Este artículo describe el procedimiento para la identificación y caracterización de una familia del gene en grapevine aplicada a la familia de Arabidopsis Tóxicos en Levadura (ATL) E3 ubiquitina ligasas.
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Artículo de método
Flujo de trabajo integral para la identificación de todo el genoma y Meta-análisis de la expresión de la familia del Gene del ATL E3 ubiquitina ligasa en Grapevine
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En este artículo
Resumen
Resumen
Clasificación y nomenclatura de los genes de una familia pueden contribuir considerablemente a la descripción de la diversidad de proteínas codificadas y a la predicción de funciones de la familia basada en varias características, tales como la presencia de motivos de secuencia o de particular sitios de modificación poste-de translación y el perfil de expresión de los miembros de la familia en diferentes condiciones. Este trabajo describe un protocolo detallado para la caracterización familiar gene. Aquí, el procedimiento es aplicado a la caracterización de la familia Arabidopsis Tóxicos en Levadura (ATL) E3 ubiquitina ligasa en vid. Los métodos incluyen la identificación del genoma de los miembros de la familia, la caracterización del gen localización, estructura y duplicación, el análisis de motivos conservados de la proteína, la predicción de sitios de localización y fosforilación de proteínas así como Perfil de expresión génica a través de la familia en diferentes conjuntos de datos. Tal procedimiento, que podría extenderse a otros análisis dependiendo de propósitos experimentales, se podría aplicar a cualquier familia de genes de cualquier especie de planta que están disponibles datos genómicos, y proporciona información valiosa para identificar a candidatos interesantes para los estudios funcionales, dando ideas sobre los mecanismos moleculares de adaptación de plantas a su entorno.
Introducción
Durante la última década, se ha realizado mucha investigación en genómica de la vid. Vid es un cultivo económicamente relevante reconocido, que se ha convertido en un modelo para la investigación en el desarrollo de la fruta y en las respuestas de las plantas leñosas a estreses bióticos y abióticos. En este contexto, la liberación del genoma de Vitis vinifera CV. PN40024 en 20071 y su versión actualizada en 20112 condujo a una rápida acumulación de datos a escala "ómicas" y a una explosión de estudios de alto rendimiento. Según los datos publicados de la secuencia, el análisis integral de una familia de determin....
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Protocolo
1. identificación de los miembros de familia de genes putativos ATL
- Versión de la web de PSI-BLAST
- Abra la página web de explosión13 y haga clic en la sección de alto de proteína.
- En el campo "Secuencia de Enter Query", introduzca la secuencia de aminoácidos de la proteína (aquí VIT_05s0077g01970) que se utilizará como la punta de prueba para identificar a los otros miembros de la familia.
Nota: Debe ser una buena representante de proteína utilizada (una proteína que muestra todas las características importantes que caracterizan a la familia). - En el campo "Set de búsqueda elige",....
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Resultados
El gen VIT_05s0077g01970, identificado como el más parecido a a. thaliana ATL2 (At3g16720) a través de una búsqueda BLASTp, fue utilizado como sonda para los familiares ATL en el genoma de la vid (V. vinifera cv Pinot Noir PN40024). El análisis PSI-BLAST converge después de algunos ciclos revela una lista de supuestos genes pertenecientes a la familia del gene ATL de vid (figura 1A). La presencia del dominio canónico del anillo-H2 para cada .......
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Discusión
En la era genómica, muchas familias de genes se han caracterizado profundamente en varias especies de plantas. Esta información es previa a los estudios funcionales y proporcionar un marco para investigar más a fondo el papel de los diferentes miembros de una familia. En este contexto, es necesario un sistema de nomenclatura que permite identificar unívocamente a cada miembro de una familia, evitando la redundancia y confusiones que pueden surgir cuando los nombres se asignan independientemente a diferentes genes por dif.......
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Divulgaciones
Los autores no tienen nada que revelar.
Agradecimientos
El trabajo fue financiado por la Universidad de Verona, en el marco de conjunto proyecto 2014 (caracterización de la familia del gene ATL en vid y de su participación en la resistencia a Plasmopara viticola).
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Materiales
| Nombre | Empresa | Número de catálogo | Comentarios |
|---|---|---|---|
| Herramienta básica de búsqueda de alineación local (BLAST) | https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi | ||
| Análisis de genética evolutiva molecular (MEGA) | http://www.megasoftware.net/ | ||
| Herramientas de análisis de secuencias basadas en motivos (MEME) | http://meme-suite.org/ | ||
| Geneious | Biomatters Limited | http://www.geneious.com/ | |
| ProtParam Tool | http://web.expasy.org/protparam/ | ||
| ngLOC | http://genome.unmc.edu/ngLOC/index.html | ||
| TargetP v1.1 Server | http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/ | ||
| Protein Prowler | http://bioinf.scmb.uq.edu.au:8080/pprowler_webapp_1-2/ | ||
| MUsite | http://musite.sourceforge.net/ | ||
| Pfam | http://pfam.xfam.org/ | ||
| TMHMM Server v. 2.0 | http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/ | ||
| ProtScale | http://web.expasy.org/protscale/ | ||
| Base de datos del genoma de la uva (CRIBI) | http://genomes.cribi.unipd.it/grape/ | ||
| PhenoGram | http://visualization.ritchielab.psu.edu/phenograms/plot | ||
| MCScanX | http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/ | ||
| Árbol Interactivo de la Vida (iTOL) | http://itol.embl.de/ | ||
| UniProt | http://www.uniprot.org/ | ||
| Phylogeny.fr | http://www.phylogeny.fr/index.cgi | ||
| MUSCLE | http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/ | ||
| Gblocks Server | http://molevol.cmima.csic.es/castresana/Gblocks_server.html | ||
| Vitis vinifera cv. Expresión génica de corvina Atlas datamatrix | https://www.researchgate.net/publication/273383414_54sample_ datamatrix_geneIDs_Fasoli2012 | ||
| Visor de experimentos múltiples (MeV) | http://mev.tm4.org/#/welcome | ||
| Archivo de lectura de secuencia (SRA) | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra | ||
| R | https://www.r-project.org/ | ||
| Aguja de relieve (EMBL-EBI) | http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/ |
Referencias
- Jaillon, O., et al. The grapevine genome sequence suggests ancestral hexaploidization in major angiosperm phyla. Nature. 449 (7161), 463-467 (2007).
- Adam-Blondon, A. -F., et al. Genetics, Genomics, and Breeding of Grapes. , Science Publishers. 211-234 (2011).<....
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Reimpresiones y permisos
