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Comprendre comment les plantes et les agents pathogènes interagissent, et si cette interaction aboutit à la défense ou à la maladie, est nécessaire pour développer des stratégies plus solides et plus durables pour la santé des plantes. Les progrès des méthodes qui permettent d’imager plus efficacement les échantillons d’agents phytopathogènes pendant l’infection et la colonisation ont donné lieu à des outils tels que le test de la gaine de feuille de riz, qui a été utile pour surveiller l’infection et les événements de colonisation précoce entre le riz et l’agent pathogène fongique, Magnaporthe oryzae. Cet agent pathogène hémi-biotrophe provoque de graves pertes de maladies dans le riz et les monocotylédones apparentées, y compris le mil, le seigle, l’orge et, plus récemment, le blé. Le test de la gaine foliaire, lorsqu’il est effectué correctement, donne une section de plante optiquement claire, plusieurs couches d’épaisseur, ce qui permet aux chercheurs d’effectuer une imagerie de cellules vivantes lors d’une attaque pathogène ou de générer des échantillons fixes colorés pour des caractéristiques spécifiques. Les études cellulaires détaillées sur l’interaction orge-M. oryzae ont pris du retard par rapport à celles de l’hôte du riz, malgré l’importance croissante de cette céréale comme source de nourriture pour les animaux et les humains et comme boissons fermentées. Il est rapporté ici le développement d’un test de gaine de feuilles d’orge pour des études complexes des interactions de M. oryzae au cours des 48 premières heures suivant l’inoculation. Le dosage de la gaine foliaire, quelle que soit l’espèce étudiée, est délicat; Un protocole qui couvre tout, des conditions de croissance de l’orge à l’obtention d’une gaine foliaire, en passant par l’inoculation, l’incubation et l’imagerie de l’agent pathogène sur les feuilles des plantes. Ce protocole peut être optimisé pour le dépistage à haut débit en utilisant quelque chose d’aussi simple qu’un smartphone à des fins d’imagerie.