John D. Aitchison Institute for Systems Biology Biography Publications Institution JoVE Articles John D. Aitchison has not added a biography. If you are John D. Aitchison and would like to personalize this page please email our Author Liaison for assistance. Publications An Indicator Cell Assay for Blood-based Diagnostics PloS One. 2017 | Pubmed ID: 28594877 Combining Inferred Regulatory and Reconstructed Metabolic Networks Enhances Phenotype Prediction in Yeast PLoS Computational Biology. May, 2017 | Pubmed ID: 28520713 One-Cell Doubling Evaluation by Living Arrays of Yeast, ODELAY! G3 (Bethesda, Md.). Jan, 2017 | Pubmed ID: 27856698 Co-dependence Between Trypanosome Nuclear Lamina Components in Nuclear Stability and Control of Gene Expression Nucleic Acids Research. Sep, 2016 | Pubmed ID: 27625397 Human SRMAtlas: A Resource of Targeted Assays to Quantify the Complete Human Proteome Cell. Jul, 2016 | Pubmed ID: 27453469 Severe Adult Malaria is Associated with Specific PfEMP1 Adhesion Types and High Parasite Biomass Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jun, 2016 | Pubmed ID: 27185931 Peroxins Pex30 and Pex29 Dynamically Associate with Reticulons to Regulate Peroxisome Biogenesis from the Endoplasmic Reticulum The Journal of Biological Chemistry. Jul, 2016 | Pubmed ID: 27129769 Systematic Analysis of Yeast Proteome Reveals Peptide Detectability Factors for Mass Spectrometry Journal of Proteomics & Bioinformatics. 2015 | Pubmed ID: 26962293 The Interactome Challenge The Journal of Cell Biology. Nov, 2015 | Pubmed ID: 26572620 Corrigendum: Pan-viral Specificity of IFN-induced Genes Reveals New Roles for CGAS in Innate Immunity Nature. Sep, 2015 | Pubmed ID: 26153856 Signaling Dynamics and Peroxisomes Current Opinion in Cell Biology. Aug, 2015 | Pubmed ID: 26042681 Rapid, Optimized Interactomic Screening Nature Methods. Jun, 2015 | Pubmed ID: 25938370 Bicluster Sampled Coherence Metric (BSCM) Provides an Accurate Environmental Context for Phenotype Predictions BMC Systems Biology. 2015 | Pubmed ID: 25881257 Systems Cell Biology The Journal of Cell Biology. Sep, 2014 | Pubmed ID: 25225336 Predicting Antidisease Immunity Using Proteome Arrays and Sera from Children Naturally Exposed to Malaria Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Oct, 2014 | Pubmed ID: 25023128 Quantitative Proteomic Analysis of Host-virus Interactions Reveals a Role for Golgi Brefeldin A Resistance Factor 1 (GBF1) in Dengue Infection Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Nov, 2014 | Pubmed ID: 24855065 The Multifunctional Nuclear Pore Complex: a Platform for Controlling Gene Expression Current Opinion in Cell Biology. Jun, 2014 | Pubmed ID: 24657998 An Evolutionarily Conserved RNase-based Mechanism for Repression of Transcriptional Positive Autoregulation Molecular Microbiology. Apr, 2014 | Pubmed ID: 24612392 Nuclear Pore Complex Evolution: a Trypanosome Mlp Analogue Functions in Chromosomal Segregation but Lacks Transcriptional Barrier Activity Molecular Biology of the Cell. May, 2014 | Pubmed ID: 24600046 Pan-viral Specificity of IFN-induced Genes Reveals New Roles for CGAS in Innate Immunity Nature. Jan, 2014 | Pubmed ID: 24284630 Molecular Mechanisms of System Responses to Novel Stimuli Are Predictable from Public Data Nucleic Acids Research. Feb, 2014 | Pubmed ID: 24185701 Peroxisomes Take Shape Nature Reviews. Molecular Cell Biology. Dec, 2013 | Pubmed ID: 24263361 PhosphoChain: a Novel Algorithm to Predict Kinase and Phosphatase Networks from High-throughput Expression Data Bioinformatics (Oxford, England). Oct, 2013 | Pubmed ID: 23832245 Multifunctional Double-negative T Cells in Sooty Mangabeys Mediate T-helper Functions Irrespective of SIV Infection PLoS Pathogens. 2013 | Pubmed ID: 23825945 A Role for the Nucleoporin Nup170p in Chromatin Structure and Gene Silencing Cell. Feb, 2013 | Pubmed ID: 23452847 Systematische Messung Der Transkription Faktor-DNA-Wechselwirkungen Durch Gezielte Massenspektrometrie Identifiziert Kandidat Gen Regulatorischen Proteine Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Feb, 2013 | Pubmed ID: 23388641 Metallochaperones Regulate Intracellular Copper Levels PLoS Computational Biology. 2013 | Pubmed ID: 23349626 Global Analysis of Condition-specific Subcellular Protein Distribution and Abundance Molecular & Cellular Proteomics : MCP. May, 2013 | Pubmed ID: 23349476 A FOXO3-IRF7 Gene Regulatory Circuit Limits Inflammatory Sequelae of Antiviral Responses Nature. Oct, 2012 | Pubmed ID: 22982991 Asymmetric Positive Feedback Loops Reliably Control Biological Responses Molecular Systems Biology. Apr, 2012 | Pubmed ID: 22531117 NUP-1 Ist Ein Großer Aufgerollte Spule Nucleoskeletal Protein in Trypanosomen Mit Lamin-ähnliche Funktionen PLoS Biology. 2012 | Pubmed ID: 22479148 The Yeast Nuclear Pore Complex and Transport Through It Genetics. Mar, 2012 | Pubmed ID: 22419078 NanoSpray FAIMS Fraktionierung Bietet Beträchtliche Steigerungen Der Proteome Abdeckung Von Unfraktioniertes Komplex Protein-Digests Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Dec, 2011 | Pubmed ID: 22186714 Ein Rückschritt-Modell-Konzept Zur Ermöglichung Einer Zelle Morphologie Korrektur Im Hochdurchsatz-Durchflusszytometrie Molecular Systems Biology. 2011 | Pubmed ID: 21952134 Mathematische Modellierung Von Biomolekulare Netzwerk Dynamik Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2011 | Pubmed ID: 21877294 Statistische Analyse Der Dynamischen Transkriptionelle Regulatorischen Netzwerk-Struktur Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2011 | Pubmed ID: 21877289 Kompromiss Zwischen Reaktionsgeschwindigkeit Und Rauschunterdrückung in Biomolekulare Systemantworten Auf ökologische Hinweise PLoS Computational Biology. Jun, 2011 | Pubmed ID: 21738459 Die Peroxin Pex34p-Funktionen Mit Der Pex11-Familie Peroxisomale Divisional Proteine, Die Peroxisom-Bevölkerung in Der Hefe Zu Regulieren Molecular Biology of the Cell. May, 2011 | Pubmed ID: 21441307 Schneller, Quantitative Und Genaue Vorläufer Erwerb Unabhängig Von Der Anzahl Der Ionen Analytical Chemistry. Mar, 2011 | Pubmed ID: 21341720 Rolle Der Kernhülle Genom-Organisation Und Gen-Ausdruck Wiley Interdisciplinary Reviews. Systems Biology and Medicine. Mar-Apr, 2011 | Pubmed ID: 21305702 Umwelt-responsive Transkriptionsfaktoren Binden Dei Elemente Und Gen-silencing Zu Regulieren Molecular Systems Biology. Jan, 2011 | Pubmed ID: 21206489 Ausdruck Der Salmonella Spp. Virulenzfaktoren SifA in Hefe Verändert Rho1 Aktivität Auf Peroxisomen Molecular Biology of the Cell. Oct, 2010 | Pubmed ID: 20739463 Genomweiten Analyse Der Effektoren Der Peroxisom Biogenese PloS One. 2010 | Pubmed ID: 20694151 QTIPS: Eine Neuartige Methode Der Unbeaufsichtigt Bestimmung Von Isotopen Aminosäure-Verteilung Im SILAC Experimente Journal of the American Society for Mass Spectrometry. Aug, 2010 | Pubmed ID: 20451407 Integrierte Phosphoproteomics Analyse Der EZB Nährstoff Reaktion Und Peroxisom Induktion Signalling Netzwerk Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Sep, 2010 | Pubmed ID: 20395639 GINS Bewegung Zeigt, Dass Die Replikation Gabel Fortschreiten Hefegenoms Bemerkenswert Einheitlich Ist Molecular Systems Biology. 2010 | Pubmed ID: 20212525 Systeme Zellbiologie Der Mitotischen Spindel The Journal of Cell Biology. Jan, 2010 | Pubmed ID: 20065087 Dynamische Änderungen Der Subzellulären Verteilung Der Gpd1p Als Reaktion Auf Stress Der Zelle The Journal of Biological Chemistry. Feb, 2010 | Pubmed ID: 20026609 Histon Chaperone Chz1p Regelt H2B Ubiquitination Und Dei Anti-zum Schweigen Nucleic Acids Research. Mar, 2010 | Pubmed ID: 20008511 Deterministische Und Stochastische Modelle Der Genetischen Regelnetze Methods in Enzymology. 2009 | Pubmed ID: 19897099 Eine Rolle Für Die Karyopherin Kap123p in Microtubule Stabilität Traffic (Copenhagen, Denmark). Nov, 2009 | Pubmed ID: 19761543 Myosin-gesteuerte Peroxisom Partitionierung in S. Cerevisiae The Journal of Cell Biology. Aug, 2009 | Pubmed ID: 19687257 Ein Mitgliedattribut Bromodomain Im AAA-ATPase Protein Yta7 Leitet Chromosomalen Positionierung Und Barriere-Chromatin-Aktivität Molecular and Cellular Biology. Sep, 2009 | Pubmed ID: 19581291 Rolle Der Variante Histon H2A.Z/Htz1p in TBP Rekrutierung, Chromatin-Dynamik Und Regulierte Expression Oleat-responsive Gene Molecular and Cellular Biology. May, 2009 | Pubmed ID: 19273605 Verordnung Peroxisom Dynamik Current Opinion in Cell Biology. Feb, 2009 | Pubmed ID: 19188056 Kontrolle Der Transkriptionelle Variabilität Durch Feed-Forward Regulatorischen Motive überlappen Biophysical Journal. Oct, 2008 | Pubmed ID: 18621837 Systembiologie Am Institute for Systems Biology Briefings in Functional Genomics & Proteomics. Jul, 2008 | Pubmed ID: 18579616 Saccharomyces Cerevisiae Yta7 Regelt Histon-Genexpression Genetics. May, 2008 | Pubmed ID: 18493054 Genomweiten Analyse Signalisieren Netze Regulierende Fettsäure-induzierte Genexpression Und Organelle Biogenesis The Journal of Cell Biology. Apr, 2008 | Pubmed ID: 18426976 Bona-fide-Komponenten Ein Organell Von Isotop Codierte Kennzeichnung Der Subzellularen Brüchen Identifizieren: Ein Beispiel in Peroxisomen Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2008 | Pubmed ID: 18370030 Zellbiologie: Pore-Puzzle Nature. Nov, 2007 | Pubmed ID: 18046388 Umfassende Analyse Der Vielfältigen-Gebiets-komplexe Nature Methods. Nov, 2007 | Pubmed ID: 17922018 Transkriptionelle Antworten Zu Fettsäuren Werden Durch Kombinatorische Kontrolle Koordiniert Molecular Systems Biology. 2007 | Pubmed ID: 17551510 Die Rolle Des Karyopherins in Der Geregelten Sumoylation Des Septins The Journal of Cell Biology. Apr, 2007 | Pubmed ID: 17403926 Yng1 PHD Finger Bindung an H3 Trimethylated Am K4 Fördert NuA3 Hut-Aktivität Bei K14 H3 Und Transkription Auf Eine Teilmenge Der Gezielten ORFs Molecular Cell. Dec, 2006 | Pubmed ID: 17157260 Studium Nuklearer Protein Import in Der Hefe Methods (San Diego, Calif.). Aug, 2006 | Pubmed ID: 16979507 Dual Feedback-Schleifen in Der GAL-Regulon Unterdrücken Zelluläre Heterogenität in Der Hefe Nature Genetics. Sep, 2006 | Pubmed ID: 16936734 Ausdruck Und Funktionale Profilerstellung Zeigen Unterschiedliche Gen-Klassen Fettsäure-Stoffwechsel Beteiligt Molecular Systems Biology. 2006 | Pubmed ID: 16738555 Die Peroxisomale Membranprotein Inp2p Ist Der Peroxisom-spezifischen Rezeptor Für Das Myosin V Motor Myo2p Von Saccharomyces Cerevisiae Developmental Cell. May, 2006 | Pubmed ID: 16678774 Pex19p Bindet, Pex30p Und Pex32p in Regionen, Die Für Ihre Peroxisomale Lokalisierung Erforderlichen, Aber Getrennt Von Ihrer Peroxisomale Zielende Signale The Journal of Biological Chemistry. May, 2006 | Pubmed ID: 16551610 Dynamin-ähnlichen Proteins Vps1p Der Hefe Saccharomyces Cerevisiae Ordnet Peroxisomen in Pex19p-abhängigen Weise The Journal of Biological Chemistry. May, 2006 | Pubmed ID: 16520372 Die Mobile Nucleoporin Nup2p Und Chromatin-gebundenen Prp20p Funktion Im Endogenen NPC-vermittelte Transkriptionelle Steuerelement The Journal of Cell Biology. Dec, 2005 | Pubmed ID: 16365162 Eine Daten-Integration-Methodik Für Systembiologie Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Nov, 2005 | Pubmed ID: 16301537 Eine Daten-Integration-Methodik Für Systembiologie: Experimentelle Verifikation Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Nov, 2005 | Pubmed ID: 16301536 Wechselwirkungen Zwischen Mad1p Und Der Nuklearen Transportmaschinen in Der Hefe Saccharomyces Cerevisiae Molecular Biology of the Cell. Sep, 2005 | Pubmed ID: 16000377 Inp1p Ist Ein Peroxisomalen Membranprotein Für Peroxisomen Erbschaft in Saccharomyces Cerevisiae Erforderlich The Journal of Cell Biology. Jun, 2005 | Pubmed ID: 15928207 Proteom-und Genom Von Chromatin-Komplexe an Einer Grenze The Journal of Cell Biology. Apr, 2005 | Pubmed ID: 15824130 Nop53p Ist Ein Neuartiges Nukleolären 60S Ribosomalen Untereinheit Biogenese Protein The Biochemical Journal. Jun, 2005 | Pubmed ID: 15686447 Quantitative Massenspektrometrie Zeigt Eine Rolle Für Die GTPase Rho1p in Actin-Organisation Auf Dem Peroxisom Membran The Journal of Cell Biology. Dec, 2004 | Pubmed ID: 15596542 Charakterisierung Von Karyopherin Ladungen Zeigt Einzigartige Mechanismen Der Kap121p-vermittelten Nukleären Import Molecular and Cellular Biology. Oct, 2004 | Pubmed ID: 15367670 Pex30p, Pex31p, Pex32p Und Bilden Eine Familie Von Peroxisomalen Integralen Membranproteinen Regulierung Peroxisom Größe Und Anzahl in Saccharomyces Cerevisiae Molecular Biology of the Cell. Feb, 2004 | Pubmed ID: 14617799 Zellzyklus Reguliert Transport Durch Veränderungen in Der Kernporenkomplex Gesteuert Cell. Dec, 2003 | Pubmed ID: 14697200 Virtuelle Gating Und Kerntransport: Das Loch Bild Trends in Cell Biology. Dec, 2003 | Pubmed ID: 14624840 Pex11-verwandten Proteinen in Peroxisomen Dynamik: Eine Rolle Für Den Roman Peroxin Pex27p Bei Der Kontrolle Der Peroxisomen-Größe Und Anzahl in Saccharomyces Cerevisiae Molecular Biology of the Cell. Oct, 2003 | Pubmed ID: 14517321 Utp8p Ist Ein Wesentlicher Bestandteil Des Intranukleäre Nuklearen TRNA Export Maschinen Von Saccharomyces Cerevisiae The Journal of Biological Chemistry. Aug, 2003 | Pubmed ID: 12794079 Die Vorräte an Einsichten The Journal of Cell Biology. May, 2003 | Pubmed ID: 12743099 YHR150w Und YDR479c Kodieren Peroxisomalen Integralen Membranproteinen in Der Regulation Der Peroxisomen-Anzahl, Größe Und Verteilung in Saccharomyces Cerevisiae Beteiligt The Journal of Cell Biology. Apr, 2003 | Pubmed ID: 12707309 Karyopherinen in Kernpore Biogenese: Eine Rolle Für Kap121p in Der Montage Von Nup53p in Kernporenkomplexe The Journal of Cell Biology. Oct, 2002 | Pubmed ID: 12403813 Nähern Komplette Peroxisom Charakterisierung Durch Gasphasen-Fraktionierung Electrophoresis. Sep, 2002 | Pubmed ID: 12298092 Transkriptom-Profiling, Um Gene in Peroxisomen Montage Und Funktion Beteiligt Sind The Journal of Cell Biology. Jul, 2002 | Pubmed ID: 12135984 Kap121p-vermittelten Nukleären Import Wird Zur Paarung Und Zelluläre Differenzierung in Hefe Benötigt Molecular and Cellular Biology. Apr, 2002 | Pubmed ID: 11909949 Eine Angespannte Zeit Für Die Kernhülle Cell. Feb, 2002 | Pubmed ID: 11853664 ODELAY: Eine groß angelegte Methode für die Mehrparameter-Quantifizierung des Hefewachstums Thurston Herricks1, Fred D. Mast1,2, Song Li1, John D. Aitchison1,2 1Institute for Systems Biology, 2Center for Infectious Disease Research JoVE 55879 Biology Quantitative Phosphoproteomics in Fatty Acid Stimulated Saccharomyces cerevisiae Ramsey A. Saleem1, John D. Aitchison1 1Institute for Systems Biology JoVE 1474 Biology
ODELAY: Eine groß angelegte Methode für die Mehrparameter-Quantifizierung des Hefewachstums Thurston Herricks1, Fred D. Mast1,2, Song Li1, John D. Aitchison1,2 1Institute for Systems Biology, 2Center for Infectious Disease Research JoVE 55879 Biology
Quantitative Phosphoproteomics in Fatty Acid Stimulated Saccharomyces cerevisiae Ramsey A. Saleem1, John D. Aitchison1 1Institute for Systems Biology JoVE 1474 Biology