus ast-üst uzatma dibinde CA1 | SR / SL / SM yarıya hipokampus ast-üst uzantısı genişliği boyunca | Alveus WM | |
| Hipokampal Başkanı 3 | |||||
| Yanal | Alveus WM | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM | CA1 yarıya boyuncahipokampus üstün kenar | SR / SL / SM en supero lateral kenarından 45 ° açı boyunca CA1 ile infero-yanal sınır | |
| Orta | Yarıya hipokampus superiorinferior uzantısı boyunca CA4 / DG | Hipokampus ast-üst uzatma dibinde CA1 | SR / SL / SM yarıya hipokampus ast-üst uzantısı genişliği boyunca | Alveus WM | |
| (Uncus ile) Hipokampal Başkanı 4 | |||||
| Yanal | Alveus WM | CA4 / DG | Ortam sarnıcın BOS | SR / SL / SM en supero lateral kenarından 45 ° açı boyunca CA1 ile infero-yanal sınır | |
| Orta | Ortam sarnıcın BOS | SR / SL / SM üstün kenarına paralel hat | Ortam sarnıcın BOS | Ortam sarnıcın BOS | |
| Hippocampal Vücut | Alveus WM | CA4 / DG | Ortam sarnıcın BOS | SR / SL / SM en supero lateral kenarından 45 ° açı boyunca CA1 ile infero-yanal sınır | |
| Hipokampal Kuyruk 1 | Alveus WM | Daha fazla ön dilim desen aşağıdaki SR / SL / SM en lateral noktası uzanan İnferior sınır yatay çizgi; CA4 / DG ile inferomedial sınır | Fimbrial WM | Fimbrial WM | |
| Hipokampal Tail 2 | NA | ||||
| Posterior-En Dilim | NA | ||||
| CA4 / DG | Ön-En Dilim | NA | |||
| Hipokampal Başkanı 1 | NA | ||||
| (Dentations ile) Hipokampal Başkanı 2 | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM eğrisini izler | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM | Ortam sarnıcın BOS | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM | |
| Yanal | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM | Ortam sarnıcın BOS | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM | |
| Orta | Yanal hipokampus ön kenarından medial yatay bir çizgi çizmek için eksenel görünümünü kullanın | Yarıya hipokampus superiorinferior uzantısı boyunca CA2 / CA3 | SR / SL / SM yarıya hipokampus ast-üst uzantısı genişliği boyunca | Alveus WM | |
| Hipokampal Başkanı 3 | |||||
| Yanal | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM | Ortam sarnıcın BOS | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM | |
| Orta | Ortam sarnıcın BOS | Yarıya hippoca arasında superiorinferior uzantısı boyunca CA2 / CA3mpus | SR / SL / SM yarıya hipokampus ast-üst uzantısı genişliği boyunca | Alveus WM | |
| (Uncus ile) Hipokampal Başkanı 4 | |||||
| Yanal | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM | Ortam sarnıcın BOS | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM | |
| Orta | SR / SL / SM üstün kenarına paralel hat | Ortam sarnıcın BOS | Ortam sarnıcın CSF; lowintensity SR / SL / SM | Ortam sarnıcın CSF; düşük yoğunluklu SR / SL / SM | |
| Hipokampal Vücut | CA2 / CA3 | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM | Ortam sarnıcın BOS | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM | |
| Hipokampal Kuyruk 1 | CA2 / CA3 ve fimbria | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM | Lateral ventrikül BOS | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM | |
| Hipokampal Tail 2 | NA | ||||
| Posterior-En Dilim | NA | ||||
| SR / SL / SM | Ön-en dilim | NA | |||
| Hipokampal Başkanı 1 | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM CA1 ve subiculum merkezinde | ||||
| (Dentations ile) Hipokampal Başkanı 2 | Yanal hipokampus ön kenarından medial yatay bir çizgi çizmek için eksenel görünümünü kullanın | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM CA4 / DG çevreleyen | Ortam sarnıcın BOS | Yarım hipokampus ast-üst uzantısı genişliği boyunca CA2 / CA3 ve CA4 / DG | |
| Hipokampal Başkanı 3 | Yanal hipokampus ön kenarından medial yatay bir çizgi çizmek için eksenel görünümünü kullanın | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM CA4 / DG çevreleyen | Ortam sarnıcın BOS Yarım hipokampus ast-üst uzantısı genişliği boyunca CA2 / CA3 ve CA4 / DG | ||
| (Uncus ile) Hipokampal Başkanı 4 | |||||
| Yanal | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM CA4 / DG çevreleyen | ||||
| Orta | Düşük yoğunluklu SR / SL / Smin orta (görmek zor, 203 vokseller genişliğinde bir çizgi ile yaklaşık) | Ortam sarnıcın BOS | CA4 / DG | CA4 / DG | |
| Hipokampal Vücut | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM CA4 / DG çevreleyen | ||||
| Hipokampal Kuyruk 1 | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM CA4 / DG çevreleyen | ||||
| Hipokampal Tail 2 | Düşük yoğunluklu SR / SL / SM CA4 / DG çevreleyen | ||||
| Posterior-En Dilim | NA | ||||
fo:. keep-ile-previous.within sayfa = "always"> Masa beş altbaşlıklarla ve beş el parçalı konulardan bütün hipokampus 2. Protokol güvenilirlik sonuçları Resegmentations gerçekleştirilmiştir doğru ya da her konunun sol hipokampus ya. Zar kappa beş konular arasında ortalama yansıtır anlamına gelir.
| Yapı | Zar Kappa (aralık) ortalama |
| CA1 | 0,78 (0,77-0,79) |
| CA2 / CA3 | 0,64 (0,56-0,73) |
| CA4 / dentat girus | 0,83 (0,81-0,85) |
| SR / SL / SM | 0.71 (0,68-0,73) |
| Subiculum | 0,75 (0,72-0,78) |
| Tüm hipokampus | 0,91 (0,90-0,92) |
Tablo 3. Ortalama alt alan ve bütün hipokampal hacim.
| Yapı | Sesi (aralık) ortalama (mm 3) |
| CA1 | 857,46 (720,17-981,68) |
| CA2 / CA3 | 208,33 (155,10-281,57) |
| CA4 / dentat girus | 615,50 (500,16-763,01) |
| SR / SL / SM | 687,22 (576,61-895,59) |
| Subiculum | 390,79 (277,21-445,95) |
| Tüm hipokampus | 2759,31 (2456,72-3325,02) |
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
MR görüntülerinde Hipokampal alt alan segmentasyonu literatürde iyi temsil edilmektedir. Ancak mevcut protokoller hipokampus 20,23,33,35 bölümlerini hariç, sabit görüntülerin 37 için geçerlidir, ya da görüntü elde 35,37 ultra-yüksek alan tarayıcıları gerektirir. Bu yazının hipokampus beş ana alt bölümleri (CA1, CA2 / CA3, CA4 / dentat girus, SR / SL / SM ve subiculum) içerir ve yapının tüm ön-arka uzunluğu yayılan bir segmentasyon protokolü sunuyor. Tam parçalı atlaslar kamu çevrimiçi (cobralab.ca/atlases/Hippocampus) mevcuttur. Bu çalışma beyin görüntüleme alanında çok gruba uygulanabilir ve hipokampal alt alan segmentasyon mevcut tutarsızlıklar bazı sınırlamak için yardımcı olacaktır.
Protokol Güvenilirlik testi yüksek tek hakem güvenilirliği yansıtan özgün ve resegmented etiketler arasındaki mekansal örtüşme, yüksek derecede (gösterirTablo 2). Bütün hipokampus için 0.91 A kappa değeri literatürde 35,37 bildirilmiştir diğer değerlerle olumlu karşılaştırır. Alt alanlardan birçok tek hakem güvenirliği da diğer benzer segmentasyon protokolleri ile karşılaştırmak; ancak, bazı yapıların alt güvenirlikleri 25,33,35,37 .Bu CA1 komşu altbaşlıklarla sonuçlanan diğer gruplar yok Mevcut protokolde, SR / SL / SM disiplinini (subiculum de dahil olmak üzere bir sonucu olabilir var, ve CA2 / CA3) ince olma, ve bu nedenle daha ağır Dice kappa metrik 33,35 ile cezalandırılır. Ayrıca, bu protokolde kullanılan tekrar test süreci belki daha titiz ve diğer gruplar tarafından kullanılan daha gerçek protokol güvenilirliği dolayısıyla daha yansıtıcı olduğunu. Her konunun bir yarımkürede tüm ön-arka uzunluğu daha yüksek güvenirliği segmentinde sadece birkaç koronal dilim 23,33,37 hayranlarıyla alt alan ile birlikte diğer gruplar ise, resegmented edildidüşük kappa (0,64) küçük, ince bir yapı CA2 / CA3 vardır. Daha önce bu protokoldeki tüm altbaşlıklarla için tek hakem hatası her kardinal yönünde bir simüle 0.3 mm öteleme hatası, ya da etiket 34 simüle% 1 genişleme / büzülme daha yüksek olduğu görülmüştür. Diğer bir deyişle, el resegmentation hatası protokolü yüksek el tekrarlanabilirlik destekleyen bir küçük sistemli hata sokulması daha küçüktür.
Detaylı beş yüksek çözünürlüklü görüntülerin her çalışılan uzman manuel değerlendirici 12 görülebiliyordu Duvernoy histoloji mevcut alt alanlardan belirlemek için. Bu güvenilir böylece tek bir yapı halinde bir araya getirilmiş, protokol güvenilirliğini artırmak için, CA3 Ca2 ayırt etmek mümkün değildir olduğu tespit edilmiştir. Bu kural, önceki grupların 33,37 emsal izler. Bu stratum moleculare gelen CA4 ayırt etmek de mümkün değildiveya stratum granulosum ve görüntülerde kıvrımlarının polimorfik tabakası, dentat girus katmanları kendi aralarında ayırt etmek. CA4 ve dentat girus tabakalar bu nedenle bir etiket (CA4 / DG) kombine edilmiştir. Orada, aslında, CA4 bölgesi Duvernoy 12 veya dentat girusun bir parçası olarak Amaral 3 gibi gibi cornu Ammonis bir parçası olarak kabul edilebilir olup olmadığını olarak hipokampüse ait alt alan bölütleme eden bir tartışma. Bu yazıda sunulan yöntem, bu görüşlerin her ikisi de barındırır ve önceki MR segmentasyon gruplarının 23,28,33,35,37 çalışmalarını izler. Ayrı olarak ayırt edilemeyen cornu Ammonis tabakaları radiatum, lacunosum ve moleculare, böylece önceki grupları 37 ile olduğu gibi, bir etiket halinde bir araya getirilmiştir.
Nöroanatomi en doğru analizi histolojik kesit ve boyanması yoluyla, ancak analiz bu tip konularda bir dizi muzdarip: Limi(çok küçük örneklem büyüklüğü ile sonuçlanır) sabit örnekleriyle ted erişim; örnekleri hazırlamak için gerekli uzmanlık; tespit sonrasında beyin bozulmalar; ve in vivo verileri 1,2,8 olarak, dijital sabit atlası uygulayarak zorluklar. Ex vivo görüntülemede, bir MR tarayıcı sabit bir beynin uzun satın alma süreleri de nöroanatomi ayrıntılı bir resim sağlar, ancak histoloji gibi, örneklem sayısı sınırlı olup sabit ve in vivo beyinde 37. In vivo MR arasındaki morfometrik farklılıklar vardır görüntüleme sınırlı çözünürlüğe sahiptir, ancak çok daha büyük örneklem büyüklükleri olasılığını yanı sıra birden fazla zaman noktalarında tek bir konuyu görüntüleme potansiyelini sunuyor. (Konu konfor sınırları içinde), standart alan gücü tarayıcılar üzerinde satın alma süresini uzatarak, in vivo görüntülerde mevcut detay seviyesi alt yapı düzeyinde nöroanatomisini çözmek için yeterli olur. Ve görüntüler seg için kullanılan alıcıBu protokolde iliştirilmemiş nedenle örnek kullanılabilirliği ve görüntü çözünürlüğü arasında makul bir trade-off vardır.
Bu protokol, bu yazının 26,34 protokol adımlarını göstermektedir için kullanılanlar gibi yüksek çözünürlüklü MR görüntüleri için geliştirilmiştir. Yüksek çözünürlüklü görüntüler uzun tarama süreleri ve görüntü ortalamasından yararlanarak bir 3T tarayıcı üzerinde elde edilmiştir. FSPGR-BRAVO ve FSE-CUBE satın almalar her ikisi için toplam tarama süresi birlikte sadece 2 saat altındaydı. Bu dizi bölütleme protokolü için açıklama amacıyla burada gerçekleştirildi: Bu klinik uygulamalar için engelleyici bir tarama uzunlukta olduğu kabul edilmektedir. Yazarlar. Her kontrast türü için 3 satın almalar aksine Winterburn ve arkadaşları tarafından kullanıldığı gibi, bu yazıda anlatılan segmentasyon protokolü (örneğin, daha kısa tarama süresi ile görüntüleri tek bir 3T satın adapte olabilir inanıyoruz, 2013 34 ve Park ve ark., 2014 26 7,27 kullanarak düşük çözünürlüklü görüntülere uygulanabilir göstermek olmuştur.
Protokolü (elle veya otomatik bir segmentasyon boru hattı 7,16,27 kullanarak) Alzheimer hastalığı hasta olarak hastalıklı popülasyonlarının görüntüleri için tasarlanmış ve sağlıklı kişilerde görüntüleri uygulanan, ama aynı zamanda uygulanabilir oldu, kimler için şiddetli atrofi yapar Özellikle yapısını hipokampusFaiz. 5,30 Bu atrofi rağmen, görüntülerdeki hipokampus ve yoğunluk kontrastı çevreleyen görülecek segmentasyon protokolü hala büyük ölçüde geçerli olacaktır anlamına gelecektir. Ancak, bu tür klinik görüntüler muhtemelen böyle bir çözünürlük altyapıyı görmek mümkün olamayacak kadar düşük olacaktır 1.5T, gibi çok daha düşük bir saha gücüne sahip bir tarayıcıya kazanılmış olacaktır.
Birden çok bakış açısı (yani, koronal, sagital, eksenel) yapının bakmak edebilmek için önemli olduğu segmentasyonlar gerçekleştirmek için kullanılan yazılım türü, anlamlıdır. Buna ek olarak, yapının yüzeyinin bir 3 boyutlu görüntü kullanımı hipokampus genel topoloji düzeltmek için kullanılabilir. Genellikle hatalı vokseller veya mantıksız şekiller 2-dimensionsal kardinal düzlemlerde açık olmayacak, ama bir 3D yüzey üzerinde çok açık olacak. Yüksek çözünürlüklü görüntülerde, protokol yaklaşık 118 koronal dilimleri için geçerlidir ve wo 40 saat yukarı gerektirirÖnceden eğitimli uzman manuel değerlendirici tarafından konu başına rk. El emeği Bu miktar büyük bir konu setine tam protokolün uygulanabilirliğini kısıtlamaktadır. Bu bir zaman tasarrufu tedbir olarak protokolün değiştirilmiş bir sürümünü uygulamak mümkün olacaktır: Örneğin, her koronal dilim alt alan hacimlerinin tahmini sağlamak için parçalı olabilir, ya da alt alanlar kombine edilebilir, örneğin tüm cornu (dalından ammonis CA1, CA2 / CA3 ve SR / SL / SM).
Sonuç olarak, bu el yazması bir bütün hipokampus ayrıntılı manuel segmentasyon protokolü ve beş hipokampal dalından (CA1, CA2 / CA3, CA4 / dentat girus, tabakalar radiatum / lacunosum / moleculare ve subiculum) sunar. Bu protokol, beş deneklere tatbik edilmiştir, ve atlas (cobralab.ca/atlases/Hippocampus) kamuya açık yapılmıştır. Bu atlaslar üzerinde hipokampal alanlar güvenilir, tekrarlanabilir segmentasyonlar gerçekleştirmek için hipokampal segmentasyon ilgilenen diğer laboratuvarlar izinYeni görüntü veri setleri.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Acknowledgments
Yazarlar, CAMH Vakfı destek kabul etmek Michael ve Sonja Koerner, Kimel Aile ve Paul E. Garfinkel Yeni Araştırmacı Ödülü Catalyst sayesinde istiyorum. Bu proje Fonds de Recherches Santé Québec, Kanada Sağlık Araştırma Enstitüleri (CIHR), Doğa Bilimleri ve Kanada'nın, Weston Beyin Enstitüsü, Kanada Alzheimer Derneği Mühendislik Araştırma Konseyi ve Micheal J. Fox Vakfı tarafından finanse edildi Parkinson Araştırma (MMC), yanı sıra CIHR, Ontario Ruh Sağlığı Vakfı, NARSAD ve Ulusal Akıl Sağlığı Enstitüsü (R01MH099167) (ANV) için. Yazarlar ayrıca görüntüleri elde yardım için Anusha Ravichandran teşekkür etmek istiyorum.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Discovery MR750 3T | GE | Or equivalent 3T scanner | |
| Minc Tool Kit | McConnell Brain Imaging Center, Montreal Neurological Institute | Open source: http://www.bic.mni.mcgill.ca/ServicesSoftware/ServicesSoftwareMincToolKit |
References
- Adler, D. H., et al. Reconstruction of the human hippocampus in 3D from histology and high-resolution ex-vivo MRI. IEEE Intl. Symp. on Biomed. Img. , 294-297 (2012).
- Adler, D. H., et al. Histology-derived volumetric annotation of the human hippocampal subfields in postmortem MRI. NeuroImage. 84 (1), 505-523 (2014).
- Amaral, D. G. A golgi study of cell types in the hilar region of the hippocampus in the rat. J. Comp. Neurol. 182 (4 Pt 2), 851-914 (1978).
- Blumberg, H. P., et al. Amygdala and Hippocampal Volumes in Adolescents and Adults With Bipolar Disorder. Arch Gen Psychiatry. 60 (12), 1201-1208 (2003).
- Braak, H., Braak, E.
- Boccardi, M., et al. Survey of protocols for the manual segmentation of the hippocampus: preparatory steps towards a joint EADC-ADNI harmonized protocol. J. Alzheimer's Dis. 26 (3), 61-75 (2011).
- Chakravarty, M. M., et al. Performing label-fusion-based segmentation using multiple automatically generated templates. Hum. Brain Mapp. 34 (10), 2635-2654 (2013).
- Chakravarty, M. M., Bertrand, G., Hodge, C. P., Sadikot, A. F., Collins, D. L. The creation of a brain atlas for image guided neurosurgery using serial histological data. NeuroImage. 30 (2), 359-376 (2006).
- Collins, D. L., Neelin, P., Peters, T. M., Evans, A. C. Automatic 3D intersubject registration of MR volumetric data in standardized Talairach space. J. Comput. Assist. Tomogr. 18 (2), 192-205 (1994).
- Heijer, F. V., et al. Structural and diffusion MRI measures of the hippocampus and memory performance. NeuroImage. 63 (4), 1782-1789 (2012).
- Duncan, K., Tompary, A., Davachi, L. Associative encoding and retrieval are predicted by functional connectivity in distinct hippocampal area ca1 pathways. The Journal of Neuroscience. 34 (34), 11188-11198 (2014).
- Duvernoy, H. M. The Human Hippocampus: Functional Anatomy Vascularization, and Serial Sections with MRI. , Springer Verlag. (2005).
- Fatterpekar, G. M., et al. Cytoarchitecture of the human cerebral cortex: MR microscopy of excised specimens at 9.4 Tesla. Am. J. Neuroradiol. 23 (8), 1313-1321 (2002).
- Frey, S., Pandya, D. N., Chakravarty, M. M., Bailey, L., Petrides, M., Collins, D. L. An MRI based average macaque monkey stereotaxic atlas and space (MNI monkey space). NeuroImage. 55 (4), 1435-1442 (2011).
- Goubran, M., Crukley, C., de Ribaupierre, S., Peters, T. M., Khan, A. R. Image registration of ex-vivo. MRI to sparsely sectioned histology of hippocampal and neocortical temporal lobe specimens. NeuroImage. 83, 770-781 (2013).
- Heckemann, R. A., Hajnal, J. V., Aljabar, P., Rueckert, D., Hammers, A. Automatic anatomical brain MRI segmentation combining label propagation and decision fusion. NeuroImage. 33 (1), 115-126 (2006).
- Holmes, C. J., Hoge, R., Collins, L., Woods, R., Toga, A. W., Evans, A. C. Enhancement of MR images using registration for signal averaging. J. Comput. Assist. Tomogr. 22 (2), 324-333 (1998).
- Karnik-Henry, M. S., Wang, L., Barch, D. M., Harms, M. P., Campanella, C., Csernansky, J. G. Medial temporal lobe structure and cognition in individuals with schizophrenia and in their non-psychotic siblings. Schizophrenia Research. 138 (2-3), 128-135 (2012).
- Kim, J. S., et al. Automated 3-D extraction and evaluation of the inner and outer cortical surfaces using a Laplacian map and partial volume effect classification. NeuroImage. 27 (1), 210-221 (2005).
- La Joie, R., et al. Differential effect of age on hippocampal subfields assessed using a new high-resolution 3T MR sequence. NeuroImage. 53 (2), 506-514 (2010).
- Libby, L. A., Ekstrom, A. D., Ragland, J. D., Ranganath, C. Differential connectivity of perirhinal and parahippocampal cortices within human hippocampal subregions revealed by high-resolution functional imaging. The Journal of Neuroscience. 32 (19), 6550-6560 (2012).
- Atlas of the Human Brain. Mai, J. K., Paxinos, G., Voss, T. , 3rd ed, (2008).
- Mueller, S. G., et al. Measurement of hippocampal subfields and age-related changes with high resolution MRI at 4T. Neurobiol Aging. 28 (5), 719-726 (2006).
- Narr, K. L., et al. Regional specificity of hippocampal volume reductions in first-episode schizophrenia. NeuroImage. 21 (4), 1563-1575 (2004).
- Olsen, R. K., Palombo, D. J., Rabin, J. S., Levine, B., Ryan, J. D., Rosenbaum, R. S. Volumetric Analysis of Medial Temporal Lobe Subregions in Development Amnesia using High-Resolution Magnetic Resonance Imaging. Hippocampus. 23 (10), 855-860 (2013).
- Park, M. T. M., et al. Derivation of high-resolution MRI atlases of the human cerebellum at 3T and segmentation using multiple automatically generated templates. NeuroImage. 95, 217-231 (2014).
- Pipitone, J., et al. Multi-atlas Segmentation of the Whole Hippocampus and Subfields Using Multiple Automatically Generated Templates. NeuroImage. 101, 494-512 (2014).
- Pluta, J., Yushkevich, P., Das, S., Wolk, D. In vivo analysis of hippocampal subfield atrophy in mild cognitive impairment via semi-automatic segmentation of T2-weighted MRI.Journal of Alzheimer's Disease. 31 (1), 85-99 (2012).
- Pruessner, J. C., et al. Volumetry of hippocampus and amygdala with high-resolution MRI and three- dimensional analysis software: minimizing the discrepancies between laboratories. Cereb Cortex. 10 (4), 433-442 (2000).
- Sabuncu, M. R., et al. The dynamics of cortical and hippocampal atrophy in Alzheimer disease. Archives of Neurology. 68 (8), 1040-1048 (2011).
- Scoville, W. B., Milner, B. Loss of recent memory after bilateral hippocampal lesions. J. Neuropsych. and Clin. Neurosci. 12 (1), 103-113 (1957).
- Toga, A. W., Thompson, P. M., Mori, S., Amunts, K., Zilles, K. Towards multimodal atlases of the human brain. Nat. Rev. Neurosci. 7 (12), 952-966 (2006).
- van Leemput, K., et al. Automated segmentation of hippocampal subfields from ultra-high resolution in vivo. MRI. Hippocampus. 19 (6), 549-557 (2009).
- Winterburn, J. L., et al. A novel in vivo atlas of human hippocampal subfields using high-resolution 3 T magnetic resonance imaging. NeuroImage. 74, 254-265 (2013).
- Wisse, L. E. M., Gerritsen, L., Zwanenburg, J. J. M., Kuijf, H. J. Subfields of the hippocampal formation at 7 T MRI: in vivo. volumetric assessment. NeuroImage. 61 (4), 1043-1049 (2012).
- Yelnik, J., et al. A three-dimensional, histological and deformable atlas of the human basal ganglia. I. Atlas construction based on immunohistochemical and MRI data. NeuroImage. 34 (2), 618-638 (2007).
- Yushkevich, P. A., et al. A high-resolution computational atlas of the human hippocampus from postmortem magnetic resonance imaging at 9.4 T. NeuroImage. 44 (2), 385-398 (2009).
- Yushkevich, P. A., et al. Quantitative Comparison of 21 Protocols for Labeling Hippocampal Subfields and Parahippocampal Subregions in In Vivo MRI: Towards a Harmonized Segmentation Protocol. NeuroImage. , (2015).
