Mihaela Zavolan Computational and Systems Biology, Biozentrum University of Basel Biography Publications Institution JoVE Articles Mihaela Zavolan has not added a biography. If you are Mihaela Zavolan and would like to personalize this page please email our Author Liaison for assistance. Publications The Gcn4 Transcription Factor Reduces Protein Synthesis Capacity and Extends Yeast Lifespan Nature Communications. Sep, 2017 | Pubmed ID: 28878244 Automated Incorporation of Pairwise Dependency in Transcription Factor Binding Site Prediction Using Dinucleotide Weight Tensors PLoS Computational Biology. Jul, 2017 | Pubmed ID: 28753602 TFAP2A is a Component of the ZEB1/2 Network That Regulates TGFB1-induced Epithelial to Mesenchymal Transition Biology Direct. Apr, 2017 | Pubmed ID: 28412966 Explicit Modeling of SiRNA-Dependent On- and Off-Target Repression Improves the Interpretation of Screening Results Cell Systems. Feb, 2017 | Pubmed ID: 28215525 High-throughput Identification of C/D Box SnoRNA Targets with CLIP and RiboMeth-seq Nucleic Acids Research. Mar, 2017 | Pubmed ID: 28031372 Patterns of Ribosomal Protein Expression Specify Normal and Malignant Human Cells Genome Biology. Nov, 2016 | Pubmed ID: 27884178 TUT-DIS3L2 is a Mammalian Surveillance Pathway for Aberrant Structured Non-coding RNAs The EMBO Journal. Oct, 2016 | Pubmed ID: 27647875 A Comprehensive Analysis of 3' End Sequencing Data Sets Reveals Novel Polyadenylation Signals and the Repressive Role of Heterogeneous Ribonucleoprotein C on Cleavage and Polyadenylation Genome Research. 08, 2016 | Pubmed ID: 27382025 Corrigendum to "Quantifying the Strength of MiRNA-target Interactions" [Methods (2015) 90-99] Methods (San Diego, Calif.). Jul, 2016 | Pubmed ID: 27372217 Redesigning CLIP for Efficiency, Accuracy and Speed Nature Methods. May, 2016 | Pubmed ID: 27243472 An Updated Human SnoRNAome Nucleic Acids Research. Jun, 2016 | Pubmed ID: 27174936 Roquin Recognizes a Non-canonical Hexaloop Structure in the 3'-UTR of Ox40 Nature Communications. Mar, 2016 | Pubmed ID: 27010430 Accurate Transcriptome-wide Prediction of MicroRNA Targets and Small Interfering RNA Off-targets with MIRZA-G Nucleic Acids Research. Oct, 2015 | Pubmed ID: 26365243 Cooperative Target MRNA Destabilization and Translation Inhibition by MiR-58 MicroRNA Family in C. Elegans Genome Research. Nov, 2015 | Pubmed ID: 26232411 Comparative Assessment of Methods for the Computational Inference of Transcript Isoform Abundance from RNA-seq Data Genome Biology. Jul, 2015 | Pubmed ID: 26201343 Inferring Gene Expression Regulatory Networks from High-throughput Measurements Methods (San Diego, Calif.). Sep, 2015 | Pubmed ID: 26188125 MiR-184 Regulates Pancreatic β-Cell Function According to Glucose Metabolism The Journal of Biological Chemistry. Aug, 2015 | Pubmed ID: 26152724 Quantifying the Strength of MiRNA-target Interactions Methods (San Diego, Calif.). Sep, 2015 | Pubmed ID: 25892562 Reflections on the RNA World RNA (New York, N.Y.). Apr, 2015 | Pubmed ID: 25780126 Accurate Transcriptome-wide Prediction of MicroRNA Targets and Small Interfering RNA Off-targets with MIRZA-G Nucleic Acids Research. Feb, 2015 | Pubmed ID: 25628353 MiR-CLIP Capture of a MiRNA Targetome Uncovers a LincRNA H19-miR-106a Interaction Nature Chemical Biology. Feb, 2015 | Pubmed ID: 25531890 Global 3' UTR Shortening Has a Limited Effect on Protein Abundance in Proliferating T Cells Nature Communications. 2014 | Pubmed ID: 25413384 Reconstitution of CPSF Active in Polyadenylation: Recognition of the Polyadenylation Signal by WDR33 Genes & Development. Nov, 2014 | Pubmed ID: 25301781 Embryonic Stem Cell-specific MicroRNAs Contribute to Pluripotency by Inhibiting Regulators of Multiple Differentiation Pathways Nucleic Acids Research. Aug, 2014 | Pubmed ID: 25030899 Identification and Consequences of MiRNA-target Interactions--beyond Repression of Gene Expression Nature Reviews. Genetics. Sep, 2014 | Pubmed ID: 25022902 Structural and Functional Implications of the QUA2 Domain on RNA Recognition by GLD-1 Nucleic Acids Research. Jul, 2014 | Pubmed ID: 24838563 Fifteen Years SIB Swiss Institute of Bioinformatics: Life Science Databases, Tools and Support Nucleic Acids Research. Jul, 2014 | Pubmed ID: 24792157 MicroRNA-7a Regulates Pancreatic β Cell Function The Journal of Clinical Investigation. Jun, 2014 | Pubmed ID: 24789908 Widespread Context Dependency of MicroRNA-mediated Regulation Genome Research. Jun, 2014 | Pubmed ID: 24668909 PAR-CLIP (Photoactivatable Ribonucleoside-Enhanced Crosslinking and Immunoprecipitation): a Step-by-step Protocol to the Transcriptome-wide Identification of Binding Sites of RNA-binding Proteins Methods in Enzymology. 2014 | Pubmed ID: 24581442 ISMARA: Automated Modeling of Genomic Signals As a Democracy of Regulatory Motifs Genome Research. May, 2014 | Pubmed ID: 24515121 Seq and CLIP Through the MiRNA World Genome Biology. Jan, 2014 | Pubmed ID: 24460822 TSSer: an Automated Method to Identify Transcription Start Sites in Prokaryotic Genomes from Differential RNA Sequencing Data Bioinformatics (Oxford, England). Apr, 2014 | Pubmed ID: 24371151 Argonaute2 Mediates Compensatory Expansion of the Pancreatic β Cell Cell Metabolism. Jan, 2014 | Pubmed ID: 24361012 Means to an End: Mechanisms of Alternative Polyadenylation of Messenger RNA Precursors Wiley Interdisciplinary Reviews. RNA. Mar-Apr, 2014 | Pubmed ID: 24243805 3'-UTR Poly(T/U) Tract Deletions and Altered Expression of EWSR1 Are a Hallmark of Mismatch Repair-deficient Cancers Cancer Research. Jan, 2014 | Pubmed ID: 24158095 Timescales and Bottlenecks in MiRNA-dependent Gene Regulation Molecular Systems Biology. Dec, 2013 | Pubmed ID: 24301800 Modulation of Epigenetic Regulators and Cell Fate Decisions by MiRNAs Epigenomics. Dec, 2013 | Pubmed ID: 24283881 Modeling the Binding Specificity of the RNA-binding Protein GLD-1 Suggests a Function of Coding Region-located Sites in Translational Repression RNA (New York, N.Y.). Oct, 2013 | Pubmed ID: 23974436 Translation-dependent Displacement of UPF1 from Coding Sequences Causes Its Enrichment in 3' UTRs Nature Structural & Molecular Biology. Aug, 2013 | Pubmed ID: 23832275 Insights into SnoRNA Biogenesis and Processing from PAR-CLIP of SnoRNA Core Proteins and Small RNA Sequencing Genome Biology. May, 2013 | Pubmed ID: 23706177 Analysis of CDS-located MiRNA Target Sites Suggests That They Can Effectively Inhibit Translation Genome Research. Apr, 2013 | Pubmed ID: 23335364 A Biophysical MiRNA-mRNA Interaction Model Infers Canonical and Noncanonical Targets Nature Methods. Mar, 2013 | Pubmed ID: 23334102 Dicer Partners Expand the Repertoire of MiRNA Targets Genome Biology. Nov, 2012 | Pubmed ID: 23194401 Argonaute CLIP--a Method to Identify in Vivo Targets of MiRNAs Methods (San Diego, Calif.). Oct, 2012 | Pubmed ID: 23022257 Genome-wide Analysis of Pre-mRNA 3' End Processing Reveals a Decisive Role of Human Cleavage Factor I in the Regulation of 3' UTR Length Cell Reports. Jun, 2012 | Pubmed ID: 22813749 MicroRNA-194 Ist Ein Ziel Von Transkriptionsfaktor 1 (Tcf1, HNF1α) in Leber Und Steuerelemente Ausdruck Frizzled-6 Erwachsen Hepatology (Baltimore, Md.). Jan, 2012 | Pubmed ID: 21887698 Kaposi-Sarkom-Herpesvirus MicroRNAs Caspase 3 Als Ziel Und Apoptose Zu Regulieren PLoS Pathogens. Dec, 2011 | Pubmed ID: 22174674 PAPD5, Eine Mitgliedattribut Poly-Polymerase Mit Einer Ungewöhnlichen RNS-bindene-Motiv RNA (New York, N.Y.). Sep, 2011 | Pubmed ID: 21788334 MicroRNAs 103 Und 107 Regeln Insulinempfindlichkeit Nature. Jun, 2011 | Pubmed ID: 21654750 Eine Quantitative Analyse Der CLIP Methoden Zur Identifizierung Von Bindungsstellen Von RNA-bindende Proteine Nature Methods. Jul, 2011 | Pubmed ID: 21572407 Konservierte Produktgeneration Kurze Bei PiRNA Loci BMC Genomics. 2011 | Pubmed ID: 21247452 CLIPZ: Eine Datenbank Und Analyse Umgebung Für Experimentell Bestimmte Bindungsstellen Der RNA-bindende Proteine Nucleic Acids Research. Jan, 2011 | Pubmed ID: 21087992 Analyse Von In-situ Pre-mRNA Zielen Spleißen Humanfaktor SF1 Zeigt Eine Funktion in Alternatives Spleißen Nucleic Acids Research. Mar, 2011 | Pubmed ID: 21062807 Entschlüsseln Die Rolle Der RNA-bindende Proteine in Die Posttranskriptionale Kontrolle Der Genexpression Briefings in Functional Genomics. Dec, 2010 | Pubmed ID: 21127008 Ausdruck Proteomics Der UPF1 Niederschlag in HeLa-Zellen Zeigt überlässt Der HnRNP A2/B1 Durch Alternatives Spleißen Was Nonsense-mediated MRNA Decay Vermittelt BMC Genomics. 2010 | Pubmed ID: 20946641 Transkriptom-weite Identifikation Von RNS-bindene Protein Und MicroRNA Ziel-Sites Von PAR-CLIP Cell. Apr, 2010 | Pubmed ID: 20371350 MicroRNA-Aktivität Wird in Der Maus Eizellen Unterdrückt Current Biology : CB. Feb, 2010 | Pubmed ID: 20116252 Die SnoRNA MBII-52 (SNORD 115) Wird in Kleineren RNAs Verarbeitet Und Regelt, Alternatives Spleißen Human Molecular Genetics. Apr, 2010 | Pubmed ID: 20053671 Der Relative Anteil Der Sequenz Und Struktur Funktionen, Die Die MRNA-Bindung Eines Argonaute/EIF2C-MiRNA-komplexes Und Der Verschlechterung Der MiRNA-Ziele Genome Research. Nov, 2009 | Pubmed ID: 19767416 Ausdruck Und Bearbeitung Von Einem Kleinen Nukleoläres RNA Aus Das Epstein - Barr-Virus-Genom PLoS Pathogens. Aug, 2009 | Pubmed ID: 19680535 MirZ: Eine Integrierte MicroRNA Ausdruck Atlas Und Deiner Vorhersage Ressource Nucleic Acids Research. Jul, 2009 | Pubmed ID: 19468042 Die Transkriptionelle Netzwerk, Das Wachstumanhalten Und Differenzierung in Eine Menschliche Myeloische Leukämie-Zelllinie Steuert Nature Genetics. May, 2009 | Pubmed ID: 19377474 MiR-375 Pflegt Normales Pankreas Alpha - Und Beta-Zell-Masse Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Apr, 2009 | Pubmed ID: 19289822 MiRNA in Situ Hybridisierung Mit Formaldehyd Und EDC-festen Geweben Nature Methods. Feb, 2009 | Pubmed ID: 19137005 Molekulare Charakterisierung Von Menschlichen Argonaute-haltigen-Gebiets-komplexe Und Ihre Gebundenen Target-mRNAs RNA (New York, N.Y.). Dec, 2008 | Pubmed ID: 18978028 Vergleichende Analyse Der MRNA-Ziele Für Menschliche Proteine in PUF-Familie Schlägt Umfangreiche Interaktion Mit Der MiRNA-Regelungssystem PloS One. 2008 | Pubmed ID: 18776931 Erhöhten Ausdruck Der MiR-17-92 Polycistron Und MiR-21 in Hepadnavirus-assoziierte Hepatozelluläres Karzinom Trägt Zu Der Malignen Phänotyp The American Journal of Pathology. Sep, 2008 | Pubmed ID: 18688024 MicroRNAs Steuern De-Novo-DNA-Methylierung Durch Regulierung Der Transkriptionelle Repressoren in Mäuseder Embryonalen Stammzellen Nature Structural & Molecular Biology. Mar, 2008 | Pubmed ID: 18311153 Computational Analyse Der in CDNA Zeigt Häufige Kopplung Zwischen Transkriptionelle Und Spleißen Programme DNA Research : an International Journal for Rapid Publication of Reports on Genes and Genomes. Apr, 2008 | Pubmed ID: 18276623 Computational Analyse Von Kleinen RNA Klonen Daten Methods (San Diego, Calif.). Jan, 2008 | Pubmed ID: 18158128 Strand-spezifische 5'-O-Methylierung Von SiRNA Duplices Steuerelemente Führer Strand Auswahl Und Targeting Spezifität RNA (New York, N.Y.). Feb, 2008 | Pubmed ID: 18094121 Regulation Der Menschlichen Leber Delta-Aminolevulinic Säure-Synthase Durch Gallensäuren Hepatology (Baltimore, Md.). Dec, 2007 | Pubmed ID: 17975826 Zellulare Kofaktoren, Die Hepatitis-C-Virus-Infektion Und Replikation Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jul, 2007 | Pubmed ID: 17616579 Ein Säugetier-MicroRNA-Ausdruck-Atlas Auf Der Grundlage Von Kleinen RNA-Bibliothek-Sequenzierung Cell. Jun, 2007 | Pubmed ID: 17604727 Marek Virustyp 2 (MDV-2)-codierten MicroRNAs Zeigen Keine Sequenz-Erhaltung Mit Denen Von MDV-1 Kodiert Journal of Virology. Jul, 2007 | Pubmed ID: 17459919 Ableitung Von MiRNA-Ziele Mit Evolutionären Erhaltung Und Pathway-Analyse BMC Bioinformatics. 2007 | Pubmed ID: 17331257 Quantitative Technologien Schaffen Eine Neuartige MicroRNA-Profil Von Chronischer Lymphatischer Leukämie Blood. Jun, 2007 | Pubmed ID: 17327404 Auswirkungen Von Dicer Und Argonaute Herunterregulation Auf MRNA-Stufen in Den Menschlichen HEK293 Zellen Nucleic Acids Research. 2006 | Pubmed ID: 16971455 Eine Neuartige Klasse Von Kleinen RNAs Binden an MILI Protein in Maus-Hoden Nature. Jul, 2006 | Pubmed ID: 16751777 Die Typen Und Die Prävalenz Der Alternative Spleißen Formen Current Opinion in Structural Biology. Jun, 2006 | Pubmed ID: 16713247 Ein Einfaches Physikalisches Modell Prognostiziert Kleine Exon Längenänderungen PLoS Genetics. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16683028 SPA: Eine Probabilistische Algorithmus Für Gespleißten Ausrichtung PLoS Genetics. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16683023 Virus-codierte MicroRNAs: Neuartige Regler Der Genexpression Trends in Microbiology. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16531046 Typ-zellspezifische Unterschriften Der MicroRNAs Auf Ziel-mRNA-Ausdruck Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Feb, 2006 | Pubmed ID: 16477010 Identifizierung Von Gruppierten MicroRNAs Mit Einer Ab Initio-Vorhersage-Methode BMC Bioinformatics. 2005 | Pubmed ID: 16274478 Die Entwicklungs-miRNA-Profile Der Zebrafisch Als Durch Kleine RNA-Klonen Bestimmt Genes & Development. Jun, 2005 | Pubmed ID: 15937218 Identifizierung Von MicroRNAs Der Familie Der Herpesviren Nature Methods. Apr, 2005 | Pubmed ID: 15782219 Analyse Von Menschlichen Immunschwäche-Virus Cytopathicity Durch Eine Neue Verfahren Zur Quantifizierung Von Viralen Dynamik in Der Zellkultur Journal of Virology. Apr, 2005 | Pubmed ID: 15767404 Identifizierung Von Virus-kodierten MicroRNAs Science (New York, N.Y.). Apr, 2004 | Pubmed ID: 15118162 Regulatorische Standorte in DNA Von Mensch-Maus-Sequenz Vergleiche Zerschlagen Proceedings / IEEE Computer Society Bioinformatics Conference. IEEE Computer Society Bioinformatics Conference. 2003 | Pubmed ID: 16452803 Das Kleine RNA-Profil Während Der Drosophila Melanogaster Entwicklung Developmental Cell. Aug, 2003 | Pubmed ID: 12919683 Abbauraten Von Menschlichen MRNAs: Korrelation Mit Funktionellen Eigenschaften Und Attribute Folge Genome Research. Aug, 2003 | Pubmed ID: 12902380 Systematische Charakterisierung Der Zink-Finger-haltigen Proteinen in Der Maus Transkriptom Genome Research. Jun, 2003 | Pubmed ID: 12819142 Auswirkungen Alternativer Initiierung, Spleißen, Und Die Beendigung Von Der Vielfalt Der MRNA-Transkripte Von Der Maus Transkriptom Kodiert Genome Research. Jun, 2003 | Pubmed ID: 12819126 Splice Variation Maus CDNAs Voller Länge Durch Zuordnen Zu Genom Der Maus Identifiziert Genome Research. Sep, 2002 | Pubmed ID: 12213775 Probabilistische Clustering Von Sequenzen: Ableiten Neuen Bakteriellen Regulons Durch Vergleichende Genomik Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. May, 2002 | Pubmed ID: 12032281 3' Ende Sequenzierung Bibliothek Vorbereitung mit A-seq2 Georges Martin1, Ralf Schmidt1, Andreas J. Gruber1, Souvik Ghosh1, Walter Keller1, Mihaela Zavolan1,2 1Computational and Systems Biology, Biozentrum, University of Basel, 2Swiss Institute of Bioinformatics, Biozentrum, University of Basel JoVE 56129 Biologia PAR-Clip - Ein Verfahren zur Transkriptom-weiten die Bindungsstellen des RNA-bindende Proteine Identifizieren Markus Hafner1, Markus Landthaler2, Lukas Burger3, Mohsen Khorshid3, Jean Hausser4, Philipp Berninger4, Andrea Rothballer1, Manuel Ascano1, Anna-Carina Jungkamp2, Mathias Munschauer2, Alexander Ulrich1, Greg S. Wardle1, Scott Dewell5, Mihaela Zavolan3, Thomas Tuschl1 1Howard Hughes Medical Institute, Laboratory of RNA Molecular Biology, Rockefeller University, 2Berlin Institute for Medical Systems Biology, Max-Delbrück-Center for Molecular Medicine, 3Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 4Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 5Genomics Resource Center, Rockefeller University JoVE 2034 Biologia
3' Ende Sequenzierung Bibliothek Vorbereitung mit A-seq2 Georges Martin1, Ralf Schmidt1, Andreas J. Gruber1, Souvik Ghosh1, Walter Keller1, Mihaela Zavolan1,2 1Computational and Systems Biology, Biozentrum, University of Basel, 2Swiss Institute of Bioinformatics, Biozentrum, University of Basel JoVE 56129 Biologia
PAR-Clip - Ein Verfahren zur Transkriptom-weiten die Bindungsstellen des RNA-bindende Proteine Identifizieren Markus Hafner1, Markus Landthaler2, Lukas Burger3, Mohsen Khorshid3, Jean Hausser4, Philipp Berninger4, Andrea Rothballer1, Manuel Ascano1, Anna-Carina Jungkamp2, Mathias Munschauer2, Alexander Ulrich1, Greg S. Wardle1, Scott Dewell5, Mihaela Zavolan3, Thomas Tuschl1 1Howard Hughes Medical Institute, Laboratory of RNA Molecular Biology, Rockefeller University, 2Berlin Institute for Medical Systems Biology, Max-Delbrück-Center for Molecular Medicine, 3Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 4Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 5Genomics Resource Center, Rockefeller University JoVE 2034 Biologia