Корона области различных петли V3 последовательности гликопротеина поверхности оболочки (gp120) ВИЧ-1 может быть структурно характеризуется во многих случаях в кремнии складывания позиции 10 по 22 цикле, используя состоянии современных<em> Неэмпирических</em> Складной алгоритма. Здесь мы показываем, складные и оценки этой области петли V3 от R2 штамма ВИЧ-1, однозначно нейтрализации чувствительного штамма с загадочным функциональными свойствами.
Abstract
Антигенного разнообразия ВИЧ-1 уже давно препятствием для вакцины дизайн, и эта изменчивость особенно проявляется в цикле V3 поверхностных гликопротеинов конверт вируса. Ранее мы предложили корону петля V3, хотя динамичной и последовательность переменной, ограничивается для всего населения ВИЧ-1, вирусов на иммунологически соответствующих β-шпильки третичной структуры. Важно отметить, что Существуют тысячи различных последовательностей петля V3 корону в циркулирующих ВИЧ-1, вирусов, что делает 3D-структурные характеристики тенденции в разнообразие вирусов трудно или невозможно по кристаллографии или ЯМР. Наши предыдущие успешные исследования с переносом V3 корона 1, 2, используемый алгоритм неэмпирических3 доступны в ICM-Pro молекулярной пакет программного обеспечения для моделирования (Molsoft LLC, Ла-Хойя, Калифорния) и предложил корону петли V3, в частности, от должности от 10 до 22, льгот достаточно от гибкости и длина его стеблей фланговые вести себя в значительной степени, как если бы это было неограниченным пептид свободно складывающиеся в растворе. Таким образом, быстрое неэмпирического складывания только эта часть петли V3 любого человека штамм 60000 + циркулирующих ВИЧ-1 штаммы могут быть информативными. Здесь мы сложенном петли V3 R2 напрягаться, чтобы вникнуть в структурную основу его уникальные свойства. R2 медведи редкими последовательность петля V3 считается ответственным за изысканной чувствительности этого штамма к нейтрализации сывороток пациентов и моноклональных антител, 4, 5. Напряжение посредником CD4-независимых инфекции и, похоже, вызывают широко нейтрализующих антител. Мы показываем, как оценка результатов складывания может быть информативным для связывания наблюдаемые структуры в складной с иммунологическими деятельности наблюдается R2.
Protocol
1. Методология Первый шаг протокола, чтобы выбрать V3 последовательность корону вы желаете сдаться в кремнии. Для R2 напряжения, последовательность для этого фрагмента KSIPMGPGRAFYT. 3D атомной структуры пептид, соответствующий этой последовательности должен быть построен в виртуал…
Discussion
НЕЭМПИРИЧЕСКОЕ складной показывает третичного структурные свойства, последствия которых не может быть видно из изучения отдельных аминокислот последовательно. Несколько ранее неясных структурные свойства R2 петли V3 корону выявлены путем складывания моделирования. Эти наблюдаю…
Offenlegungen
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
Работа выполнена при поддержке грантов от Фонда Билла и Мелинды Гейтс (# 38631) и NIH, в том числе DP2 OD004631 и R01 AI084119.
Almond, D., Cardozo, T. Assessment of Immunologically Relevant Dynamic Tertiary Structural Features of the HIV-1 V3 Loop Crown R2 Sequence by ab initio Folding. J. Vis. Exp. (43), e2118, doi:10.3791/2118 (2010).