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mirMachine: A One-Stop Shop for Plant miRNA Annotation
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mirMachine: Una ventanilla única para la anotación de miARN de plantas

DOI:
10.3791/62430-v

•

06:16 min

•

May 01, 2021

•

, ,
1U.S. Department of Agriculture – Agricultural Research Service, Western Regional Research Center,Crop Improvement and Genetics Research Unit, CA, USA, 2Montana BioAgriculture Inc., Missoula, MT, USA

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 01:05The miRNA Machine (mirMachine) Setup and Testing
  • 02:23Homology-Based and Novel miRNA Identification
  • 03:42Advance Parameters
  • 04:35Results: Performance Evaluation of the mirMachine
  • 05:34Conclusion

Summary

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Aquí, presentamos una nueva y totalmente automatizada tubería de miARN, mirMachine que 1) puede identificar miARN conocidos y novedosos con mayor precisión y 2) está totalmente automatizada y disponible gratuitamente. Los usuarios ahora pueden ejecutar un breve script de envío para ejecutar la canalización mirMachine totalmente automatizada.

Tags

Keywords: MirMachinePlant MiRNA AnnotationComputational IdentificationHigh SensitivityHigh SpecificityAutomatedFreely AvailableGenome-wide DistributionPreliminary DataSoftware DependenciesTest DataHairpinsMature MiRNAPre-miRNAMiRNA Star SequencesChromosomesHomology-based IdentificationSRNA-seqFASTQFASTAAdapter TrimmingAbundance Table

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