Her beskriver vi beregningsverktøy og metoder som tillater visualisering og analyse av tre og firedimensjonale bildedata av museembryoer i sammenheng med aksial forlengelse og segmentering, oppnådd ved optisk totoprojeksjonstomografi, og ved levende avbildning og helmontert immunfluorescensfarging ved hjelp av multifotonmikroskopi.