Thomas Dandekar Department of Bioinformatics University Wuerzburg Biography Publications Institution JoVE Articles Thomas Dandekar has not added a biography. If you are Thomas Dandekar and would like to personalize this page please email our Author Liaison for assistance. Publications Gegenüber Einer Systemischen Verständnis Von Listeria Monocytogenes Stoffwechsel Während Der Infektion Frontiers in Microbiology. 2012 | Pubmed ID: 22347216 PlateletWeb: Eine Biologische Systemanalyse Netzwerke in Menschlichen Thrombozyten Zu Signalisieren Blood. Jan, 2012 | Pubmed ID: 22123846 Zeit-aufgelöst in Silico Modellierung Fein Abgestimmte Lager Signalisieren in Thrombozyten: Feedback-Schleifen, KOHLENDIOXIDFREIE Phosphorylations Und Pharmakologische Modulation BMC Systems Biology. 2011 | Pubmed ID: 22034949 Integration Von Booleschen Modelle Auf Hepatozyten Signaltransduktion Exemplifiziert Briefings in Bioinformatics. Oct, 2011 | Pubmed ID: 22016404 Staphylococcus Aureus Physiologische Wachstum Einschränkungen: Erkenntnisse Aus Flussmittel Berechnungen Auf Proteomics Und Externe Metabolit Daten Gebaut Proteomics. May, 2011 | Pubmed ID: 21472852 Immunantwort über Die Ant Camponotus Floridanus Gegen Krankheitserreger Und Seine Obligat Mutualistischen Endosymbionten Insect Biochemistry and Molecular Biology. Aug, 2011 | Pubmed ID: 21440063 Modellierung Von Antibiotika Und Zytotoxische Wirkungen Von Der Dimeren Isochinolin IQ-143 Auf Stoffwechsel Und Seine Verordnung in Staphylococcus Aureus, Staphylococcus Epidermidis Und Menschlichen Zellen Genome Biology. 2011 | Pubmed ID: 21418624 Ein Metabolomics Und Proteomics Studie Der Adaption Von Staphylococcus Aureus Zu Glukose Verhungern Molecular BioSystems. Apr, 2011 | Pubmed ID: 21327190 Phosphorylierung Von Spleißen Faktor Sind Zwei Kern-lokalisierte CDK-wie Kinasen Entscheidende Rollen Für Die Malaria Parasit Da Replikation Beteiligt Journal of Cellular Biochemistry. May, 2011 | Pubmed ID: 21312235 Einzellige Genomik Zeigt Den Lebensstil Der Poribacteria, Ein Kandidat-Stamm Mit Marine Schwämme Symbiotisch Verbunden The ISME Journal. Jan, 2011 | Pubmed ID: 20613790 Führen Sie Ausbau Und Virtuelles Screening Von Indinavir Derivat HIV-1-Proteasehemmern Mit Pharmacophoric - Form Ähnlichkeit Erzielte Funktion Bioinformation. 2010 | Pubmed ID: 20978602 Hochdurchsatz-Microarray-Technologie in Der Diagnostik Von Enterobakterien Genomweiten Sonde Auswahl Und Regression Analyse BMC Genomics. 2010 | Pubmed ID: 20964857 Entschlüsselung Des Intrazellulären Stoffwechsels Von Listeria Monocytogenes Von Mutant Screening Und Modellierung BMC Genomics. 2010 | Pubmed ID: 20955543 Pharmakogenomischer Strategien Gegen Antibiotikaresistenz: Von Hell, Trostlosen Bis Innovativ Pharmacogenomics. Sep, 2010 | Pubmed ID: 20860457 Einfluß, Eine Umfassende Und Leistungsfähige Speicher Und Analysesystem Für OMICS-Daten Angewendet, Für Die Profilerstellung Der Anaerobiosis Antwort Von Staphylococcus Aureus Kol Proteomics. Aug, 2010 | Pubmed ID: 20662099 Entwicklungsbiologie Profilerstellung Durch Massenspektrometrie Von Phosphocholine, Enthält Phospholipide Im Nervensystem Ratte Zeigt Temporo-räumliche Gradienten Journal of Neurochemistry. Aug, 2010 | Pubmed ID: 20524967 Kohlenstoff-Stoffwechsel Von Intrazelluläre Bakterielle Krankheitserreger Und Mögliche Verbindungen Zur Virulenz Nature Reviews. Microbiology. Jun, 2010 | Pubmed ID: 20453875 Transkriptom-Übersicht über Die Anhydrobiotic Tardigrade Milnesium Tardigradum Im Vergleich Zu Hypsibius Dujardini Und Richtersius Coronifer BMC Genomics. 2010 | Pubmed ID: 20226016 Proteomic Analyse Der Bärtierchen: Zu Einem Besseren Verständnis Der Molekularen Mechanismen Von Anhydrobiotic Organismen PloS One. 2010 | Pubmed ID: 20224743 Die IronChip-Bewertung-Paket: Ein Paket Von Perl-Modulen Für Robuste Analyse Von Benutzerdefinierten Microarrays BMC Bioinformatics. 2010 | Pubmed ID: 20193060 BioNet: Ein R-Paket Für Die Funktionale Analyse Biologischer Netzwerke Bioinformatics (Oxford, England). Apr, 2010 | Pubmed ID: 20189939 Charakterisierung Von Eine Neuartige Interaktion Zwischen Gefäßerweiternden Stimuliert Phosphoprotein Und Abelson Interactor 1 in Menschlichen Thrombozyten: Eine Konzertierte Computational Und Experimentellen Ansatz Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology. Apr, 2010 | Pubmed ID: 20110575 Einschließlich Der RNA-Sekundärstrukturen Verbessert Genauigkeit Und Robustheit in Rekonstruktion Phylogenetischer Bäume Biology Direct. 2010 | Pubmed ID: 20078867 Reaktion Bei Bärtierchen Betonen: Differenzielle Genexpression Von Molekulare Chaperone Cell Stress & Chaperones. Jul, 2010 | Pubmed ID: 19943197 Modellierung Von Kreuz-Hybridisierung Auf Phylogenetische DNA-Microarrays, Erhöht Die Erkennung Macht Eng Miteinander Verwandter Arten Molecular Ecology Resources. Jan, 2009 | Pubmed ID: 21564570 JANE: Effiziente Zuordnung Von Prokaryotischen ESTs Und Variabler Länge Sequenz Liest Auf Verwandte Vorlage Genomen BMC Bioinformatics. 2009 | Pubmed ID: 19943962 Tardigrade Werkbank: Vergleichen Betonen-in Verbindung Stehende Proteine, Sequenz-ähnliche Und Funktionellen Protein-Clustern Sowie Andere RNA-Elemente in Bärtierchen BMC Genomics. 2009 | Pubmed ID: 19821996 Modellierung Von Systemzuständen Leberzellen: Überleben, Apoptosis Und Deren Änderungen in Reaktion Auf Eine Virale Infektion BMC Systems Biology. 2009 | Pubmed ID: 19772631 Die Stark Abgeschwächten Onkolytische Recombinant Vaccinia Virus GLV - 1 H 68: Vergleichende Genomische Features Und Der Beitrag Der F14.5L Inaktivierung Molecular Genetics and Genomics : MGG. Oct, 2009 | Pubmed ID: 19701652 CA/C1 Peptidasen Die Malaria-Parasiten Plasmodium Falciparum, P. Berghei Und Ihre Säugetier-Wirte--eine Bioinformatical Analyse Biological Chemistry. Nov, 2009 | Pubmed ID: 19663681 Erkennen Von Arten-Website Abhängigkeiten in Großen Multiplen Sequenzalignments Nucleic Acids Research. Oct, 2009 | Pubmed ID: 19661281 Bioinformatical Ansätze Zu Erkennen Und Analysieren Von Protein-Interaktionen Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2009 | Pubmed ID: 19544036 Molekulare Mechanismen Der Toleranz in Bärtierchen: Neue Perspektiven Für Die Erhaltung Und Stabilisierung Von Biologischem Material Biotechnology Advances. Jul-Aug, 2009 | Pubmed ID: 19472511 5.8S-28SL RRNA Interaktion Und HMM-basierte ITS2 Anmerkung Gene. Feb, 2009 | Pubmed ID: 19026726 Meta-Analyse Auf Unterschiedlichen Gen-Ausdruck-Datasets Unbeaufsichtigt Ermöglicht Einblick in Genfunktion Und Regulierung Bioinformatics and Biology Insights. 2008 | Pubmed ID: 19812781 Modellierung Von Phagosomal Lipid-Netzwerke, Die Aktin-Versammlung Zu Regulieren BMC Systems Biology. 2008 | Pubmed ID: 19061496 Neue Trends in Der Pharmakogenomischer Strategien Gegen Widerstand Entwicklung Bei Mikrobiellen Infektionen Pharmacogenomics. Nov, 2008 | Pubmed ID: 19018725 Synchrone Visuelle Analyse Und Bearbeitung Von RNA-Sequenz Und Sekundärstruktur Ausrichtungen Mit 4SALE BMC Research Notes. 2008 | Pubmed ID: 18854023 ProfDistS: (Profil-) Entfernung Phylogenie Grundlage Sequenz--Struktur Ausrichtungen Bioinformatics (Oxford, England). Oct, 2008 | Pubmed ID: 18723521 ITS2 Daten Bestätigen Eine Monophyletische Chlorophycean-Gruppe (Sphaeropleales) BMC Evolutionary Biology. 2008 | Pubmed ID: 18655698 Funktionsbaugruppen in Protein-Protein Interaktion Netzwerke Identifizieren: Genaue Ganzheitlich Bioinformatics (Oxford, England). Jul, 2008 | Pubmed ID: 18586718 Die Linearen Chromosom Von Den Pflanzen Pathogen Mykoplasmen 'Candidatus Phytoplasma Mali' BMC Genomics. 2008 | Pubmed ID: 18582369 Thrombozyten-Protein-Interaktionen: Karte, Signalisierung, Komponenten Und Phosphorylierung Groundstate Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology. Jul, 2008 | Pubmed ID: 18451328 Explorative Datenanalyse über MCL Zeigt Gen-Ausdruck-Netzwerke, Die überleben Und Prognose Von Explorativen CGH-Analyse Unterstützt in Verbindung Gebracht BMC Cancer. 2008 | Pubmed ID: 18416826 Wechselwirkungen Von Methylenblau Mit Menschlichen Disulfid Reductases Und Ihre Orthologues Von Plasmodium Falciparum Antimicrobial Agents and Chemotherapy. Jan, 2008 | Pubmed ID: 17967916 Die ITS2 Datenbank II: Homologie Modellierung Der RNA-Struktur Für Molekulare Systematik Nucleic Acids Research. Jan, 2008 | Pubmed ID: 17933769 Verwendung Von Funktionalen Hoch Gereinigten Menschlichen Thrombozyten Für Die Identifizierung Von Neuen Proteinen Des IPP Signalisierung Weg Thrombosis Research. 2008 | Pubmed ID: 17931695 Exonization Aktive Maus L1s: Ein Treiber Transkriptom Evolution? BMC Genomics. 2007 | Pubmed ID: 17963496 Integrierte Netzwerk-Rekonstruktion, Visualisierung Und Analyse Mit YANAsquare BMC Bioinformatics. 2007 | Pubmed ID: 17725829 Tief Indem Phylogenie In Silico Biology. 2007 | Pubmed ID: 17688440 Arten Zu Unterscheiden RNA (New York, N.Y.). Sep, 2007 | Pubmed ID: 17652131 Verwendung Von Weg-Analyse Und Genom-Context-Methoden Für Funktionelle Genomik Der Mycoplasma Pneumoniae Nukleotid-Stoffwechsel Gene. Jul, 2007 | Pubmed ID: 17467928 Eine Integrierte Ansicht Der Gen-Ausdruck Und Gelöstes-Profile Von Arabidopsis-Tumoren: Eine Genom-weiten Ansatzes The Plant Cell. Dec, 2006 | Pubmed ID: 17172353 4SALE--ein Tool Für Die Synchrone RNA-Sequenz Und Sekundärstruktur Ausrichtung Und Bearbeitung BMC Bioinformatics. 2006 | Pubmed ID: 17101042 XML-Schemas Für Häufige Bioinformatik-Datentypen Und Ihre Anwendung in Workflow-Systeme BMC Bioinformatics. 2006 | Pubmed ID: 17087823 InGeno--eine Integrierte Genom Und Ortholog Viewer Für Verbesserte Genom Zu Genom Vergleiche BMC Bioinformatics. 2006 | Pubmed ID: 17054788 Modellierung Interaktion-Standorte in Protein-Gebiete Mit Interaktion Profil Versteckte Markov Modelle Bioinformatics (Oxford, England). Dec, 2006 | Pubmed ID: 17000753 Ein Java-Applet Für Die Erkundung Der Neuen Höheren Ebene Klassifikation Von Eukaryoten Mit Schwerpunkt Auf Die Taxonomie Der Einzeller The Journal of Eukaryotic Microbiology. Sep-Oct, 2006 | Pubmed ID: 16968448 Ganz-Genom-Sequenz Von Listeria Welshimeri Zeigt Gemeinsame Schritte Im Genom Reduktion Mit Listeria PAM Gegenüber Listeria Monocytogenes Journal of Bacteriology. Nov, 2006 | Pubmed ID: 16936040 Die Interne Transkribiert Abstandhalter 2 Datenbank--eines Webservers Für (nicht Nur) Niedriger Ebene Phylogenetische Analysen Nucleic Acids Research. Jul, 2006 | Pubmed ID: 16845103 Eisen Verordnung Und Zellzyklus: Identifizierung Eines Iron-responsive Elements in Der Region Nicht 3'-übersetzte Der Menschlichen Zellteilung Zyklus 14A-mRNA Durch Eine Raffinierte Microarray-basierte Screening-Strategie The Journal of Biological Chemistry. Aug, 2006 | Pubmed ID: 16760464 Lysosomale, Zytoskelett Und Metabolische Veränderungen Kardiomyopathie Kathepsin L Knock-out-Mäuse FASEB Journal : Official Publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology. Jun, 2006 | Pubmed ID: 16636100 Genomweiten Zuordnung Von Schaumgummi Virus Vektor Integrationen in Eine Menschliche Zelllinie The Journal of General Virology. May, 2006 | Pubmed ID: 16603537 Analyse Der Salbei Daten in Menschlichen Thrombozyten: Merkmale Der Das Transkriptom in Einer Zelle Mit Anucleate Thrombosis and Haemostasis. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16601835 RIP Tod Domäne Strukturelle Interaktionen TNF-vermittelte Proliferation Und Überleben in Verbindung Gebracht Proteins. May, 2006 | Pubmed ID: 16470584 13C Isotopologue Störung Studien Von Listeria Monocytogenes Kohlenstoff-Stoffwechsel Und Die Modulation Von Der Virulenz Regulierungsbehörde PrfA Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Feb, 2006 | Pubmed ID: 16461909 Analyse Und Funktion Vorhersagen Für Zuvor Konservierten Hypothetische Oder Vermeintliche Proteine in Blochmannia Floridanus BMC Microbiology. 2006 | Pubmed ID: 16401340 Verständnis Thrombozyten. Unterricht Von Proteomics, Genomics Und Versprechungen Von Der Netzwerkanalyse Thrombosis and Haemostasis. Nov, 2005 | Pubmed ID: 16363231 B-Raf- Und C-Raf Signaltechnik Untersucht in Einem Vereinfachten Modell Der Mitogenen Kinasekaskade Biological Chemistry. Nov, 2005 | Pubmed ID: 16307482 Homologie Modellierung Ergab Mehr Als 20.000 RRNA Interne Transkribierte Abstandhalter 2 (ITS2) Sekundärstrukturen RNA (New York, N.Y.). Nov, 2005 | Pubmed ID: 16244129 CBCAnalyzer: Ableiten Phylogenien Auf Kompensatorische Basenänderungen in RNA-Sekundärstrukturen Basiert In Silico Biology. 2005 | Pubmed ID: 15996120 Metabolite Und Flexibilität Weg In Silico Biology. 2005 | Pubmed ID: 15972010 Yana - Ein Software-Tool Zur Analyse Von Fluss-Modi, Genexpression Und Enzymaktivitäten BMC Bioinformatics. 2005 | Pubmed ID: 15929789 ITS-2-und 18S-rRNA-Gen Phylogenie Aplysinidae (Verongida, Demospongiae) Journal of Molecular Evolution. Mar, 2005 | Pubmed ID: 15871043 Die Bisherigen Anstrengungen in Der Analyse Von RNAi Und RNAi-Zielgene Briefings in Bioinformatics. Mar, 2005 | Pubmed ID: 15826358 ProfDist: Ein Werkzeug Für Den Bau Von Großen Stammbäumen Im Profil Distanzen Basieren Bioinformatics (Oxford, England). May, 2005 | Pubmed ID: 15677706 L1Base: Von Funktionellen Annotation Zu Vorhersage Der Aktiven LINE-1-Elemente Nucleic Acids Research. Jan, 2005 | Pubmed ID: 15608246 Metabolic Interdependenz Der Obligat Intrazelluläre Bakterien Und Insekten Ihre Wirte Microbiology and Molecular Biology Reviews : MMBR. Dec, 2004 | Pubmed ID: 15590782 Gemeinsam Genutzte Komponenten Von Proteinkomplexen - Vielseitige Bausteine oder Biochemische Artefakte? BioEssays : News and Reviews in Molecular, Cellular and Developmental Biology. Dec, 2004 | Pubmed ID: 15551274 Eine Studie über Die Chlorophyceen (Chlorophyta): Präzise Und Robust Phylogenie Schätzung Auf Basis Von Profil Entfernungen BMC Evolutionary Biology. Jun, 2004 | Pubmed ID: 15222898 Riboswitch Finder - Ein Werkzeug Zur Identifizierung Von RNA-Schalter RNAs Nucleic Acids Research. Jul, 2004 | Pubmed ID: 15215370 Pharmakogenomische Strategien Gegen Die Resistenzentwicklung Bei Mikrobiellen Infektionen Pharmacogenomics. Jun, 2004 | Pubmed ID: 15165173 Phylogenie Der Firmicutes Mit Besonderem Bezug Auf Mycoplasma (Mollicutes) Ab Phosphoglyceratkinase Aminosäuresequenz Daten Abgeleitet International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. May, 2004 | Pubmed ID: 15143038 Eine Neuartige Konservierte Familie Von Stickoxidsynthase? Trends in Biochemical Sciences. May, 2004 | Pubmed ID: 15130557 NO-gebundenen Myoglobin: Strukturelle Vielfalt Und Dynamik Des NO-Liganden Journal of the American Chemical Society. Feb, 2004 | Pubmed ID: 14971914 Ein Open-Source Protein-Gel-Dokumentations-System Für Die Proteom-Analysen Journal of Chemical Information and Computer Sciences. Jan-Feb, 2004 | Pubmed ID: 14741024 Auf Der Suche Nach Dem Prototyp Der Stickstoffmonoxid-Synthase FEBS Letters. Nov, 2003 | Pubmed ID: 14596904 Verfahren Zum Klassifizieren Von Metaboliten in Der Topologischen Pathway-Analysen Auf Eine Minimierung Des Weges Nummer Bio Systems. Aug, 2003 | Pubmed ID: 12941488 Gegen Computer-Spaltstelle Vorhersage Cystein-Endopeptidasen Biological Chemistry. Jun, 2003 | Pubmed ID: 12887057 Metaboliten: Eine Helfende Hand Für Weg Der Evolution? Trends in Biochemical Sciences. Jun, 2003 | Pubmed ID: 12826406 Ein Software-Tool-Box Für Die Analyse Von Regulatorischen RNA-Elemente Nucleic Acids Research. Jul, 2003 | Pubmed ID: 12824342 Mutmaßliche Dienstprogramm Von Enzymen Mit Mehreren Aktivitäten in Den Kleinen Genom Mycoplasma Spezies: Der Ersatz Des Fehlenden "Haushalt" Nukleosid Diphosphat Kinase-Gen Und Die Aktivität Von Glykolytischen Kinasen Omics : a Journal of Integrative Biology. 2002 | Pubmed ID: 12427276 Vergleichende Genomanalyse Und Zur Rekonstruktion Von Stoffwechselwegen Pharmacogenomics. Mar, 2002 | Pubmed ID: 11972445 Ein Vielseitiges Strukturelle Analyse Domain Server Mit Profil Gewichtsmatrizen Journal of Chemical Information and Computer Sciences. Mar-Apr, 2002 | Pubmed ID: 11911710 Ein kombiniertes 3D-Gewebezüchtungen Claudia Göttlich*1, Lena C. Müller*1, Meik Kunz*3, Franziska Schmitt1, Heike Walles1,4, Thorsten Walles2, Thomas Dandekar3, Gudrun Dandekar1,4, Sarah L. Nietzer1 1Department of Tissue Engineering and Regenerative Medicine (TERM), University Hospital Wuerzburg, 2Department of Cardiothoracic Surgery, University Hospital Wuerzburg, 3Department of Bioinformatics, University Wuerzburg, 4Translational Center Wuerzburg, Fraunhofer Institute Interfacial Engineering and Biotechnology IGB Bioengineering Die ITS2 Database Benjamin Merget1,2, Christian Koetschan1, Thomas Hackl1, Frank Förster1, Thomas Dandekar1, Tobias Müller1, Jörg Schultz1, Matthias Wolf1 1Department of Bioinformatics, Biocenter, University of Würzburg, 2Institute of Pharmacy and Food Chemistry, University of Würzburg JoVE 3806 Biology
Ein kombiniertes 3D-Gewebezüchtungen Claudia Göttlich*1, Lena C. Müller*1, Meik Kunz*3, Franziska Schmitt1, Heike Walles1,4, Thorsten Walles2, Thomas Dandekar3, Gudrun Dandekar1,4, Sarah L. Nietzer1 1Department of Tissue Engineering and Regenerative Medicine (TERM), University Hospital Wuerzburg, 2Department of Cardiothoracic Surgery, University Hospital Wuerzburg, 3Department of Bioinformatics, University Wuerzburg, 4Translational Center Wuerzburg, Fraunhofer Institute Interfacial Engineering and Biotechnology IGB Bioengineering
Die ITS2 Database Benjamin Merget1,2, Christian Koetschan1, Thomas Hackl1, Frank Förster1, Thomas Dandekar1, Tobias Müller1, Jörg Schultz1, Matthias Wolf1 1Department of Bioinformatics, Biocenter, University of Würzburg, 2Institute of Pharmacy and Food Chemistry, University of Würzburg JoVE 3806 Biology