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从头 使用核糖体分析数据识别主动翻译的开放阅读框
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Biologie
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Journal JoVE Biologie
De novo Identification of Actively Translated Open Reading Frames with Ribosome Profiling Data
DOI:

08:23 min

February 18, 2022

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Chapitres

  • 00:04Introduction
  • 01:01Environment Setup and RiboCode Installation
  • 01:23Data Preparation
  • 03:35Removing Ribosomal RNA Contamination
  • 03:59Aligning the Clean Reads to the Genome
  • 04:25Size Selection of Ribosome Protected Fragments, Identification of P-Sites, and De novo Annotate Translating Open Reading Frames
  • 04:59Results: Identification of the Novel Open Reding Frames (ORFs) with the Application of RiboCode
  • 07:20Conclusion

Summary

Traduction automatique

翻译核糖体将每个密码子的三个核苷酸解码为肽。它们沿着mRNA的运动,通过核糖体分析捕获,产生表现出特征性三重态周期性的足迹。该协议描述了如何使用RiboCode从核糖体分析数据中破译这一突出特征,以识别全转录组水平上主动翻译的开放阅读框。

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