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11.11:

CRISPR e crRNAs

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Biologie moléculaire
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CRISPR and crRNAs

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I batteri continuamente affrontano infezioni da parte di virus batteriofagi, virus che infettano i batteri. Per affrontare questa minaccia, i batteri hanno sviluppato un sofisticato sistema di immunità adattativa noto come il sistema CRISPR-Cas per distruggere il DNA batteriofago in caso di reinfezione. Il sistema prevede tre diversi processi:l’incorporazione del segmento del DNA batteriofago nel genoma batterico, la produzione del CRISPR RNA e la proteina Cas e la scissione mediata da CRISPR RNA-CAS del DNA batteriofago.Quando un batteriofago é in azione, esso si attacca alla superficie della cellula batterica e inserisce il suo DNA nei batteri che vengono poi scissi dal sistema batterico. Un breve segmento del DNA del batteriofago viene quindi aggiunto in regioni specifiche del genoma batterico chiamate CRISPR-o ripetizioni palindromiche brevi e interspaziate regolarmente in cluster. Queste sono regioni genomiche in cui le ripetizioni di sequenza batterica sono intervallate dalle brevi sequenze spaziatrici variabili da diversi batteriofagi.Queste sequenze spaziatrici servono come memoria per i batteri di tutti i batteriofagi che hanno precedentemente attaccato. I batteri usano sequenze spaziatrici per identificare e distruggere rapidamente il DNA da un particolare tipo di batteriofago se li attacca di nuovo. Le trascrizioni della regione CRISPR vengono processate per produrre molecole di RNA CRISPR intorno a 30 nucleotidi lunghi che contengono lo spaziatore e la sequenza di ripetizione batterica vicina.Il CRISPR associato, o sistemi Cas, codificano la proteina Cas. Questa proteina Cas poi si associa con la molecola CRISPR RNA per formare un complesso ribonucleoproteico. Quandolo stesso tipo di batteriofago attacca di nuovo, il suo DNA è riconosciuto dalla sua specifica sequenza spaziatrice presente nell’RNA CRISPR.La proteina CAS associata allora, o da sola o con l’aiuto di proteine multiple, taglia entrambi i filamenti del DNA del batteriofago. I principi del sistema Cas CRISPR e dei suoi componenti possono essere utilizzati per abbattere o modificare qualsiasi gene in un organismo che utilizza il suo RNA guida complementare. Diversi tipi di sistema Cas CRISPR sono presenti in batteri e arcaea.Tra questi, il sistema CRISPR Cas9 è uno dei più studiati e ampiamente utilizzato per diverse applicazioni pratiche in quanto può essere facilmente ed efficacemente riprogrammato per avere diversi geni come target.

11.11:

CRISPR e crRNAs

Bacteria and archaea are susceptible to viral infections just like eukaryotes; therefore, they have developed a unique adaptive immune system to protect themselves. Clustered regularly interspaced short palindromic repeats and CRISPR-associated proteins (CRISPR-Cas) are present in more than 45% of known bacteria and 90% of known archaea.

The CRISPR-Cas system stores a copy of foreign DNA in the host genome and uses it to identify the foreign DNA upon reinfection. CRISPR-Cas has three different stages to attack a reinfecting virus. In the acquisition stage, the protospacer region of viral DNA is cleaved by CRISPR systems. The specific protospacer region is identified for cleavage with the help of a protospacer adjacent motif (PAM) present in the target viral DNA. The cleaved protospacer sequence is then incorporated into the bacterial CRISPR locus.  In the expression stage, the CRISPR and CAS genes are transcribed to produce pre-CRISPR RNA (crRNA) and the Cas mRNA. The pre-crRNA is then processed to produce mature crRNA. In the interference stage, crRNA and the translated Cas protein form a ribonucleoprotein complex that targets and cleaves the viral DNA in a sequence-specific manner.

CRISPR-Cas systems can be divided into three distinct types characterized by their Cas protein types. In Type I systems, Cas3 has helicase as well as nuclease activity. Multiple additional Cas proteins create a double-stranded break in viral DNA. In Type II systems, the nuclease Cas9 acts alone to cleave the DNA. In addition to crRNA, Type II systems also have trans-activating CRISPR RNA (tracrRNA) which is required for the maturation of the crRNA.  In Type III systems, Cas10 has an unknown function, but like the type I system, it needs multiple proteins for the DNA cleavage. The type III system can also target RNA for cleavage. Type I and Type III are found in both bacteria and archaea, while to date type II has been only found in bacteria. Compared to conventional genome editing techniques like restriction enzymes, the CRISPR-Cas system is simpler to use can target multiple genes in the same experiment.; therefore, it has emerged as a powerful genetic engineering tool and is widely being used to modify the genome of both prokaryotic and eukaryotic organisms.

Suggested Reading

  1. Thurtle‐Schmidt, Deborah M., and Te‐Wen Lo. "Molecular biology at the cutting edge: a review on CRISPR/CAS9 gene editing for undergraduates." Biochemistry and Molecular Biology Education 46, no. 2 (2018): 195-205.
  2. Rath, Devashish, Lina Amlinger, Archana Rath, and Magnus Lundgren. "The CRISPR-Cas immune system: biology, mechanisms and applications." Biochimie 117 (2015): 119-128.
  3. Wang, Haifeng, Marie La Russa, and Lei S. Qi. "CRISPR/Cas9 in genome editing and beyond." Annual Review of Biochemistry 85 (2016): 227-264.
  4. Adli, Mazhar. "The CRISPR tool kit for genome editing and beyond." Nature Communications 9, no. 1 (2018): 1-13.