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데 노보 리보솜 프로파일링 데이터를 사용하여 능동적으로 번역된 오픈 리딩 프레임 식별
Journal JoVE
Biologie
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Journal JoVE Biologie
De novo Identification of Actively Translated Open Reading Frames with Ribosome Profiling Data
DOI:

08:23 min

February 18, 2022

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Chapitres

  • 00:04Introduction
  • 01:01Environment Setup and RiboCode Installation
  • 01:23Data Preparation
  • 03:35Removing Ribosomal RNA Contamination
  • 03:59Aligning the Clean Reads to the Genome
  • 04:25Size Selection of Ribosome Protected Fragments, Identification of P-Sites, and De novo Annotate Translating Open Reading Frames
  • 04:59Results: Identification of the Novel Open Reding Frames (ORFs) with the Application of RiboCode
  • 07:20Conclusion

Summary

Traduction automatique

리보솜을 번역하면 코돈 당 세 개의 뉴클레오티드를 펩티드로 해독합니다. 리보솜 프로파일링에 의해 포착된 mRNA를 따른 그들의 움직임은 특징적인 삼중항 주기성을 나타내는 발자국을 생성한다. 이 프로토콜은 RiboCode를 사용하여 리보솜 프로파일링 데이터에서 이 두드러진 기능을 해독하여 전체 전사체 수준에서 활발하게 번역된 열린 판독 프레임을 식별하는 방법을 설명합니다.

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