Journal
/
Biologie
/
De novo Identificatie van actief vertaalde open leesframes met ribosoomprofileringsgegevens
Journal JoVE
Biologie
Author Produced
Un abonnement à JoVE est nécessaire pour voir ce contenu.  Connectez-vous ou commencez votre essai gratuit.
Journal JoVE Biologie
De novo Identification of Actively Translated Open Reading Frames with Ribosome Profiling Data
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

De novo Identificatie van actief vertaalde open leesframes met ribosoomprofileringsgegevens

DOI:
10.3791/63366-v

•

08:23 min

•

February 18, 2022

•

, , ,
1School of Basic Medical Sciences,Xi’an Jiaotong University Health Science Center, 2MOE Key Laboratory of Bioinformatics, Center for Synthetic and Systems Biology, School of Life Sciences,Tsinghua University, 3Joint Graduate Program of Peking-Tsinghua-National Institute of Biological Science

Chapitres

  • 00:04Introduction
  • 01:01Environment Setup and RiboCode Installation
  • 01:23Data Preparation
  • 03:35Removing Ribosomal RNA Contamination
  • 03:59Aligning the Clean Reads to the Genome
  • 04:25Size Selection of Ribosome Protected Fragments, Identification of P-Sites, and De novo Annotate Translating Open Reading Frames
  • 04:59Results: Identification of the Novel Open Reding Frames (ORFs) with the Application of RiboCode
  • 07:20Conclusion

Summary

Traduction automatique

Traduction automatique

Het vertalen van ribosomen decodeert drie nucleotiden per codon in peptiden. Hun beweging langs mRNA, vastgelegd door ribosoomprofilering, produceert de voetafdrukken die karakteristieke triplet periodiciteit vertonen. Dit protocol beschrijft hoe RiboCode te gebruiken om deze prominente functie te ontcijferen uit ribosoomprofileringsgegevens om actief vertaalde open leesframes op het niveau van het hele transcriptoom te identificeren.

Tags

Keywords: Ribosome ProfilingTranslationOpen Reading FramesGenome-wideRiboCodeMRNAAnnotationRRNASequence Read ArchiveAlignment

Article

Embed

AJOUTER À LA PLAYLIST

Usage Statistics

Vidéos Connexes

check_url/fr/63366?article_type=v

Proteïne WIJSHEID: Een Workbench voor<em> In silico</em><em> De novo</em> Ontwerp van biomoleculen
check_url/fr/63366?article_type=v

Analyse van de translatie-initiatie tijdens stress Voorwaarden door polysome Profiling
check_url/fr/63366?article_type=v

Workflow voor High-inhoud, individuele cel Kwantificering van fluorescente merkers van Universal Microscoop gegevens, Ondersteund door Open Source Software
check_url/fr/63366?article_type=v

Chromatine immunoprecipitatie assay voor de identificatie van Arabidopsis eiwit-DNA interacties<em> In Vivo</em
check_url/fr/63366?article_type=v

Een eenvoudige methode voor Plant polysoomdisplays Profiling
check_url/fr/63366?article_type=v

Cellular Redox Profiling Met High-Content Microscopy
check_url/fr/63366?article_type=v

De analyse van de promotor van de plant: Identificatie en karakterisering van Root knobbeltje specifieke promotor in de gemeenschappelijke Boon
check_url/fr/63366?article_type=v

DOVO Generatie van somatische stamcellen door YAP/TAZ
check_url/fr/63366?article_type=v

IR-TEx: een open source data-integratie tool voor Big Data transcriptomics ontworpen voor de malaria vector Anopheles gambiae
check_url/fr/63366?article_type=v

Worm-align en Worm_CP, Twee Open-Source Pipelines voor straightening en kwantificering van fluorescentie beeldgegevens verkregen van Caenorhabditis elegans

Read Article