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Chapitres
- 00:04Introduction
- 01:01Environment Setup and RiboCode Installation
- 01:23Data Preparation
- 03:35Removing Ribosomal RNA Contamination
- 03:59Aligning the Clean Reads to the Genome
- 04:25Size Selection of Ribosome Protected Fragments, Identification of P-Sites, and De novo Annotate Translating Open Reading Frames
- 04:59Results: Identification of the Novel Open Reding Frames (ORFs) with the Application of RiboCode
- 07:20Conclusion
La traducción de ribosomas decodifica tres nucleótidos por codón en péptidos. Su movimiento a lo largo del ARNm, capturado por el perfil de ribosomas, produce las huellas que exhiben una periodicidad de triplete característica. Este protocolo describe cómo usar RiboCode para descifrar esta característica prominente a partir de los datos de perfiles de ribosomas para identificar marcos de lectura abiertos traducidos activamente a nivel de transcriptoma completo.
