免疫相关动态三级的HIV - 1 V3环冠R2的序列结构特点的评估从头折叠
Summary
冠表面的HIV – 1包膜糖蛋白（gp120的）不同的V3的循环序列区域的结构特点，在许多情况下，在硅片的立场折叠10日至22日对一个国家的最先进的循环使用<em>从头</em>折叠算法。在这里，我们展示了这一地区从R2的HIV – 1菌株，一个独特的令人费解的功能特性的敏感株中和与V3环的折叠和评价。
Abstract
的HIV – 1的抗原多样性，长期以来一直是疫苗设计的障碍，而这种变化是，尤其是在病毒表面的包膜糖蛋白V3环明显。我们以前提出的V3环的冠，虽然动态和序列变量，是整个人口的HIV – 1病毒免疫相关的β-发夹高等教育结构的制约。重要的是，HIV – 1病毒在流传有成千上万不同的V3环冠序列，使得整个晶体或核磁共振困难或不可能的病毒多样性的趋势的三维结构表征。我们以前的1，2冠的V3折叠成功研究用从头算法3的ICM – Pro的分子建模软件包（Molsoft有限责任公司，拉霍亚，CA）的访问和建议，V3环的冠，专门从位置10至22，足够的灵活性和其侧翼茎长度的行为在很大程度上就好像它是一个不受约束的肽溶液中的折叠自由的好处。作为等，迅速AB只是这部分的任何个人的60000株的V3 环的从头折叠+循环HIV – 1毒株，可以翔实的。在这里，我们折叠的V3环的R2菌株，争取到其独特的性能结构基础的洞察力。 R2蕴藏着难得的V3环序列被认为是负责这株精湛的灵敏度，以中和病人血清和单克隆抗体，4， 5。应变介导CD4独立的感染和出现，引起广泛中和抗体。我们将演示如何评价结果的折叠可以在折叠与R2的观察免疫活动相关联的观察结构信息。
Protocol
Discussion
从头计算折叠揭示了高等教育的结构特性，这可能不是研究单个氨基酸顺序明显的影响。 R2 V3环冠几个先前晦涩的结构特性，揭示折叠模拟。这些观察到的结构的偏好可能关联与观察到的功能特性R2的应变，即灵敏度，以中和hyperinfectivity 5。
首先，一个清晰的β链N -末端的立场12-14 R2 V3的冠一半的趋势是观察。这是R2的应变不寻常的异亮氨酸，脯氨酸-蛋氨酸（IP…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
这项工作是支持的比尔和梅林达盖茨基金会（＃38631）和美国国立卫生研究院的资助，其中包括DP2 OD004631和R01 AI084119。
Materials
| Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| ICM-Pro | Molsoft LLC |
References
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