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Evaluación de la inmunológicamente relevantes características dinámicas estructurales Terciario de la pandemia del VIH-1 secuencia de bucle V3 R2 Corona Ab initio Plegable
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JoVE 杂志 免疫与感染
Assessment of Immunologically Relevant Dynamic Tertiary Structural Features of the HIV-1 V3 Loop Crown R2 Sequence by ab initio Folding
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Evaluación de la inmunológicamente relevantes características dinámicas estructurales Terciario de la pandemia del VIH-1 secuencia de bucle V3 R2 Corona Ab initio Plegable

DOI:
10.3791/2118-v

•

10:50 min

•

September 15, 2010

•

,
1Department of Pharmacology,School of Medicine, New York University

Chapters

  • 00:00Title
  • 01:07Introduction
  • 01:57R2 HIV-1 Strain V3 Loop ab initio Folding via the ICM-Pro GUI
  • 04:19R2 HIV-1 Strain V3 Loop ab initio Folding via the ICM-Pro Command Line
  • 06:35 ab initio Folding Data Analysis
  • 08:41Representative Results for R2 HIV-1 Strain V3 Loop ab initio Folding
  • 09:59Conclusion

Summary

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La región de la corona de las diferentes secuencias V3 bucle de la glicoproteína de superficie (gp120) del VIH-1 puede ser caracterizado estructuralmente en muchos casos en el plegamiento in silico de las posiciones 10 a 22 del ciclo con un estado de la técnica<em> Ab initio</em> Plegables algoritmo. Aquí se demuestra el plegado y la evaluación de esta región del bucle V3 de la cepa R2 del VIH-1, una cepa de neutralización únicamente sensible con desconcertantes propiedades funcionales.

Tags

HIV-1V3 LoopCrownAb Initio FoldingTertiary StructureAntigenic DiversityVaccine DesignEnvelope GlycoproteinCrystallographyNMRMolecular Modeling Software PackageFlexibilityFlanking StemsPeptide FoldingSolutionIndividual StrainCirculating Strains

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