Summary

Konsensus Beyin kaynaklı protein, 2D-DIGE ve Mini 2DE İmmünoblotting Hem kullanma İnsan ve Kemirgen Beyin proteomun Çalışmaları Ekstraksiyon Protokolü

Published: April 10, 2014
doi:

Summary

İnsan ve fare beyin dokusu için üre / tiyoüre / SDS tamponu kullanılarak ortak bir protein ekstraksiyon protokolü sağlar: 2D-dige ve mini 2DE immunoblotting kendi müteakip özellik tayini ile protein indentification. Bu yöntem, insan biyopsi ve deneysel modellerden gerçekleştirilen daha güvenilir ve tekrarlanabilir sonuçlar elde etmek için bir olanak sağlar.

Abstract

İki boyutlu jel elektroforezi (2DE) potansiyel olarak farklı fizyolojik veya patolojik durumlar ile ilgili proteomdaki değişiklikleri ortaya çıkarmak için güçlü bir araçtır. Temel olarak, bu teknik, SDS poliakrilamid jel elektroforezi (SDS-PAGE) ile bir birinci aşamada, izoelektrik noktasına göre proteinlerin ayrılması, ve ikinci olarak, moleküler ağırlıklarına göre dayanmaktadır. Bu raporda insan post-mortem ve fare beyin dokusu az miktarda için optimize edilmiş bir numune hazırlama protokolü tarif edilmiştir. Bu yöntem, hem iki boyutlu, floresan fark jel elektroforezi (2D-DIGE) ve mini 2DE immünoboyama gerçekleştirmenizi sağlar. Bu yaklaşımların kombinasyonu tek bir kütle spektrometresi algılama ile uyumluluk için kendi ifadesi sayesinde yeni proteinler ve / veya protein değişiklikleri bulmak için değil sadece sağlar, aynı zamanda işaretçileri doğrulama yeni bir fikir. Böylece, mini 2DE sonrası belirlemek ve doğrulamak için batı lekeleme izin birleştiğinde-Translasyonel modifikasyonlar, protein katabolizma ve farklı koşullar ve / veya tedaviler arasında niteliksel bir karşılaştırma sağlar. Burada, bu tür amiloid beta-peptidi ve alfa-sinüklein olarak AD ve Lewy vücut demans bulunan protein agrega bileşenlerinin çalışma için bir yöntem sağlar. Önerilen yöntem, böylece proteomun analizi için uyarlanabilir ve çözünmeyen proteinler, çok insan beyin dokusu ve farenin modelleri çıkarmak. Buna paralel olarak, nörodejeneratif hastalıklar gibi olası yeni biyolojik belirteç ve terapötik hedefler yer moleküler ve hücresel yollarının çalışması için yararlı bilgiler sağlayabilir.

Introduction

Zihinsel ve nörolojik bozukluklar hastalık küresel yükünün% 13 temsil eden, patofizyolojik mekanizmaları, risk faktörleri ve prodromal biyomarkerler gibi yeni sorunlar 1 araştırılmalıdır. Bu amaç doğrultusunda, insan beyninin proteomiks çalışmalar fizyolojik hem de patolojik koşulları için değil, sadece hafıza, davranış, duygu ve örneğin nöronal plastisite gibi süreçlerde moleküler yolları ortaya çıkarmak için vazgeçilmez hale. Bu nedenle, hayvan modellerinin kullanımı ve daha özel olarak ise transgenik fareler, insan nörodejeneratif hastalıkların 2 etyolojisini taklit etmek mümkün olan geniş bir yelpazede getiriyor.

Proteomiks yaklaşımlar nörobilim alanında bu yeni perspektifler başarmak için günümüzde mevcuttur. İki boyutlu jel elektroforezi (2DE) Numunelerin geniş bir proteomesini karşılaştırma sağlayan bir kuvvetli ve muhtemelen basit bir yöntemdir. Ayrıca, aynı zamanda birbelirlemek amacıyla kompleks bir karışımdan bir proteini izole etmek ve ayrıca kütle spektrometresi ile analiz etmek için güçlü bir yöntem. (IEF) ile isoelectrofocusing izoelektrik noktası (pl) 'ye göre 1) protein ayırma: Bu teknik, esas olarak birbirini takip eden iki adımda oluşur. Daha özel olarak, bir elektrik potansiyeli arasındaki bir pH gradyanı Immobiline akrilamid şeritler arasında uygulanır ve daha sonra proteinler göç ve küresel net yük fonksiyonu olarak belirli bir pl odaklanacaktır. 2) Isoelectrically odaklı proteinler ilk yapısında, böylece proteinler SDS-PAGE ile 3 bunların görünür molekül ağırlığı (MW) bağlı olarak ayrılmış) denatüre edilmiş ve negatif sodyum dodesil sülfat (SDS ilavesiyle ücret. Bu iki farklı özellikler bize proteomun çalışmada daha ileri gitmek için bir çift değer mücadele verir. Bir yandan bu yaklaşım, minimal boyalar 2D-DIGE yöntemi kullanılarak, kantitatif analiz için imkanı sunar, ve diğer taraftan bir Nitelmini 2DE e analiz western blot bağlanmıştır.

2D-Dige ile kantitatif analiz protein ekspresyon tüm numune proteomun geçer bahşetmiştir. Kısaca, numuneler üç farklı dalga boylarında (mavi, yeşil ve kırmızı) de yayan üç siyaninler (Cy2, Cy3 ve Cy5) ile etiketli. N-hidroksi succinimidyl ester grubu içeren en az bir flor Bu boyalar, kovalent amid bağları 4 sonuçlanan protein lizinlerinin kalıntılarının ε-amino grubu ile reaksiyona girer. Lizin kalıntıları sadece% 1-3 arasında ve böylece protein başına birden fazla etiket ekleme ve büyük net ücret değişikliklerini 5, 6 önlenmesi etiketli. Cy3 ve Cy5 genellikle Cy2 karşılaştırma örneklerinin eşit oranda bir karışımı etiketler ise iki bağımsız örnekleri etiketlemek için kullanılır. İki ana avantajları, İşaretlenmiş örnekler karıştırılır ve IEF-PAGE ve SDS karşılaştırma jeller dolayı deneyler arasında en arası değişkenliği kaçınarak, her bir aşama için bir kerede bir jel içinde gerçekleştirilmektedir vardır. Ayrıca, protein 7 çevresinde 1 femtomole yüksek bir algılama eşiğini gösterir. Jeller taranır ve 2D yazılım Cy2, kütle spektrometrisi ile posterior tanımlanması için noktalar arasında istatistiksel farklılıklar tanımlamaya olanak sağlayan bir iç standart olarak hizmet 2B jel floresan görüntü karşılaştırır edilir. Dahili standart kullanarak 2B analiz yazılımı istatistiksel güvenliği 8 fazla% 95 örneği arasında fark% 10'dan daha az hızlı bir algılama sağlar.

Mini 2DE nitel analizi, protein karakterizasyonu için çok önemli bir adımdır. Prensibi daha önce pl ve MW ayrılması için anlatılan ile aynı olmakla birlikte, bu durumda, proteinlerin bir membran için küçük bir poliakrilamid jelinden aktarılır ve immunoblotting daha sonra gerçekleştirilir. Bir boyut jel elektroforezi bir ya da antikorun fonksiyonu informatio çeşitli protein epitoplar için protein ifadesindeki değişiklikler sağlarkenmini 2DE n iki ek parametreleri ile endows. İlk olarak, protein isovariants post-translasyonel modifikasyonlar yer alabilir belirten pl fonksiyonu olarak değişir. İkincisi, kütle spektrometresi kimlik makul zimogen ve proteinlerin katabolik ürünleri göstergesi olabilir. Bu nedenle, 2-dige ile gözlemlenen değişiklikler küresel proteom profilinde bir değişiklik altında yatan mekanizmaların gösterge muhtemeldir. Mini 2DE ile aynı proteini epitopiarı / s için çeşitli örnekler arasında İmmünoblotların Hizalanmalar asitliği az görülmüştür post-translasyon değişimleri içine ışık tutan bir değişiklik ya da değil monodimensional imünoblotlarını 9, 10 ile yansıtabilir. Ayrıca bu analiz metabolik kalıntılarının 11,12 pl ve MW bilgisi nedeniyle potansiyel yarılma bölgeleri hakkında bilgi verir.

Bu iki tekniğin kombinasyonu tamamlayıcı proteomiks analizini sağlar. Bir yandan, bir 2D-DIGE tipik değer elde edilirifade farklı polipeptidleri, tam bir izolasyon sağlar farklılıklar e. Bu farklılıklar, bir nokta ya da floresan jellerin analiz yazılımı, belirli bir tek yoğunluğunun artış / azalış görünümünü kayboluşu ya da esas olarak oluşur. Bununla birlikte, tek başlarına bu gözlemler gözlenen değişiklik doğasını açıklamak için olası değildir. En isovariant / izoformu seviyesindeki değişiklik: polipeptid izole edilmiş ve kütle spektrometresi ile tanımlanır kez Bu nedenlerle, mini 2DE kullanılmasıdır) tam olarak 1 onaylamak için izole proteinin kimliğini ve farkın 2) doğasını sağlar Örneğin ekspresyon, post-translasyonel modifikasyonlar ve bölünme işlemleri. Ancak, çok farklı olan ekstraksiyon protokollerin kullanımından kaynaklanan potansiyel dispersiyonlar sınırlamak amacıyla 2D-dige ve mini 2DE uyumlu hem de bir başlangıç ​​lizis tamponu geliştirmek için gereklidir.

Bu yazıda, biz de2D-dige ve insan ve fare beyin dokusundan gelen proteinler için mini 2DE tekniklerinin hazırlanması, ekstre etme ve performans için uyarlanmış bir protokol açıklandığı.

Protocol

1.. Homojenizasyon İnsan ve Fare Beyin Dokusu Toplam Protein Ekstraksiyon Beyin dokusu homojen hale getirilmesi. Bir (insan örnekleri için) potter cam veya (farenin örnekleri için) teflon homojenleştirici kullanılarak beyin dokusu% 10 (w / v), 8 M üre içinde, 2 M tioüre ve a / h SDS tamponu (UTS)% 1 homojenize. 60 Hz toplam doku parçalanması 13, 14 için 0.5 saniye başvuran bir ultrason jeneratörü ile 30 darbeler sonikasyon. Standart olarak BSA kullanılarak Bradford tayini …

Representative Results

İdeal bir tampon proteinlerin% 100, özellikle membran-ilişkili veya hücre iskeleti proteinleri kurtarmak için var yana beyin dokusu üzerine Proteomiks zorlu kalır. Deneylerin ilk seti proteinin büyük bir panel kurtarmak sağlayan iki yaklaşım ile uyumlu uygun bir parçalama tamponu için arama üzerinde duruldu. Böylece, üç lizis tampon, en uygun olanı belirlemek için analiz edilmiştir. İlk olarak,% 1 ile 10 mM (w / v) SDS (Şekil 1A), ortak biyokimyasal ve moleküler biyoloji tampon T…

Discussion

Proteinlerinin patolojik ifadesi değişiklikleri keşfetmek, biyomarkerler için arama ve farmakolojik hedefler için potansiyel yolların modülasyon neuroproteomics amaçları arasındadır 30 yaklaşır. Gelişmekte olan araçları ortasında, 2DE alan bir gelecek vaat expectative ekler. Bununla birlikte, bir konsensüs değişkenliği en aza indirmek ve deneylerde tekrarlanabilirliği artırmak amacıyla ulaşılmalıdır. Bu fikrin doğrultusunda 2D-dige (Şekil 2) ve mono-boyutlu immun…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Bu çalışma INSERM, Lille 2 Üniversitesi tarafından desteklenen, MEDIALZ, LabEx (mükemmellik laboratuvar program geleceğe yatırım) ve DISTALZ (Alzheimer hastalığı için bir Transdisipliner yaklaşım Yenilikçi Stratejilerinin Geliştirilmesi). FJ.FG anda ANR (Fransız Ulusal Araştırma Ajansı / NeuroSplice de Tau 01 Projet Deurne-2010-BLAN-1114) bir alıcı dostluk olduğunu, ancak bu çalışma JCCM (İspanya) bir hibe desteği altında da oldu.

Materials

CyDye DIGE FLUOR MIN KIT 5nmol 1 * 5 Nmo GE Healtcare 25-8010-65
Immobiline DryStrip GE Healtcare Reference in function of the pH interval/size
IPG Buffer, pH X-X GE Healtcare Reference in function of the pH interval desired
AMBERLITE IRN-150L MIXED BED RESIN 1  GE Healtcare 551797N
DRYSTRIP COVER FLUID IMMOBILINE 1 * 1 l GE Healtcare 17-1335-01
KIT BOX IPG 1 * 1 KIT GE Healtcare 28-9334-92 Plastic box to make the passive rehydration 
MILLEX GS Filter Millipore SLGS033SB
Criterion XT Precast Gels 13.3 x 8.7 cm (W x L) Bio-Rad Reference in function of the MW to separate
IPGphor III Isoelectric Focusing Unit GE Healtcare 11-0033-64
Ettan DALTsix Large Electrophoresis System GE Healtcare 80-6485-08 
OneTouch 2D Gel SpotPicker 1.5 mm  Gel Company P2D1.5

References

  1. Collins, P. Y., et al. Grand challenges in global mental health. Nature. 475, 27-30 (2011).
  2. De Deyn, P. P., Van Dam, D., Sergeant, N., Buée, L. . Animal Models of Dementia Vol. 48 Neuromethods 449-468. , 449-468 (2011).
  3. O’Farrell, P. H. High resolution two-dimensional electrophoresis of proteins. J Biol Chem. 250, 4007-4021 (1975).
  4. Riederer, B. M. Non-covalent and covalent protein labeling in two-dimensional gel electrophoresis. J Proteomics. 71, 231-244 (2008).
  5. Marouga, R., David, S., Hawkins, E. The development of the DIGE system: 2D fluorescence difference gel analysis technology. Anal Bioanal Chem. 382, 669-678 (2005).
  6. Westermeier, R., Scheibe, B. Difference gel electrophoresis based on lys/cys tagging. Methods Mol Biol. 424, 73-85 (2008).
  7. Gong, L., et al. Drosophila ventral furrow morphogenesis: a proteomic analysis. Development. 131, 643-656 (2004).
  8. Gharbi, S., et al. Evaluation of two-dimensional differential gel electrophoresis for proteomic expression analysis of a model breast cancer cell system. Mol Cell Proteomics. 1, 91-98 (2002).
  9. Ando, K., et al. Tau pathology modulates Pin1 post-translational modifications and may be relevant as biomarker. Neurobiol Aging. 34, 757-769 (2013).
  10. Bretteville, A., et al. Two-dimensional electrophoresis of tau mutants reveals specific phosphorylation pattern likely linked to early tau conformational changes. PLoS One. 4, 4843 (2009).
  11. Sergeant, N., et al. Two-dimensional characterization of paired helical filament-tau from Alzheimer’s disease: demonstration of an additional 74-kDa component and age-related biochemical modifications. J Neurochem. 69, 834-844 (1997).
  12. Sergeant, N., et al. Different distribution of phosphorylated tau protein isoforms in Alzheimer’s and Pick’s diseases. FEBS Lett. 412, 578-582 (1997).
  13. Rabilloud, T., Luche, S., Santoni, V., Chevallet, M. Detergents and chaotropes for protein solubilization before two-dimensional electrophoresis. Methods Mol Biol. 355, 111-119 (2007).
  14. Wrobel, K., Caruso, J. A. Pretreatment procedures for characterization of arsenic and selenium species in complex samples utilizing coupled techniques with mass spectrometric detection. Anal Bioanal Chem. 381, 317-331 (2005).
  15. McCarthy, J., et al. Carbamylation of proteins in 2-D electrophoresis–myth or reality. J Proteome Res. 2, 239-242 (2003).
  16. Chafey, P., et al. Proteomic analysis of beta-catenin activation in mouse liver by DIGE analysis identifies glucose metabolism as a new target of the Wnt pathway. Proteomics. 9, 3889-3900 (2009).
  17. Kahn, J. E., et al. Comparative proteomic analysis of blood eosinophils reveals redox signaling modifications in patients with FIP1L1-PDGFRA-associated chronic eosinophilic leukemia. J Proteome Res. 10, 1468-1480 (2011).
  18. Pottiez, G., et al. A large-scale electrophoresis- and chromatography-based determination of gene expression profiles in bovine brain capillary endothelial cells after the re-induction of blood-brain barrier properties. Proteome Sci. 8, 57 (2010).
  19. Stochaj, W. R., Berkelman, T., Laird, N. Preparative 2D Gel Electrophoresis with Immobilized pH Gradients: IPG Strip Equilibration. CSH Protoc. , (2006).
  20. Azimzadeh, O., et al. Formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) proteome analysis using gel-free and gel-based proteomics. J Proteome Res. 9, 4710-4720 (2010).
  21. Singh, S., et al. Identification of the p16-Arc subunit of the Arp 2/3 complex as a substrate of MAPK-activated protein kinase 2 by proteomic analysis. J Biol Chem. 278, 36410-36417 (2003).
  22. Rabilloud, T. Use of thiourea to increase the solubility of membrane proteins in two-dimensional electrophoresis. Electrophoresis. 19, 758-760 (1998).
  23. Molloy, M. P., et al. Extraction of membrane proteins by differential solubilization for separation using two-dimensional gel electrophoresis. Electrophoresis. 19, 837-844 (1998).
  24. Ericsson, C., Peredo, I., Nister, M. Optimized protein extraction from cryopreserved brain tissue samples. Acta Oncol. 46, 10-20 (2007).
  25. Shaw, M. M., Riederer, B. M. Sample preparation for two-dimensional gel electrophoresis. Proteomics. 3, 1408-1417 (2003).
  26. Ye, X., et al. Optimization of protein solubilization for the analysis of the CD14 human monocyte membrane proteome using LC-MS/MS. J Proteomics. 73, 112-122 (2009).
  27. Centlow, M., Hansson, S. R., Welinder, C. Differential proteome analysis of the preeclamptic placenta using optimized protein extraction. J Biomed Biotechnol. 2010, 458-748 (2010).
  28. Perdew, G. H., Schaup, H. W., Selivonchick, D. P. The use of a zwitterionic detergent in two-dimensional gel electrophoresis of trout liver microsomes. Anal Biochem. 135, 453-455 (1983).
  29. Schindowski, K., et al. Alzheimer’s disease-like tau neuropathology leads to memory deficits and loss of functional synapses in a novel mutated tau transgenic mouse without any motor deficits. Am J Pathol. 169, 599-616 (2006).
  30. Veenstra, T. D., Marcus, K. Multidimensional advancement of neuroproteomics. Expert Rev Proteomics. 5, 149-151 (2008).
  31. Hernandez-Hernandez, O., et al. Myotonic dystrophy CTG expansion affects synaptic vesicle proteins, neurotransmission and mouse. 136, 957-970 (2013).
  32. Deramecourt, V., et al. Biochemical staging of synucleinopathy and amyloid deposition in dementia with Lewy bodies. J Neuropathol Exp Neurol. 65, 278-288 (2006).
  33. Tofaris, G. K., Razzaq, A., Ghetti, B., Lilley, K. S., Spillantini, M. G. Ubiquitination of alpha-synuclein in Lewy bodies is a pathological event not associated with impairment of proteasome function. J Biol Chem. 278, 44405-44411 (2003).
  34. Sergeant, N., et al. Truncated beta-amyloid peptide species in pre-clinical Alzheimer’s disease as new targets for the vaccination approach. J Neurochem. 85, 1581-1591 (2003).
  35. Le Freche, H., et al. Tau phosphorylation and sevoflurane anesthesia: an association to postoperative cognitive impairment. Anesthesiology. 116, 779-787 (2012).
  36. Leboucher, A., et al. Detrimental effects of diet-induced obesity on tau pathology are independent of insulin resistance in tau transgenic mice. Diabetes. 62, 1681-1688 (2013).
  37. Deramecourt, V., et al. Clinical, neuropathological, and biochemical characterization of the novel tau mutation P332S. J Alzheimers Dis. 31, 741-749 (2012).
  38. Birdsill, A. C., Walker, D. G., Lue, L., Sue, L. I., Beach, T. G. Postmortem interval effect on RNA and gene expression in human brain tissue. Cell Tissue Bank. 12, 311-318 (2011).
  39. Bell, J. E., et al. Management of a twenty-first century brain bank: experience in the BrainNet Europe consortium. Acta Neuropathol. 115, 497-507 (2008).
  40. Crecelius, A., et al. Assessing quantitative post-mortem changes in the gray matter of the human frontal cortex proteome by 2-D DIGE. Proteomics. 8, 1276-1291 (2008).
  41. Swatton, J. E., Prabakaran, S., Karp, N. A., Lilley, K. S., Bahn, S. Protein profiling of human postmortem brain using 2-dimensional fluorescence difference gel electrophoresis (2-D DIGE). Mol Psychiatry. 9, 128-143 (2004).
  42. Viswanathan, S., Unlu, M., Minden, J. S. Two-dimensional difference gel electrophoresis. Nat Protoc. 1, 1351-1358 (2006).
  43. Tannu, N. S., Hemby, S. E. Two-dimensional fluorescence difference gel electrophoresis for comparative proteomics profiling. Nat Protoc. 1, 1732-1742 (2006).

Play Video

Cite This Article
Fernandez-Gomez, F., Jumeau, F., Derisbourg, M., Burnouf, S., Tran, H., Eddarkaoui, S., Obriot, H., Dutoit-Lefevre, V., Deramecourt, V., Mitchell, V., Lefranc, D., Hamdane, M., Blum, D., Buée, L., Buée-Scherrer, V., Sergeant, N. Consensus Brain-derived Protein, Extraction Protocol for the Study of Human and Murine Brain Proteome Using Both 2D-DIGE and Mini 2DE Immunoblotting. J. Vis. Exp. (86), e51339, doi:10.3791/51339 (2014).

View Video