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甲醛辅助分离测定哺乳动物细胞染色质可及性的调控元素

Journal JoVE
Génétique

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Formaldehyde-assisted Isolation of Regulatory Elements to Measure Chromatin Accessibility in Mammalian Cells

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甲醛辅助分离测定哺乳动物细胞染色质可及性的调控元素

DOI:

10.3791/57272-v

•

08:08 min

•

April 02, 2018

•

Alfonso Rodríguez-Gil, Tabea Riedlinger, Olesja Ritter, Vera V. Saul, M. Lienhard Schmitz

¹Department of Oncohematology and Genetics. Institute of Biomedicine of Seville (IBiS),University Hospital Virgen del Rocío, ²Institute of Biochemistry, Medical Faculty, Friedrichstrasse 24, Member of the German Center for Lung Research,Justus-Liebig-University

Chapitres

00:04Titre
01:03Formaldehyde Crosslinking and Cell Harvesting
02:18Cell Lysis and Chromatin Fragmentation
03:25De-crosslinking of Control DNA
04:04Phenol: Chloroform Purification of DNA
06:44Results: Chromatin Accessibility Quantified
07:29Conclusion

Summary

Traduction automatique

核结构的可塑性受动态后生机制的控制, 包括非编码 rna、DNA 甲基化、核重新定位以及组蛋白组成和修饰。在这里, 我们描述了甲醛辅助的调控元素 (自由放任) 协议的隔离, 它允许以可重现、廉价和直截了当的方式确定染色质的可访问性。

Tags

Keywords: Chromatin Accessibility Formaldehyde-assisted Isolation Regulatory Elements Mammalian Cells DNA-protein Cross-linking Chromatin Remodeling FAIRE Sonication Chromatin Fragmentation

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