La osteoartritis (OA) es una de las enfermedades musculoesqueléticas más frecuentes, que afecta a los pacientes que sufren de dolor y limitaciones físicas. La evidencia reciente indica un componente inflamatorio potencial de la enfermedad, con células T y monocitos/macrófagos potencialmente asociados con la patogénesis de OA. Otros estudios postularon un papel importante para subconjuntos de linajes celulares inflamatorios, como Th1, Th2, Th17 y linfocitos reguladores de T, y M1, M2 y macrófagos residentes en tejidos sinovium. Sin embargo, se desconoce la interacción entre la respuesta celular inflamatoria sinovial y sistémica local y los cambios estructurales en la articulación. Para entender completamente cómo las células T y los monocitos/macrofagos contribuyen hacia el OA, es importante ser capaz de identificar cuantitativamente estas células y sus subconjuntos simultáneamente en el tejido sinovial, los órganos linfáticos secundarios y sistémicamente (el bazo y la médula ósea). Hoy en día, los diferentes subconjuntos de células inflamatorias se pueden identificar mediante una combinación de marcadores de superficie celular haciendo de la citometría de flujo multicolor una técnica poderosa en la investigación de estos procesos celulares. En este protocolo, describimos pasos detallados con respecto a la cosecha de tejido sinovial y órganos linfáticos secundarios, así como la generación de suspensiones de una sola célula. Además, presentamos tanto un ensayo de tinción extracelular para identificar monocitos/macrofagos y sus subconjuntos, así como un ensayo de tinción extra e intracelular para identificar las células T y sus subconjuntos dentro del bazo murino, la médula ósea, los ganglios linfáticos y el tejido sinovial. Cada paso de este protocolo fue optimizado y probado, resultando en un ensayo altamente reproducible que se puede utilizar para otros modelos de ratón OA quirúrgicos y no quirúrgicos.