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Formaldehído-asistida aislamiento de elementos reguladores para medir accesibilidad de la cromatina en células de mamíferos
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Formaldehyde-assisted Isolation of Regulatory Elements to Measure Chromatin Accessibility in Mammalian Cells
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Formaldehído-asistida aislamiento de elementos reguladores para medir accesibilidad de la cromatina en células de mamíferos

DOI:
10.3791/57272-v

•

08:08 min

•

April 02, 2018

•

, , , ,
1Department of Oncohematology and Genetics. Institute of Biomedicine of Seville (IBiS),University Hospital Virgen del Rocío, 2Institute of Biochemistry, Medical Faculty, Friedrichstrasse 24, Member of the German Center for Lung Research,Justus-Liebig-University

Chapitres

  • 00:04Titre
  • 01:03Formaldehyde Crosslinking and Cell Harvesting
  • 02:18Cell Lysis and Chromatin Fragmentation
  • 03:25De-crosslinking of Control DNA
  • 04:04Phenol: Chloroform Purification of DNA
  • 06:44Results: Chromatin Accessibility Quantified
  • 07:29Conclusion

Summary

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La plasticidad de la arquitectura nuclear es controlada por mecanismos epigenéticos dinámicos incluyendo no-codificación RNAs, ADN metilación, nucleosoma reposicionamiento como histona composición y modificación. Aquí se describe un protocolo de aislamiento Formaldehyde-Assisted de elementos regulatorios (FAIRE) que permite la determinación de la accesibilidad de la cromatina de forma reproducible, barata y sencilla.

Tags

Chromatin AccessibilityFormaldehyde-assisted IsolationRegulatory ElementsMammalian CellsDNA-protein Cross-linkingChromatin RemodelingFAIRESonicationChromatin Fragmentation

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